Metabarkoding zielonych euglenin to bardzo dobre narzędzie w badaniach ich różnorodności gatunkowej!

Niedawno na łamach czasopisma Environmental Microbiology ukazał się nowy artykuł członków z grup naukowych IBE badających biologię molekularną euglenin oraz taksonomię, filogenezę i ewolucję klejnotek pt. “Evaluation of V2 18S rDNA barcode marker and assessment of sample collection and DNA extraction methods for metabarcoding of autotrophic euglenids”. W pracy badacze porównali różne metody poboru próbek z wody i różne metody izolacji DNA na potrzeby matabarkodingu zielonych euglenin. Następnie uzyskane wyniki barkodingu DNA na podstawie markera V2 18S rDNA zostały porównane z wynikami tradycyjnych analiz mikroskopowych.

Chociaż zainteresowanie technikami metabarkodingu w badaniach środowiskowych stale rośnie, to wykorzystanie tej metodyki w analizach euglenin pochodzących zarówno z mórz jak również ze zbiorników słodkowodnych jest wciąż mniej poznane niż można by się było spodziewać. Powodem może być brak konwencjonalnych uniwersalnych barkodów eukariotycznych jak również dedykowanych im starterów. Brakuje także sprawdzonego protokołu laboratoryjnego, który ułatwiłby analizę barkodów u mikroorganizmów eukariotycznych i byłby odpowiedni aby uzyskać zróżnicowanie tej, jak wiadomo, bardzo różnorodnej grupy organizmów. Dzięki testom wykonanym przez dwa zespoły badawcze IBE możliwe było opracowanie metodologii molekularnej umożliwiającej identyfikację różnorodności gatunkowej euglenin na poziomie 90% za pomocą wysoce zmiennego regionu V2 18S rDNA. Niewątpliwą zaletą pracy jest porównanie wyników analiz molekularnych z metodami klasycznymi. Jednocześnie zaprezentowano również optymalną metodykę izolacji środowiskowego DNA, która z powodzeniem może być stosowana w badaniach euglenin. Praca stanowi m. in. bardzo dobre źródło informacji metodycznych dotyczących badań środowiskowych zielonych euglenin.

Autorom pracy gratulujemy i zapraszamy do lektury pracy oryginalnej, którą można znaleźć pod adresem: https://sfamjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1462-2920.15495