Ta strona wykorzystuje ciasteczka ("cookies") w celu zapewnienia maksymalnej wygody w korzystaniu z naszego serwisu. Czy wyrażasz na to zgodę?

Czytaj więcej

Prace dyplomowe

dr Łukasz Banasiak

Tematyka badawcza

Moje zainteresowania dotyczą ewolucji i ekologii roślin kwiatowych, a w szczególności rzędu selerewców (Apiales). Od kilku lat prowadzę badania nad zmiennością morfologiczną i ewolucją pyłku w kontekście datowania filogenezy. W swojej pracy łączę zarówno tradycyjny warsztat morfologiczny jak i nowoczesne metody filogenetyczne. Podczas wykonywania prac dyplomowych pod moją opieką studenci mogą się nauczyć:

  • klasycznej analizy pyłkowej (izolacja, utrwalanie i obserwacje mikroskopowe pyłku),
  • szacownia relacji pokrewieństwa na podstawie zmienności markerów molekularnych,
  • klasyfikacji organizmów w oparciu o relacje pokrewieństwa,
  • rekonstrukcji stanów ancestralnych cech organizmów,
  • modelowania i rekostrukcji niszy ekologicznej,
  • datowania filogenezy z wykorzystaniem skamieniałości,
  • analizy tempa dywersyfikacji.

Proponowane tematy prac

  • Datowanie filogenezy rzędu selerowców (Apiales) w oparciu o skamieniałości pyłku.
  • Automatyczna kontrola jakości danch molekularnych służących do szacowania relacji pokrewieństwa.

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

  • Jakub Baczyński (2017). Rekonstrukcja ewolucji morfologii pyłku roślin baldaszkowatych (Apiaceae). Praca magisterska na kierunku Biologia.
  • Karolina Sobecka (2017). Wpływ klimatu na morfologię pyłku roślin baldaszkowatych (Apiaceae). Praca licencjacka na kierunku Biologia.
  • Hanna Kranas (2016). MatPhylobi – narzędzie do automatycznej konstrukcji macierzy danych molekularnych do analiz filogenetycznych na podstawie rekordów GenBank. Praca licencjacka na kierunku Bioinformatyka i Biologia Systemów.

Prof. dr hab. Jerzy Dzik

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

  • Mermer J. Zmienność pancerzy konchostraków ze środkowego triasu Tunezji. 2017 (praca magisterska na Biologii)
  • Tobolska A. Zmienność i dynamika populacji późnodewońskich konodontów Pseudopolygnathus. 2017 (praca magisterska na Biologii)
  • Pawlak W. Ewolucja ryb ganoidowych. 2017 (praca licencjacka na MISMaPie)
  • Czepiński Ł. Ontogeneza i zmienność dinozaura rogatego Bagaceratops z późnej kredy Mongolii. 2017 (praca magisterska na Biologii)

Dr Anna Karnkowska

Tematyka prac dyplomowych dotyczy trzech obszarów badawczych powiązanych z realizowanymi projektami (Genomika i ewolucja mikroorganizmów eukariotycznych):

  • Różnorodność i rola mikroorganizmów eukariotycznych w środowiskach wodnych.
  • Ewolucja genomów eukariotycznych.
  • Narzędzia bioinformatyczne i ścieżki postępowania w analizach danych metagenomowych.

W ramach realizowanych prac wykorzystywane są analizy bioinformatyczne, w tym składanie genomów i transkryptomów, przewidywanie genów i ich adnotacja, rekonstrukcja szlaków metabolicznych in silico, analizy filogenetyczne, analizy danych z sekwencjonowania środowiskowego (taksonomiczne – analiza amplikonów i funkcjonalne – analizy metagenomowe). W ramach wykonywanej pracy studenci zapoznają się również z podstawowymi technikami biologii molekularnej (izolacja DNA i RNA, techniki elektroforetyczne, synteza cDNA, PCR, RT-PCR, klonowanie DNA, sekwencjonowanie Sangera, sekwencjonowanie wysokoprzepustowe NGS, sekwencjonowanie nanoporowe) oraz z technikami poboru prób, izolacji i hodowli mikroorganizmów eukariotycznych.

Tematy prac dyplomowych

  • Identyfikacja i analiza metabolizmu bakteryjnych endosymbiontów protistów

Prowadzenie hodowli protistów, izolacja DNA, PCR, sekwencjonowanie Sangera. Sekwencjonowanie nanoporowe (trzeciej generacji). Analiza sekwencji z sekwencjonowania wysokoprzepustowego, składanie genomu bakteryjnego i analiza metabolizmu.

  • Wykorzystanie sekwencjonowania wysokoprzepustowego (Illumina i sekwencjonowanie nanoporowe) w analizach różnorodności prokariota i eukariota w wodach słodkich.

Izolacja DNA, PCR, sekwencjonowanie Sangera i sekwencjonowanie nanoporowe. Analiza sekwencji z sekwencjonowania wysokoprzepustowego, analiza amplikonów – adnotaja taksonomiczna i analizy różnordoności.

  • Różnorodność i interakcje mikroorganizmów w ubogich siedliskach jezior dystroficznych.

Pobór prób w terenie i przygotowanie prób do analiz molekularnych. Mikroskopia świetlna, izolacja komórek mikromanipulatorem. Prowadzenie hodowli protistów, izolacja DNA, PCR, sekwencjonowanie Sangera. Genomika pojedynczych komórek (ang. single-cell genomics). Analiza sekwencji z sekwencjonowania wysokoprzepustowego.

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

  • Małgorzata Chwalińska, Analiza różnorodności zespołów mikroorganizmów eukariotycznych w gradiencie zasolenia estuarium rzeki Świny oparta o analizę amplikonu genu 18S rDNA, 2020, praca licencjacka na kierunku Biologia
  • Stanisław Antonowicz, Ocena sposobów reprezentacji i klasyfikacji danych z wykorzystaniem uczenia maszynowego na przykładzie przypisywania funkcji w wybranej rodzinie białek, 2019, praca licencjacka na kierunku Bioinformatyka i Biologia Systemów
  • Michał Karlicki, Genomy organellarne mikroorganizmów eukariotycznych w danych metagenomowych, 2018, praca magisterska na kierunku Bioinformatyka i Biologia Systemów
    Praca wyróżniona w konkursie Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego na najlepszą pracę magisterską z bioinformatyki obronioną w 2018 r.

Publikacje, których współautorami byli studenci

  1. Łukomska-Kowalczyk M, Karnkowska A, Krupska M, Milanowski R, Zakryś B (2016) DNA Barcoding In Autotrophic Euglenids: Evaluation of COI and 18S rDNA. J Phycol 52: 951-60

Wystąpienia konferencyjne, których współautorami byli studenci

  1. Karlicki M, Karnkowska A (2018) MetaPlastHunter: An efficient pipeline for classifying chloroplast reads from metagenomic data, VII Międzyuczelniane Sympozjum Biotechnologiczne ,,Symbioza”, Polska.
  2. Karlicki M, Karnkowska Anna (2018) Searching for Plastid Genomes in the Metagenomic Data, 48th Jirovec’s Protozoological Days, Czechy.
  3. Karnkowska A., Maciszewski K., Karlicki M, Bennett MS, Triemer RE (2018) Why do we need more algal plastid genomes? Phycological Society of America and the International Society of Protistologists Conference, Vancouver, Kanada.
  4. Hałakuc P, Płecha M, Różycka J, Milanowski R, Karnkowska A (2020) Nonconventional genomics of Euglena species. 4th EMBO Workshop on Computational and Structural Biology and Chemistry, Waplewo, Polska
  5. Karlicki M., Rymuza J., Antonowicz S., Karnkowska A. (2020) Machine learning-based approach for classification of metagenomic data, 4th EMBO Workshop on Computational and Structural Biology and Chemistry, Waplewo, Polska.
  6. Antonowicz S, Karlicki M, Karnkowska A (2020) Machine learning-based approach for aminoacid sequence representation and classification, 4th EMBO Workshop on Computational and Structural Biology and Chemistry, Waplewo, Polska.

Dr hab. Rafał Milanowski

Tematyka prac dyplomowych dotyczy trzech obszarów badawczych powiązanych z realizowanymi projektami (Biologia molekularna euglenin).

Tematy prac dyplomowych

  • Efektywność splicingu konwencjonalnego i niekonwencjonalnego u euglenin.
  • Lokalizacja splicingu niekonwencjonalnego u Euglena gracilis.
  • Analiza rozmieszczenia intronów różnych typów w genach jądrowych Euglena gracilis, E. hiemalis i E. longa.
  • Analiza zbiorników wodnych pod kątem występowania w nich toksycznych gatunków euglenin.
  • Poszukiwanie markerów molekularnych umożliwiających identyfikację gatunkową roślin o właściwościach narkotycznych.

Stosowane metody

Metody biologii molekularnej (frakcjonowanie organelli, izolacja DNA i RNA, odwrotna transkrypcja, amplifikacja PCR, klonowanie produktów PCR, ustalanie sekwencji końców transkryptów, sekwencjonowanie, itd.) oraz bioinformatyczna analiza sekwencji nukleotydowych.

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

  • Anna Semik (2021). Analiza intronów niekonwencjonalnych w genach jądrowych euglenin. Praca licencjacka na kierunku Bioinformatyka i Biologia Systemów.
  • Marcin Broler (2021). Kolejność wycinania intronów w genie tubB u Euglena gracilis. Praca licencjacka na kierunki Biologia.
  • Michalina Komorowska (2020). Analiza formy fizycznej wyciętych intronów niekonwencjonalnych występujących w genach gapC i tubB u E. gracilis. Praca magisterska na kierunku Biotechnologia.
  • Antonina Ignatenko (2019). Mechanizmy utraty i nabywania intronów spliceosomalnych w genach jądrowych eukariontów. Praca licencjacka na kierunku Biotechnologia.
  • Katarzyna Kerner (2018). Porównanie kolejności usuwania intronów dwóch typów z transkryptu genu gapC u Euglena gracilis i Euglena agilis. Praca licencjacka na kierunku Biotechnologia.
  • Paweł Hałakuc (2018). Tracing evolutionary changes in rRNA genes of Euglenozoa. Praca magisterska na kierunku Biotechnologia w ramach MISMaP.
  • Daria Zganiacz (2017). Charakterystyka kolistych cząsteczek kwasów rybonukleinowych – występowanie, funkcje, metody badania. Praca licencjacka na kierunku Biotechnologia w ramach MISMaP.
  • Agata Gondek (2015). Badanie wpływu substancji hamujących działanie spliceosomu ludzkiego na spliceosom Euglena gracilis. Praca magisterska na kierunku Biologia w ramach MISMaP.

Publikacje, których współautorami byli studenci

  • Ignatenko A., Gumińska N., Milanowski R. (2019). Mechanizmy utraty i nabywania intronów spliceosomalnych. Postępy Biochemii 65(4): 289-298 (pdf).
  • Gumińska N., Płecha M., Walkiewicz H., Hałakuc P., Zakryś B., Milanowski R. (2018). Culture purification and DNA extraction procedures suitable for next-generation sequencing of euglenids. J Appl Phycol 30: 3541–3549 (pdf).
  • Kulczycka A., Łukomska-Kowalczyk M., Zakryś M., Milanowski R. (2018). PCR identification of toxic euglenid species Euglena sanguinea. J Appl Phycol 30: 1759-1763 (pdf).
  • Zganiacz D., Milanowski R. (2017). Charakterystyka kolistych cząsteczek kwasów rybonukleinowych (circRNA). Postępy Biochemii 63(3): 221-232 (pdf).
  • Milanowski R., Gumińska N., Karnkowska A., Ishikawa T., Zakryś B. (2016). Intermediate introns in nuclear genes of euglenids – are they a distinct type? BMC Evol Biol 16:49 (pdf).

Wystąpienia konferencyjne, których współautorami byli studenci

  1. Gumińska N., Komorowska M., Milanowski R. (2019). The physical form of released nonconventional introns in Euglena gracilis. The Seventh Polish Evolutionary Conference. 18-20 September, Gdańsk, Poland.
  2. Hałakuc P., Karnkowska A., Milanowski R. (2018). Tracing evolutionary changes in rRNA genes in Euglenozoa. 48th Jirovec’s Protozoological Days by Czech Society for Parasitology, 1-4 May, Ostrava, Czech Republic.
  3. Hałakuc P., Karnkowska A., Milanowski R. (2017). Evolution of ribosomal RNA genes in Euglenozoa. 15th International Congress of Protistology, 30 July – 4 August, Prague, Czech Republic.
  4. Milanowski R., Pałczyńska N. (2014). Mechanism of nonconventional introns removal – hypothesis. The Second Polish Evolutionary Conference. September, Rogów, Poland.
  5. Milanowski R., Karnkowska A., Pałczyńska N., Ishikawa T, Zakryś B. (2013). Do intermediate introns in nuclear genes of euglenids really exist? 54th meeting of Czech Phycological Society, Workshop on euglenids. 16-18 September, Trebon, Czech Republic.

dr Julia Pawłowska

Tematyka prac dyplomowych dotyczy obszarów badawczych powiązanych z realizowanymi projektami (Mykologia):

  • Interakcje grzybów i bakterii
  • Ewolucja i ekologia najstarszych grzybów lądowych (Mucoromycota)
  • Różnorodność grzybów glebowych na obszarach silnie zanieczyszczonych
  • Badanie różnorodności i aktywności enzymatycznej grzybów związanych z substratami pochodzenia zwierzęcego

W ramach wykonywania prac studenci mogą zapoznać się z podstawowymi technikami mikrobiologicznymi, biologii molekularnej (w tym izolacja DNA i RNA, techniki elektroforetyczne, PCR, klonowanie DNA, sekwencjonowanie Sangera, sekwencjonowanie wysokoprzepustowe NGS, FISH), metodami spektrofotometrycznymi (system Biolog) oraz podstawowymi analizami bioinformatycznymi.

Zapraszamy do obejrzenia filmu “O magii poszukiwania”.

Tematy prac dyplomowych

  • Wpływ bakterii wewnątrzstrzępkowych na zdolność rozkładu związków ropopochodnych przez wybranych przedstawicieli Mucoromycota
  • Ewolucja metabolizmu lipidów u Mucoromycotina i ich wpływ na interakcje z bakteriami wewnątrzstrzępkowymi
  • Wpływ zanieczyszczenia gleby na występowanie i różnorodność przedstawicieli Mucoromycota oraz ich bakteryjnych endosymbiontów
  • Różnorodność gatunkowa oraz ocena aktywności kolagenolitycznej przedstawicieli Mucorales izolowanych z substratów mięsnych

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

  • Aleksandra Gęsiorska (2020). Różnorodność bakterii wewnątrzstrzępkowych u przedstawicieli rodzaju Umbelopsis. – praca eksperymentalna na kierunku biotechnologia
  • Łukasz Istel (2020). Grzyby glebowe z obszarów podbiegunowych. Identyfikacja i ocena zdolności wzrostu na podłożach bogatych w związki ropopochodne. praca eksperymentalna na kierunku biologia
  • Grzegorz Ostrowski (2019). Wpływ wewnątrzstrzępkowej bakterii Paraburkholderia rhizoxinica na fizjologię grzyba Rhizopus microsporus. – praca eksperymentalna na kierunku biologia
  • Lidia Serewa (2018). Symbiozy grzybowo – bakteryjne wśród wybranych przedstawicieli rzędu Mucorales. – praca eksperymentalna na kierunku biotechnologia

Wybrane publikacje, których współautorami byli studenci

  1. Okrasińska, A., Bokus, A., Duk, K., Gęsiorska, A., Sokołowska, B., Miłobędzka, A., Wrzosek, M., Pawłowska, J. (2021) New Endohyphal Relationships between Mucoromycota and Burkholderiaceae Representatives. Applied and Environmental Microbiology, 87 (7): e02707-20.
  2. Pawłowska J., Okrasińska A., Kisło K., Aleksandrzak-Piekarczyk T., Szatraj K., Dolatabadi S., Muszewska A. (2019). Carbon assimilation profiles of mucoralean fungi show their metabolic versatility. Scientific Reports 9: 11864.
  3. Pawłowska J., Istel Ł., Gorczak M., Galera H., Wrzosek M., Hawksworth D.L. (2017). Psychronectria hyperantarctica, gen. nov., comb. nov., epitypification and phylogenetic position of an Antarctic bryophilous ascomycete. Mycologia 109(4): 601-607.

Wybrane wystąpienia konferencyjne, których współautorami byli studenci

  1. Julia Pawłowska, Alicja Okrasińska, Katarzyna Duk, Łukasz Istel, Michał Gorczak, Igor Siedlecki, Aleksandra Bokus, Aleksandra Gęsiorska, Marta Wrzosek. 58. Zjazd Polskiego Towarzystwa Botanicznego. Kraków (Polaska), 1-7.7.2019, referat: Diversity of endohyphal bacteria in Mucoromycota representatives
  2. Alicja Okrasińska, Aleksandra Bokus, Aleksandra Gęsiorska, Blanka Sokołowska, Marta Wrzosek, Julia Pawłowska.18th Congress of European Mycologists. Warszawa-Białowieża (Polska), 16-21.9.2019, poster: Bacterial endosymbionts of Mucoromycota representatives
  3. Alicja Okrasińska, Katarzyna Duk, Aleksandra Bokus, Julia Pawłowska. 6th Young Natural History scientists Meeting. Paryż (Francja), 12-16.3.2019. poster: New lineages of endohyphal bacteria detected in land colonizing fungi.

prof. dr hab. Krzysztof Spalik

Tematy prac licencjackich

  • filogenetyka molekularna
  • biogeografia i taksonomia roślin

Tematy prac magisterskich

  • filogenetyka molekularna
  • biogeografia i taksonomia roślin

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

  • Michał Gierek (2018). Analiza filogenetyczna kladu Athamanta-Conopodium z wykorzystaniem znaczników chloroplastowych i jądrowych. Praca licencjacka na kierunku Biologia.

Publikacje, których współautorami byli studenci

  1. Spalik K., A. Wojewódzka, T. Constantinidis, S.R. Downie, M. Gierek & Ł. Banasiak. 2019. Laserocarpum, a new genus of Apiaceae endemic to Greece. Acta Societatis Botanicorum Poloniae, 88: 1–9.
  2. Wojewódzka A., J. Baczyński, Ł. Banasiak, S.R. Downie, A. Czarnocka-Cieciura, M. Gierek, K. Frankiewicz & K. Spalik. 2019. Evolutionary shifts in fruit dispersal syndromes in Apiaceae tribe Scandiceae. Plant Systematics and Evolution 305(5): 401–414.
  3. Banasiak Ł., A. Wojewódzka, J. Baczyński, J.-P. Reduron, M. Piwczyński, R. Kurzyna-Młynik, R. Gutaker, A. Czarnocka-Cieciura, S. Kosmala-Grzechnik & K. Spalik. 2016. Phylogeny of Apiaceae subtribe Daucinae and the taxonomic delineation of its genera. Taxon, 65: 563–585.

Wystąpienia konferencyjne, których współautorami byli studenci

  1. Hanna Kranas, Krzysztof Spalik i Łukasz Banasiak. 2018. MatPhylobi – constructing and updating taxonomic and phylogenetic datasets from GenBank databases. Polish Evolutionary Conference, Warszawa 26-28.09.2018.
  2. Michał Gierek, Łukasz Banasiak, Jakub Baczyński, Krzysztof Spalik. 2018.  Phylogenetic relationships within the Athamanta-Conopodium clade (tribe Scandiceae, family Apiaceae).  Polish Evolutionary Conference, Warszawa 26-28.09.2018.

Dr Mateusz Tałanda

Tematy prac licencjackich

  • Początki tejowatych w zapisie kopalnym (literaturowa)
  • Ewolucja odnóży oraz sposobu kroczenia u skorpionów i staroraków (literaturowa)
  • Biogeografia przodków plezjozaurów u zarania ery dinozaurów (literaturowa)

Tematy prac magisterskich

  • Kredowe korzenie jaszczurek z rodziny Lacertidae (tomografia komputerowa, grafika 3D, analizy filogenetyczne)
  • Zespół gadów morskich z triasowego stanowiska w Bliżynie (anatomia porównawcza)
  • Ewolucja odnóży oraz sposobu kroczenia u skorpionów i staroraków (fotogrametria)
  • Zmienność wewnątrzgatunkowa i dymorfizm płciowy jaszczurki Slavoia darevskii (Principal Component Analysis)
  • Mózgoczaszka kredowej jaszczurki z pustyni Gobi (tomografia komputerowa, grafika 3D)
  • Ewolucja żuchwy u jaszczurek z grupy Lacertoidea (tomografia komputerowa, grafika 3D)

Prof. dr hab. Bożena Zakryś

Tematy prac licencjackich

  • Wyizolowanie rzadkiego lub ciekawego gatunku eugleniny z naturalnych populacji z terenu Polski celem przeprowadzenia weryfikacji taksonomicznych, zdeponowania w światowych kolekcjach kultur glonowych czy wykorzystania w celach biotechnologicznych; stosujemy różne metody izolacji pojedynczych komórek (m.in. mikromanipulacja), zakładamy i prowadzimy hodowle jednogatunkowe.
  • Badania morfologiczne wybranych gatunków (grup gatunków) euglenin; w tym celu wykorzystujemy mikroskopię świetlną, automatyczną biometrię (system analizy obrazu NIS Elements Br 3.1) i fotografię mikroskopową.
  • Różnorodność euglenin wybranego zbiornika wodnego (m.in. silnie zanieczyszczonego ściekami przemysłowymi, komunalnymi); stosujemy mikroskopię świetlną, fotografię mikroskopową.

Tematy prac magisterskich

  • Molekularna identyfikacja euglenin w próbach środowiskowych (metabarkoding) w celu poznania ich bioróżnorodności i ekologii; izolacja DNA, PCR, sekwencjonowanie nowej generacji (NGS), analiza bioinformatyczna.
  • Badania molekularne i filogenetyczne wybranych grup gatunków euglenin w celu przeprowadzenia weryfikacji taksonomicznych; izolacja DNA, PCR, sekwencjonowanie metodą Sangera, analizy filogenetyczne.

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

  • Michał Woźniak (2020). Oczyszczanie wody zanieczyszczonej arsenem przez wybrane organizmy autotroficzne. Praca licencjacka na kierunku Ochrona Środowiska.
  • Katarzyna Chaber (2019). Analiza morfologiczna i molekularna gatunków z kompleksu Lepocinclis ovum-Lepocinclis globulus (Euglenida). Praca magisterska na kierunku Biologia.
  • Alicja Fells (2019). Badanie pokrewieństw w rodzaju Phacus Dujardin na podstawie danych molekularnych i morfologicznych. Praca magisterska na kierunku Biologia.
  • Alicja Fells (2017). Ultrastruktura chloroplastu Cryptoglena skujae (Skuja) Marin i Melkonian. Praca licencjacka na kierunku Biologia.
  • Michał Woźniak (2017). Bioróżnorodność autotroficznych euglenin w zbiornikach wodnych w okolicy Pruszkowa i Grodziska Mazowieckiego. Praca licencjacka na kierunku Ochrona Środowiska.

Publikacje, których współautorami byli studenci

  1. Łukomska-Kowalczyk M, Chaber K, Fells A, Milanowski R, Zakryś B. 2020. Taxon-rich phylogeny and taxonomy of the genus Phacus (Euglenida) based on morphological and molecular data. Journal of Phycology (przyjęta do druku)
  2. Łukomska-Kowalczyk M, Chaber K, Fells A, Milanowski R, Zakryś B. 2020. Molecular and morphological delimitation of species in the group of Lepocinclis ovum-like taxa. Journal of Phycology 56: 283-299; doi:10.1111/jpy.12949
  3. Kulczycka A, Łukomska-Kowalczyk M, Zakryś B, Milanowski R. 2018. PCR identification of toxic euglenid species Euglena sanguinea. Journal of Applied Phycology, DOI: 10.1007/s10811-017-1376-z
  4. Łukomska-Kowalczyk M., Karnkowska A, Milanowski R., Łach Ł., Zakryś B. 2015. Delimiting species boundaries within the Phacus longicauda complex (Euglenida) through morphological and molecular analyses. J Phycol. 51: 1147-1157.