Ta strona wykorzystuje ciasteczka ("cookies") w celu zapewnienia maksymalnej wygody w korzystaniu z naszego serwisu. Czy wyrażasz na to zgodę?

Czytaj więcej

Prace dyplomowe

Dr hab. Kenneth de Baets

Tematy prac dyplomowych

Tematyka prac skupia się w większości na ewolucji i paleobiologii bezkręgowców. Tematy są związane z realizowanym przez nas obecnie projektem PARADIVE finansowanym przez IDUB, który skupia się na wpływie ocieplenia klimatu i wymierania na interakcje pasożyt-żywiciel, natomiast inne tematy są związane z badaniami wzorców makroewolucyjnych i biomineralizacji.

Kilka przykładowych tematów:

  • Paleoparazytologia koprolitów i paleopatologia
  • Geometryczna analiza morfometryczna
  • Geochemia i sklerochronologia zmineralizowanych tkanek mięczaków głowonogów
  • Współewolucja i współwymieranie zespołów pasożyt-żywiciel

Stosowane techniki:

  • Terenowe prace paleontologiczne lub stratygraficzne
  • Prace związane z gromadzeniem zbiorów muzealnych i preparatyką paleontologiczną
  • Mikroskop cyfrowy, analiza mikrofacjalna i tomografia komputerowa
  • Morfometria (geometryczna)
  • Eksperymentalna taponomia i paleobiologia konserwatorska
  • Eksploracja danych i literatury
  • Ilościowa analiza (paleo)biologiczna i modelowanie, zwłaszcza analizy statystyczne w programie R
  • Czas dywergencji molekularnej

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

  • Różnorodność, biomineralizacja i dynamika wzrostu rozmiarów ciała bezkręgowców morskich
  • Holoceńskie trendy w występowaniu układów pasożyt-żywiciel uchwycone w koprolitach i patologiach szkieletowych
  • Rekonstrukcja 3D i morfometria oraz eksperymentalna taponomia bezkręgowców i kręgowców

Publikacje, których współautorami byli studenci

  • De Baets, K., Nätscher*, P. S., Rita*, P., Fara, E., Neige, P., Bardin, J., Dera, G., Duarte, L.V., Hughes, Z., Laschinger*, P, García-Ramos, J. C., Piñuela, L., Übelacker*, C. & Weis, R. (2021). The impact of the Pliensbachian–Toarcian crisis on belemnite assemblages and size distribution. Swiss Journal of Palaeontology, 140(1), 1-14.
  • Nätscher*, P. S., Dera, G., Reddin, C. J., Rita*, P., & De Baets, K. (2021). Morphological response accompanying size reduction of belemnites during an Early Jurassic hyperthermal event modulated by life history. Scientific Reports, 11(1), 1-11.
  • Rita*, P., Weis, R., Duarte, L. V., & De Baets, K. (2021). Taxonomical diversity and palaeobiogeographical affinity of belemnites from the Pliensbachian–Toarcian GSSP (Lusitanian Basin, Portugal). Papers in Palaeontology, 7(3), 1321-1349.
  • Rita*, P., Nätscher*, P., Duarte, L. V., Weis, R., & De Baets, K. (2019). Mechanisms and drivers of belemnite body-size dynamics across the Pliensbachian–Toarcian crisis. Royal Society Open Science, 6(12), 190494.
  • Rita*, P., De Baets, K., & Schlott*, M. (2018). Rostrum size differences between Toarcian belemnite battlefields. Fossil Record, 21(1), 171-182.
  • Clements*, T., Colleary, C., De Baets, K., & Vinther, J. (2017). Buoyancy mechanisms limit preservation of coleoid cephalopod soft tissues in Mesozoic Lagerstätten. Palaeontology, 60(1), 1-14.
  • Stilkerich*, J., Smrecak, T. A., & De Baets, K. (2017). 3D-Analysis of a non-planispiral ammonoid from the Hunsrück Slate: natural or pathological variation? PeerJ, 5, e3526.
  • Gügel*, B., De Baets, K., Jerjen, I., Schuetz, P., & Klug, C. (2017). A new subdisarticulated machaeridian from the Middle Devonian of China: Insights into taphonomy and taxonomy using X-ray microtomography and 3D-analysis. Acta Palaeontologica Polonica, 237-247.
  • Übelacker, C., Jansen, U., & De Baets, K. (2016). First record of the Early Devonian ammonoid Teicherticeras from the Eifel (Germany): biogeographic and biostratigraphic importance. Neues Jahrbuch für Geologie und Paläontologie—Abhandlungen, 282, 201-208.

dr Łukasz Banasiak

Tematyka badawcza

Moje zainteresowania dotyczą ewolucji i ekologii roślin kwiatowych, a w szczególności rzędu selerewców (Apiales). Od kilku lat prowadzę badania nad zmiennością morfologiczną i ewolucją pyłku w kontekście datowania filogenezy. W swojej pracy łączę zarówno tradycyjny warsztat morfologiczny jak i nowoczesne metody filogenetyczne. Podczas wykonywania prac dyplomowych pod moją opieką studenci mogą się nauczyć:

  • klasycznej analizy pyłkowej (izolacja, utrwalanie i obserwacje mikroskopowe pyłku),
  • szacownia relacji pokrewieństwa na podstawie zmienności markerów molekularnych,
  • klasyfikacji organizmów w oparciu o relacje pokrewieństwa,
  • rekonstrukcji stanów ancestralnych cech organizmów,
  • modelowania i rekostrukcji niszy ekologicznej,
  • datowania filogenezy z wykorzystaniem skamieniałości,
  • analizy tempa dywersyfikacji.

Proponowane tematy prac

  • Datowanie filogenezy rzędu selerowców (Apiales) w oparciu o skamieniałości pyłku.
  • Automatyczna kontrola jakości danch molekularnych służących do szacowania relacji pokrewieństwa.

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

  • Jakub Baczyński (2017). Rekonstrukcja ewolucji morfologii pyłku roślin baldaszkowatych (Apiaceae). Praca magisterska na kierunku Biologia.
  • Karolina Sobecka (2017). Wpływ klimatu na morfologię pyłku roślin baldaszkowatych (Apiaceae). Praca licencjacka na kierunku Biologia.
  • Hanna Kranas (2016). MatPhylobi – narzędzie do automatycznej konstrukcji macierzy danych molekularnych do analiz filogenetycznych na podstawie rekordów GenBank. Praca licencjacka na kierunku Bioinformatyka i Biologia Systemów.

Dr Stanisław Dunin-Horkawicz

Tematyka prac dyplomowych dotyczy rozwoju i zastosowania metod obliczeniowych służących do analizy sekwencji i struktur białkowych.

Stosowane metody

Modelowanie struktur białkowych, symulacje dynamiki molekularnej, klasyfikacja sekwencji i struktur białkowych, uczenie maszynowe.

Obecnie realizowane prace dyplomowe

  • Julia Gołębiowska, „Przewidywanie długości fali świetlnej absorbowanej przez rodopsyny z wykorzystaniem metod opartych na uczeniu maszynowym”, praca magisterska, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki (opiekunką pracy jest także dr hab. Anna Karnkowska, Wydział Biologii)
  • Jędrzej Kubica, „Analiza sekwencyjna i modelowanie struktur białek receptorów bakteryjnych o nieznanej funkcji”, praca magisterska, Wydział Chemii (opiekunem pracy jest także prof. Dominik Gront, Wydział Chemii)

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

  • Kamil Kamiński, „Przeprojektowanie specyficzności wobec kofaktora białek ze zwojem Rossmanna z wykorzystaniem grafowych sieci neuronowych”, 2020, praca magisterska, Wydział Fizyki
  • Adriana Bukała, „Zastosowanie technik rekonstrukcji sekwencji ancestralnych w badaniu ewolucji enzymów zwoju Rossmanna”, 2020, praca licencjacka, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki
  • Aleksander Wiński, „Zastosowanie metod uczenia głębokiego do przewidywania białkowych struktur drugorzędowych typu helisa π na podstawie sekwencji i informacji ewolucyjnej”, 2018, praca licencjacka, Wydział Fizyki

Przykładowe publikacje, których współautorami byli studenci

  • Kamiński, K., Ludwiczak, J., Jasiński, M., Bukala, A., Madaj, R., Szczepaniak, K., & Dunin-Horkawicz, S. (2022). Rossmann-toolbox: a deep learning-based protocol for the prediction and design of cofactor specificity in Rossmann fold proteins. Briefings in Bioinformatics, 23(1), bbab371.
  • Ludwiczak, J., Winski, A., da Silva Neto, A. M., Szczepaniak, K., Alva, V., & Dunin-Horkawicz, S. (2019). PiPred – a deep-learning method for prediction of π-helices in protein sequences. Scientific Reports, 9(1), 6888.
  • Szczepaniak, K., Bukala, A., da Silva Neto, A. M., Ludwiczak, J., & Dunin-Horkawicz, S. (2021). A library of coiled-coil domains: from regular bundles to peculiar twists. Bioinformatics, 36(22–23), 5368–5376.

Dr hab. Anna Karnkowska

Tematyka prac dyplomowych dotyczy trzech obszarów badawczych powiązanych z realizowanymi projektami (Genomika i ewolucja mikroorganizmów eukariotycznych):

  • Różnorodność i rola mikroorganizmów eukariotycznych w środowiskach wodnych.
  • Ewolucja genomów eukariotycznych.
  • Narzędzia bioinformatyczne i ścieżki postępowania w analizach danych metagenomowych.

W ramach realizowanych prac wykorzystywane są analizy bioinformatyczne, w tym składanie genomów i transkryptomów, przewidywanie genów i ich adnotacja, rekonstrukcja szlaków metabolicznych in silico, analizy filogenetyczne, analizy danych z sekwencjonowania środowiskowego (taksonomiczne – analiza amplikonów i funkcjonalne – analizy metagenomowe). W ramach wykonywanej pracy studenci zapoznają się również z podstawowymi technikami biologii molekularnej (izolacja DNA i RNA, techniki elektroforetyczne, synteza cDNA, PCR, RT-PCR, klonowanie DNA, sekwencjonowanie Sangera, sekwencjonowanie wysokoprzepustowe NGS, sekwencjonowanie nanoporowe) oraz z technikami poboru prób, izolacji i hodowli mikroorganizmów eukariotycznych.

Tematy prac dyplomowych

  • Identyfikacja i analiza metabolizmu bakteryjnych endosymbiontów protistów

Prowadzenie hodowli protistów, izolacja DNA, PCR, sekwencjonowanie Sangera. Sekwencjonowanie nanoporowe (trzeciej generacji). Analiza sekwencji z sekwencjonowania wysokoprzepustowego, składanie genomu bakteryjnego i analiza metabolizmu.

  • Wykorzystanie sekwencjonowania wysokoprzepustowego (Illumina i sekwencjonowanie nanoporowe) w analizach różnorodności prokariota i eukariota w wodach słodkich.

Izolacja DNA, PCR, sekwencjonowanie Sangera i sekwencjonowanie nanoporowe. Analiza sekwencji z sekwencjonowania wysokoprzepustowego, analiza amplikonów – adnotaja taksonomiczna i analizy różnordoności.

  • Różnordność, ewolucja i funkcja rodopsyn mikrobialnych u słodkowodnych protista.

Izolacja RNA, synteza cDNA, sekkwencjonowanie metatranskryptomu. Analiza sekwencji z sekwencjonowania wysokoprzepustowego. Hodowla mikroorganizmów eukariotycznych i eksperymenty laboratoryjne.

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

  • Julia Gołębiowska, Analiza występowania i różnorodności rodopsyn mikrobialnych w Jeziorze Roś w oparciu o dane metatranskryptomowe i amplikony, 2021, praca magisterka na kierunku Biotechnologia
  • Gabriela Wilga, Ewolucja genomów plastydowych bezbarwnych zielenic z rodzaju Prototheca, 2021 praca magisterska na kierunku Biotechnologia
  • Małgorzata Chwalińska, Analiza różnorodności zespołów mikroorganizmów eukariotycznych w gradiencie zasolenia estuarium rzeki Świny oparta o analizę amplikonu genu 18S rDNA, 2020, praca licencjacka na kierunku Biologia
  • Stanisław Antonowicz, Ocena sposobów reprezentacji i klasyfikacji danych z wykorzystaniem uczenia maszynowego na przykładzie przypisywania funkcji w wybranej rodzinie białek, 2019, praca licencjacka na kierunku Bioinformatyka i Biologia Systemów
  • Michał Karlicki, Genomy organellarne mikroorganizmów eukariotycznych w danych metagenomowych, 2018, praca magisterska na kierunku Bioinformatyka i Biologia Systemów
    Praca wyróżniona w konkursie Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego na najlepszą pracę magisterską z bioinformatyki obronioną w 2018 r.

Przykładowe publikacje, których współautorami byli studenci

  1. Karlicki M, Antonowicz S*, Karnkowska A (2022) Tiara: deep learning-based classification system for eukaryotic sequences. Bioinformatics38: 344–50.

  2. Łukomska-Kowalczyk M, Karnkowska A, Krupska M*, Milanowski R, Zakryś B (2016) DNA Barcoding In Autotrophic Euglenids: Evaluation of COI and 18S rDNA. J Phycol 52: 951-60

Przykładowe wystąpienia konferencyjne, których współautorami byli studenci

  1. Karlicki M, Karnkowska A (2018) MetaPlastHunter: An efficient pipeline for classifying chloroplast reads from metagenomic data, VII Międzyuczelniane Sympozjum Biotechnologiczne ,,Symbioza”, Polska.
  2. Karlicki M, Karnkowska Anna (2018) Searching for Plastid Genomes in the Metagenomic Data, 48th Jirovec’s Protozoological Days, Czechy.
  3. Karnkowska A., Maciszewski K., Karlicki M, Bennett MS, Triemer RE (2018) Why do we need more algal plastid genomes? Phycological Society of America and the International Society of Protistologists Conference, Vancouver, Kanada.
  4. Hałakuc P, Płecha M, Różycka J, Milanowski R, Karnkowska A (2020) Nonconventional genomics of Euglena species. 4th EMBO Workshop on Computational and Structural Biology and Chemistry, Waplewo, Polska
  5. Karlicki M., Rymuza J., Antonowicz S., Karnkowska A. (2020) Machine learning-based approach for classification of metagenomic data, 4th EMBO Workshop on Computational and Structural Biology and Chemistry, Waplewo, Polska.
  6. Antonowicz S, Karlicki M, Karnkowska A (2020) Machine learning-based approach for aminoacid sequence representation and classification, 4th EMBO Workshop on Computational and Structural Biology and Chemistry, Waplewo, Polska.

Dr Sergi Lopez-Torres

Wszystkie prace są wykonywane w języku angielskim [dowiedz się więcej].

Dr Maja Łukomska-Kowalczyk

Tematy prac dyplomowych

Dr hab. Rafał Milanowski, prof. ucz.

Tematyka prac dyplomowych powiązana jest z aktualnie realizowanymi projektami badawczymi (Biologia molekularna euglenin).

Tematy prac dyplomowych

  • Efektywność splicingu konwencjonalnego i niekonwencjonalnego u euglenin.
  • Splicing alternatywny i introny piętrowe u euglenin.
  • Analiza rozmieszczenia intronów różnych typów w genach jądrowych Euglena gracilis, E. hiemalis i E. longa.
  • Analiza transpozonów i sekwencji pochodzenia transpozonowego w genomach euglenin.

Stosowane metody

Metody biologii molekularnej (frakcjonowanie organelli, izolacja DNA i RNA, odwrotna transkrypcja, amplifikacja PCR, klonowanie produktów PCR, ustalanie sekwencji końców transkryptów, sekwencjonowanie, itd.) oraz bioinformatyczna analiza sekwencji nukleotydowych.

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

  • Anna Semik (2021). Analiza intronów niekonwencjonalnych w genach jądrowych euglenin. Praca licencjacka na kierunku Bioinformatyka i Biologia Systemów.
  • Marcin Broler (2021). Kolejność wycinania intronów w genie tubB u Euglena gracilis. Praca licencjacka na kierunku Biologia.
  • Michalina Komorowska (2020). Analiza formy fizycznej wyciętych intronów niekonwencjonalnych występujących w genach gapC i tubB u E. gracilis. Praca magisterska na kierunku Biotechnologia.
  • Antonina Ignatenko (2019). Mechanizmy utraty i nabywania intronów spliceosomalnych w genach jądrowych eukariontów. Praca licencjacka na kierunku Biotechnologia.
  • Paweł Hałakuc (2018). Tracing evolutionary changes in rRNA genes of Euglenozoa. Praca magisterska na kierunku Biotechnologia w ramach MISMaP.
  • Daria Zganiacz (2017). Charakterystyka kolistych cząsteczek kwasów rybonukleinowych – występowanie, funkcje, metody badania. Praca licencjacka na kierunku Biotechnologia w ramach MISMaP.
  • Agata Gondek (2015). Badanie wpływu substancji hamujących działanie spliceosomu ludzkiego na spliceosom Euglena gracilis. Praca magisterska na kierunku Biologia w ramach MISMaP.

Wybrane publikacje, których współautorami byli studenci

  • Ignatenko A.*, Gumińska N., Milanowski R. (2019). Mechanizmy utraty i nabywania intronów spliceosomalnych. Postępy Biochemii 65(4): 289-298 (pdf).
  • Gumińska N., Płecha M., Walkiewicz H., Hałakuc P.*, Zakryś B., Milanowski R. (2018). Culture purification and DNA extraction procedures suitable for next-generation sequencing of euglenids. J Appl Phycol 30: 3541–3549 (pdf).
  • Kulczycka A.*, Łukomska-Kowalczyk M., Zakryś M., Milanowski R. (2018). PCR identification of toxic euglenid species Euglena sanguinea. J Appl Phycol 30: 1759-1763 (pdf).
  • Zganiacz D.*, Milanowski R. (2017). Charakterystyka kolistych cząsteczek kwasów rybonukleinowych (circRNA). Postępy Biochemii 63(3): 221-232 (pdf).
  • Milanowski R., Gumińska N.*, Karnkowska A., Ishikawa T., Zakryś B. (2016). Intermediate introns in nuclear genes of euglenids – are they a distinct type? BMC Evol Biol 16:49 (pdf).

Wybrane wystąpienia konferencyjne, których współautorami byli studenci

  • Mikina W.*, Hałakuc P. Milanowski R. (2021). Manual annotation as a key reference for automatic prediction of nonconventional introns. 1st Annual International Congress on Euglenoids. 8-11 November, Online.
  • Hałakuc P., Semik A.*, Mikina W.*, Różycka J.*, Płecha M., Gumińska N., Karnkowska A., Milanowski R. (2021). Canonical and nonconventional introns in three new Euglena genomes. 1st Annual International Congress on Euglenoids. 8-11 November, Online.
  • Płecha M., Hałakuc P., Jagielska M.*, Karnkowska A., Milanowski R. (2021). Mitochondrial genomes of Euglena gracilis , E. hiemalis and E. longa obtained from the whole genome assemblies (WGA). EMBO Young Scientists Forum. 21-22 October, Warsaw, Poland.
  • Gumińska N., Komorowska M.*, Milanowski R. (2019). The physical form of released nonconventional introns in Euglena gracilis. The Seventh Polish Evolutionary Conference. 18-20 September, Gdańsk, Poland.
  • Hałakuc P.*, Karnkowska A., Milanowski R. (2017). Evolution of ribosomal RNA genes in Euglenozoa. 15th International Congress of Protistology, 30 July – 4 August, Prague, Czech Republic.

dr Julia Pawłowska

Tematyka prac dyplomowych dotyczy obszarów badawczych powiązanych z realizowanymi projektami (Mykologia):

  • Interakcje grzybów i bakterii
  • Ewolucja i ekologia najstarszych grzybów lądowych (Mucoromycota)
  • Różnorodność grzybów glebowych na obszarach silnie zanieczyszczonych
  • Badanie aktywności enzymatycznej Mucoromycota

W ramach wykonywania prac studenci mogą zapoznać się z podstawowymi technikami mikrobiologicznymi, biologii molekularnej (w tym izolacja DNA i RNA, techniki elektroforetyczne, PCR, klonowanie DNA, sekwencjonowanie Sangera, sekwencjonowanie wysokoprzepustowe NGS, FISH), metodami spektrofotometrycznymi (system Biolog) oraz podstawowymi analizami bioinformatycznymi.

Zapraszamy do obejrzenia filmu “O magii poszukiwania”.

Tematy prac dyplomowych

  • Badanie interakcji grzybów i bakterii w glebach z obszarów zanieczyszczonych.
  • Wpływ bakterii wewnątrzstrzępkowych na aktywność enzymatyczną Mucoromycota.
  • Filogeneza przedstawicieli rodzaju Umbelopsis.

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

  • Grzegorz Ostrowski (2021). Różnorodność przedstawicieli Mucoraceae na mięsie wołowym sezonowanym na sucho. praca eksperymentalna na kierunku biologia
  • Aleksandra Gęsiorska (2020). Różnorodność bakterii wewnątrzstrzępkowych u przedstawicieli rodzaju Umbelopsis. – praca eksperymentalna na kierunku biotechnologia
  • Łukasz Istel (2020). Grzyby glebowe z obszarów podbiegunowych. Identyfikacja i ocena zdolności wzrostu na podłożach bogatych w związki ropopochodne. praca eksperymentalna na kierunku biologia

Wybrane publikacje, których współautorami byli studenci

  1. Okrasińska, A., Decewicz, P., Majchrowska, M., Dziewit, L., Muszewska, A., Dolatabadi, S., Kruszewski, Ł., Błocka, Z., Pawłowska, J. (2022) Marginal lands and fungi – linking the type of soil contamination with fungal community composition. Environmental Microbiology. https://doi.org/10.1111/1462-2920.16007.
  2. Okrasińska, A., Bokus, A., Duk, K., Gęsiorska, A., Sokołowska, B., Miłobędzka, A., Wrzosek, M., Pawłowska, J. (2021) New Endohyphal Relationships between Mucoromycota and Burkholderiaceae Representatives. Applied and Environmental Microbiology, 87 (7): e02707-20.
  3. Pawłowska J., Istel Ł., Gorczak M., Galera H., Wrzosek M., Hawksworth D.L. (2017). Psychronectria hyperantarctica, gen. nov., comb. nov., epitypification and phylogenetic position of an Antarctic bryophilous ascomycete. Mycologia 109(4): 601-607.

Wybrane wystąpienia konferencyjne, których współautorami byli studenci

  1. Zuzanna Błocka, Julia Pawłowska. CYEBB.  Kraków (Polska), 3-5.9.2021. referat: Analysis of Diesel Oil Degradation by Fungi and Endohyphal Bacteria.
  2. Julia Pawłowska, Alicja Okrasińska, Katarzyna Duk, Łukasz Istel, Michał Gorczak, Igor Siedlecki, Aleksandra Bokus, Aleksandra Gęsiorska, Marta Wrzosek. 58. Zjazd Polskiego Towarzystwa Botanicznego. Kraków (Polska), 1-7.7.2019, referat: Diversity of endohyphal bacteria in Mucoromycota representatives.
  3. Alicja Okrasińska, Katarzyna Duk, Aleksandra Bokus, Julia Pawłowska. 6th Young Natural History scientists Meeting. Paryż (Francja), 12-16.3.2019. poster: New lineages of endohyphal bacteria detected in land colonizing fungi.

prof. dr hab. Krzysztof Spalik

Tematy prac licencjackich

  • filogenetyka molekularna
  • biogeografia i taksonomia roślin

Tematy prac magisterskich

  • filogenetyka molekularna
  • biogeografia i taksonomia roślin

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

  • Michał Gierek (2018). Analiza filogenetyczna kladu Athamanta-Conopodium z wykorzystaniem znaczników chloroplastowych i jądrowych. Praca licencjacka na kierunku Biologia.

Publikacje, których współautorami byli studenci

  1. Spalik K., A. Wojewódzka, T. Constantinidis, S.R. Downie, M. Gierek & Ł. Banasiak. 2019. Laserocarpum, a new genus of Apiaceae endemic to Greece. Acta Societatis Botanicorum Poloniae, 88: 1–9.
  2. Wojewódzka A., J. Baczyński, Ł. Banasiak, S.R. Downie, A. Czarnocka-Cieciura, M. Gierek, K. Frankiewicz & K. Spalik. 2019. Evolutionary shifts in fruit dispersal syndromes in Apiaceae tribe Scandiceae. Plant Systematics and Evolution 305(5): 401–414.
  3. Banasiak Ł., A. Wojewódzka, J. Baczyński, J.-P. Reduron, M. Piwczyński, R. Kurzyna-Młynik, R. Gutaker, A. Czarnocka-Cieciura, S. Kosmala-Grzechnik & K. Spalik. 2016. Phylogeny of Apiaceae subtribe Daucinae and the taxonomic delineation of its genera. Taxon, 65: 563–585.

Wystąpienia konferencyjne, których współautorami byli studenci

  1. Hanna Kranas, Krzysztof Spalik i Łukasz Banasiak. 2018. MatPhylobi – constructing and updating taxonomic and phylogenetic datasets from GenBank databases. Polish Evolutionary Conference, Warszawa 26-28.09.2018.
  2. Michał Gierek, Łukasz Banasiak, Jakub Baczyński, Krzysztof Spalik. 2018.  Phylogenetic relationships within the Athamanta-Conopodium clade (tribe Scandiceae, family Apiaceae).  Polish Evolutionary Conference, Warszawa 26-28.09.2018.

Dr Mateusz Tałanda

Tematy prac licencjackich

  • Początki tejowatych w zapisie kopalnym (literaturowa)
  • Ewolucja odnóży oraz sposobu kroczenia u skorpionów i staroraków (literaturowa)
  • Biogeografia przodków plezjozaurów u zarania ery dinozaurów (literaturowa)

Tematy prac magisterskich

  • Kredowe korzenie jaszczurek z rodziny Lacertidae (tomografia komputerowa, grafika 3D, analizy filogenetyczne)
  • Zespół gadów morskich z triasowego stanowiska w Bliżynie (anatomia porównawcza)
  • Ewolucja odnóży oraz sposobu kroczenia u skorpionów i staroraków (fotogrametria)
  • Zmienność wewnątrzgatunkowa i dymorfizm płciowy jaszczurki Slavoia darevskii (Principal Component Analysis)
  • Mózgoczaszka kredowej jaszczurki z pustyni Gobi (tomografia komputerowa, grafika 3D)
  • Ewolucja żuchwy u jaszczurek z grupy Lacertoidea (tomografia komputerowa, grafika 3D)

Prof. dr hab. Bożena Zakryś

Tematy prac licencjackich

  • Wyizolowanie rzadkiego lub ciekawego gatunku eugleniny z naturalnych populacji z terenu Polski celem przeprowadzenia weryfikacji taksonomicznych, zdeponowania w światowych kolekcjach kultur glonowych czy wykorzystania w celach biotechnologicznych; stosujemy różne metody izolacji pojedynczych komórek (m.in. mikromanipulacja), zakładamy i prowadzimy hodowle jednogatunkowe.
  • Badania morfologiczne wybranych gatunków (grup gatunków) euglenin; w tym celu wykorzystujemy mikroskopię świetlną, automatyczną biometrię (system analizy obrazu NIS Elements Br 3.1) i fotografię mikroskopową.
  • Różnorodność euglenin wybranego zbiornika wodnego (m.in. silnie zanieczyszczonego ściekami przemysłowymi, komunalnymi); stosujemy mikroskopię świetlną, fotografię mikroskopową.

Tematy prac magisterskich

  • Molekularna identyfikacja euglenin w próbach środowiskowych (metabarkoding) w celu poznania ich bioróżnorodności i ekologii; izolacja DNA, PCR, sekwencjonowanie nowej generacji (NGS), analiza bioinformatyczna.
  • Badania molekularne i filogenetyczne wybranych grup gatunków euglenin w celu przeprowadzenia weryfikacji taksonomicznych; izolacja DNA, PCR, sekwencjonowanie metodą Sangera, analizy filogenetyczne.

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

  • Michał Woźniak (2020). Oczyszczanie wody zanieczyszczonej arsenem przez wybrane organizmy autotroficzne. Praca licencjacka na kierunku Ochrona Środowiska.
  • Katarzyna Chaber (2019). Analiza morfologiczna i molekularna gatunków z kompleksu Lepocinclis ovum-Lepocinclis globulus (Euglenida). Praca magisterska na kierunku Biologia.
  • Alicja Fells (2019). Badanie pokrewieństw w rodzaju Phacus Dujardin na podstawie danych molekularnych i morfologicznych. Praca magisterska na kierunku Biologia.
  • Alicja Fells (2017). Ultrastruktura chloroplastu Cryptoglena skujae (Skuja) Marin i Melkonian. Praca licencjacka na kierunku Biologia.
  • Michał Woźniak (2017). Bioróżnorodność autotroficznych euglenin w zbiornikach wodnych w okolicy Pruszkowa i Grodziska Mazowieckiego. Praca licencjacka na kierunku Ochrona Środowiska.

Publikacje, których współautorami byli studenci

  1. Łukomska-Kowalczyk M, Chaber K, Fells A, Milanowski R, Zakryś B. 2020. Taxon-rich phylogeny and taxonomy of the genus Phacus (Euglenida) based on morphological and molecular data. Journal of Phycology (przyjęta do druku)
  2. Łukomska-Kowalczyk M, Chaber K, Fells A, Milanowski R, Zakryś B. 2020. Molecular and morphological delimitation of species in the group of Lepocinclis ovum-like taxa. Journal of Phycology 56: 283-299; doi:10.1111/jpy.12949
  3. Kulczycka A, Łukomska-Kowalczyk M, Zakryś B, Milanowski R. 2018. PCR identification of toxic euglenid species Euglena sanguinea. Journal of Applied Phycology, DOI: 10.1007/s10811-017-1376-z
  4. Łukomska-Kowalczyk M., Karnkowska A, Milanowski R., Łach Ł., Zakryś B. 2015. Delimiting species boundaries within the Phacus longicauda complex (Euglenida) through morphological and molecular analyses. J Phycol. 51: 1147-1157.