Ta strona wykorzystuje ciasteczka ("cookies") w celu zapewnienia maksymalnej wygody w korzystaniu z naszego serwisu. Czy wyrażasz na to zgodę?

Czytaj więcej

Prace dyplomowe

dr Łukasz Banasiak

Tematyka badawcza

Moje zainteresowania dotyczą ewolucji i ekologii roślin kwiatowych, a w szczególności rzędu selerewców (Apiales). Od kilku lat prowadzę badania nad zmiennością morfologiczną i ewolucją pyłku w kontekście datowania filogenezy. W swojej pracy łączę zarówno tradycyjny warsztat morfologiczny jak i nowoczesne metody filogenetyczne. Podczas wykonywania prac dyplomowych pod moją opieką studenci mogą się nauczyć:

  • klasycznej analizy pyłkowej (izolacja, utrwalanie i obserwacje mikroskopowe pyłku),
  • szacownia relacji pokrewieństwa na podstawie zmienności markerów molekularnych,
  • klasyfikacji organizmów w oparciu o relacje pokrewieństwa,
  • rekonstrukcji stanów ancestralnych cech organizmów,
  • modelowania i rekostrukcji niszy ekologicznej,
  • datowania filogenezy z wykorzystaniem skamieniałości,
  • analizy tempa dywersyfikacji.

Proponowane tematy prac

  • Datowanie filogenezy rzędu selerowców (Apiales) w oparciu o skamieniałości pyłku.
  • Automatyczna kontrola jakości danch molekularnych służących do szacowania relacji pokrewieństwa.

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

  • Jakub Baczyński (2017). Rekonstrukcja ewolucji morfologii pyłku roślin baldaszkowatych (Apiaceae). Praca magisterska na kierunku Biologia.
  • Karolina Sobecka (2017). Wpływ klimatu na morfologię pyłku roślin baldaszkowatych (Apiaceae). Praca licencjacka na kierunku Biologia.
  • Hanna Kranas (2016). MatPhylobi – narzędzie do automatycznej konstrukcji macierzy danych molekularnych do analiz filogenetycznych na podstawie rekordów GenBank. Praca licencjacka na kierunku Bioinformatyka i Biologia Systemów.

dr hab. Kenneth De Baets

Tematy prac dyplomowych

Tematyka prac skupia się w większości na ewolucji i paleobiologii bezkręgowców. Tematy są związane z realizowanym przez nas obecnie projektem PARADIVE finansowanym przez IDUB, który skupia się na wpływie ocieplenia klimatu i wymierania na interakcje pasożyt-żywiciel, natomiast inne tematy są związane z badaniami wzorców makroewolucyjnych i biomineralizacji.

Kilka przykładowych tematów:

  • Paleoparazytologia koprolitów i paleopatologia
  • Geometryczna analiza morfometryczna
  • Geochemia i sklerochronologia zmineralizowanych tkanek mięczaków głowonogów
  • Współewolucja i współwymieranie zespołów pasożyt-żywiciel

Stosowane techniki:

  • Terenowe prace paleontologiczne lub stratygraficzne
  • Prace związane z gromadzeniem zbiorów muzealnych i preparatyką paleontologiczną
  • Mikroskop cyfrowy, analiza mikrofacjalna i tomografia komputerowa
  • Morfometria (geometryczna)
  • Eksperymentalna taponomia i paleobiologia konserwatorska
  • Eksploracja danych i literatury
  • Ilościowa analiza (paleo)biologiczna i modelowanie, zwłaszcza analizy statystyczne w programie R
  • Czas dywergencji molekularnej

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

  • Różnorodność, biomineralizacja i dynamika wzrostu rozmiarów ciała bezkręgowców morskich
  • Holoceńskie trendy w występowaniu układów pasożyt-żywiciel uchwycone w koprolitach i patologiach szkieletowych
  • Rekonstrukcja 3D i morfometria oraz eksperymentalna taponomia bezkręgowców i kręgowców

Publikacje, których współautorami byli studenci

  • De Baets, K., Nätscher*, P. S., Rita*, P., Fara, E., Neige, P., Bardin, J., Dera, G., Duarte, L.V., Hughes, Z., Laschinger*, P, García-Ramos, J. C., Piñuela, L., Übelacker*, C. & Weis, R. (2021). The impact of the Pliensbachian–Toarcian crisis on belemnite assemblages and size distribution. Swiss Journal of Palaeontology, 140(1), 1-14.
  • Nätscher*, P. S., Dera, G., Reddin, C. J., Rita*, P., & De Baets, K. (2021). Morphological response accompanying size reduction of belemnites during an Early Jurassic hyperthermal event modulated by life history. Scientific Reports, 11(1), 1-11.
  • Rita*, P., Weis, R., Duarte, L. V., & De Baets, K. (2021). Taxonomical diversity and palaeobiogeographical affinity of belemnites from the Pliensbachian–Toarcian GSSP (Lusitanian Basin, Portugal). Papers in Palaeontology, 7(3), 1321-1349.
  • Rita*, P., Nätscher*, P., Duarte, L. V., Weis, R., & De Baets, K. (2019). Mechanisms and drivers of belemnite body-size dynamics across the Pliensbachian–Toarcian crisis. Royal Society Open Science, 6(12), 190494.
  • Rita*, P., De Baets, K., & Schlott*, M. (2018). Rostrum size differences between Toarcian belemnite battlefields. Fossil Record, 21(1), 171-182.
  • Clements*, T., Colleary, C., De Baets, K., & Vinther, J. (2017). Buoyancy mechanisms limit preservation of coleoid cephalopod soft tissues in Mesozoic Lagerstätten. Palaeontology, 60(1), 1-14.
  • Stilkerich*, J., Smrecak, T. A., & De Baets, K. (2017). 3D-Analysis of a non-planispiral ammonoid from the Hunsrück Slate: natural or pathological variation? PeerJ, 5, e3526.
  • Gügel*, B., De Baets, K., Jerjen, I., Schuetz, P., & Klug, C. (2017). A new subdisarticulated machaeridian from the Middle Devonian of China: Insights into taphonomy and taxonomy using X-ray microtomography and 3D-analysis. Acta Palaeontologica Polonica, 237-247.
  • Übelacker, C., Jansen, U., & De Baets, K. (2016). First record of the Early Devonian ammonoid Teicherticeras from the Eifel (Germany): biogeographic and biostratigraphic importance. Neues Jahrbuch für Geologie und Paläontologie—Abhandlungen, 282, 201-208.

dr Stanisław Dunin-Horkawicz

Tematyka prac dyplomowych dotyczy rozwoju i zastosowania metod obliczeniowych służących do analizy sekwencji i struktur białkowych.

Stosowane metody

Modelowanie struktur białkowych, symulacje dynamiki molekularnej, klasyfikacja sekwencji i struktur białkowych, uczenie maszynowe.

Obecnie realizowane prace dyplomowe

  • Jędrzej Kubica, „Analiza sekwencyjna i modelowanie struktur białek receptorów bakteryjnych o nieznanej funkcji”, praca magisterska, Wydział Chemii (opiekunem pracy jest także prof. Dominik Gront, Wydział Chemii)
  • Kamil Pawlicki, „Zastosowanie różnych architektur modeli językowych do klasyfikacji sekwencji białek”, praca magisterska, Wydział Biologii
  • Bartosz Szymański, „Modelowanie i charakterystyka spektrum substratowego lakkazy z Trametes versicolor”, praca licencjacka, MISMaP

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

  • Julia Gołębiowska, „Przewidywanie długości fali świetlnej absorbowanej przez rodopsyny z wykorzystaniem metod opartych na uczeniu maszynowym”, praca magisterska, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki (opiekunką pracy jest także dr hab. Anna Karnkowska, Wydział Biologii)
  • Kamil Kamiński, „Przeprojektowanie specyficzności wobec kofaktora białek ze zwojem Rossmanna z wykorzystaniem grafowych sieci neuronowych”, 2020, praca magisterska, Wydział Fizyki
  • Adriana Bukała, „Zastosowanie technik rekonstrukcji sekwencji ancestralnych w badaniu ewolucji enzymów zwoju Rossmanna”, 2020, praca licencjacka, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki
  • Aleksander Wiński, „Zastosowanie metod uczenia głębokiego do przewidywania białkowych struktur drugorzędowych typu helisa π na podstawie sekwencji i informacji ewolucyjnej”, 2018, praca licencjacka, Wydział Fizyki

Przykładowe publikacje, których współautorami byli studenci

  • Kamiński, K., Ludwiczak, J., Jasiński, M., Bukala, A., Madaj, R., Szczepaniak, K., & Dunin-Horkawicz, S. (2022). Rossmann-toolbox: a deep learning-based protocol for the prediction and design of cofactor specificity in Rossmann fold proteins. Briefings in Bioinformatics, 23(1), bbab371.
  • Ludwiczak, J., Winski, A., da Silva Neto, A. M., Szczepaniak, K., Alva, V., & Dunin-Horkawicz, S. (2019). PiPred – a deep-learning method for prediction of π-helices in protein sequences. Scientific Reports, 9(1), 6888.
  • Szczepaniak, K., Bukala, A., da Silva Neto, A. M., Ludwiczak, J., & Dunin-Horkawicz, S. (2021). A library of coiled-coil domains: from regular bundles to peculiar twists. Bioinformatics, 36(22–23), 5368–5376.

dr hab. Anna Karnkowska

Tematyka prac dyplomowych dotyczy obszarów badawczych powiązanych z realizowanymi projektami (Genomika i ewolucja mikroorganizmów eukariotycznych):

  • Różnorodność i rola mikroorganizmów eukariotycznych w środowiskach wodnych.
  • Relacje symbiotyczne protistów i bakterii.
  • Ewolucja komórki eukarotycznej i pochodzenie plastydów.
  • Różnorodność i ewolucja rodopsyn mikrobialnych.
  • Narzędzia bioinformatyczne i ścieżki postępowania w analizach danych metagenomowych.

Stosowane techniki

  • analizy bioinformatyczne, w tym składanie genomów i transkryptomów (w tym z pojedycznych komórek), przewidywanie genów i ich adnotacja, rekonstrukcja szlaków metabolicznych in silico, analizy filogenetyczne
  • analizy danych z sekwencjonowania środowiskowego (taksonomiczne – analiza amplikonów i funkcjonalne – analizy metagenomowe)
  • techniki biologii molekularnej: izolacja DNA i RNA, techniki elektroforetyczne, synteza cDNA, PCR, RT-PCR, klonowanie DNA
  • techniki sekwencjonowania: Sangera, sekwencjonowanie wysokoprzepustowe NGS, sekwencjonowanie nanoporowe
  • pobór prób, izolacja i hodowla mikroorganizmów eukariotycznych
  • technik mikroskopii świetlnej i transmisyjnej mikroskopii elektronowej oraz fluorescencyjna hybrydyzacja in situ.

Tematy prac dyplomowych

  • Identyfikacja i analiza interakcji symbiotycznych między protistami a bakteriami izolowanymi z toni wodnej i osadów dennych jazior mazurskich na podstawie analizy genomowej i mikroskopowej pojedynczych komórek

temat realizowany w ramach grantu NCN OPUS, przewidziane stypendium 1500 pln/msc przyznawane w trybie konkursowym

  • Analiza różnorodności prokariota i eukariota jezior mazurskich w grandiencie eutrofizacji na podstawie danych amplionowanych i metagenomowych
  • Analiza interakcji fotosymbiotycznych u orzęsków na podstawie analizy genomów i transkryptomów pojedynczych komórek
  • Wczesne etapy ewolucji plastydów na przykładzie kleptoplastii u eugleniny Rapaza viridis na podstawie analizy in silico danych genomowych i transkryptomowych oraz eksperymentów z wykorzystaniem techniki RNAi oraz CRISPR

temat realizowany w języku angielskim, współpromotorem będzie post-doc Dr Ian Garcia Cunchillos

  • Różnordność, ewolucja i funkcja rodopsyn mikrobialnych u słodkowodnych protista na podstawie analizy danych metatranskryptomowowych oraz eksperymentów laboratoryjnych.
  • Różnorodność wirusów słodkowodnych protistów na podstawie analizy danych metagenomowych i genomowych oraz eksperymentów hodowlanych

temat realizowany w języku angielskim we współpracy z Dr Matthiasem Fisherem, współpromotorem będzie post-doc Dr Anhelina Kyrychenko 

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

  • Stanisław Antonowicz, Ścieżka postępowania w rekonstrukcji sieci interakcji mikroorganizmów w oparciu o dane z sekwencjonowania wysokoprzepustowego, 2022, praca magisterska na kierunku Bioinformatyka i Biologia Systemów
  • Małgorzata Chwalińska, Porównanie krótkich i długich amplikonów genu 18S rDNA w analizie różnorodności słodkowodnych protistów, 2022, praca magisterska na kierunku Biologia
  • Julia Gołębiowska, Przewidywanie długości fali świetlnej absorbowanej przez rodopsyny z wykorzystaniem metod opartych na uczeniu maszynowym, 2022, praca magisterska na kierunku Bioinformatyka i Biologia Systemów, współpromotor dr Stanisław Dunin-Horkawicz
  • Metody Hollender, Identyfikacja i analiza metabolizmu symbiontów wybranych protistów na podstawie badań pojedynczych komórek, 2022, praca licencjacka na kierunku Biotechnologia
  • Weronika Popławska, Analiza występowania i różnorodności Archaea w pelagialu wybranych jezior Pojezierza Mazurskiego na podstawie danych molekularnych, 2021, praca licencjacka na kierunku Biotechnologia
  • Julia Gołębiowska, Analiza występowania i różnorodności rodopsyn mikrobialnych w Jeziorze Roś w oparciu o dane metatranskryptomowe i amplikony, 2021, praca magisterka na kierunku Biotechnologia

Przykładowe publikacje, których współautorami byli studenci

  1. Karlicki M, Antonowicz S*, Karnkowska A (2022) Tiara: deep learning-based classification system for eukaryotic sequences. Bioinformatics, 38: 344–50.

  2. Łukomska-Kowalczyk M, Karnkowska A, Krupska M*, Milanowski R, Zakryś B (2016) DNA Barcoding In Autotrophic Euglenids: Evaluation of COI and 18S rDNA. J Phycol 52: 951-60

Przykładowe wystąpienia konferencyjne studentów

  1. Antonowicz S*, Karlicki M, Karnkowska A (2020) Machine learning-based approach for aminoacid sequence representation and classification, 4th EMBO Workshop on Computational and Structural Biology and Chemistry, Waplewo, Polska.
  2. Chwalińska M*, Karlicki M., Karnkowska A. (2021) 18S rDNA amplicon-based analysis of the diversity of microbial eukaryotes’ communities in the salinity gradient of Świna river estuary– poster; 9. Międzyuczelniane Sympozjum Biotechnologiczne „Symbioza”
  3. Gołębiowska J*, Karlicki M., Karnkowska A. (2021) Pipeline for diversity assessment of eukaryotic rhodopsins in metatranscriptomic data– poster; 9. Międzyuczelniane Sympozjum Biotechnologiczne „Symbioza”.
  4. Hollender M*, Sałek M, Karlicki M, Karnkowska A. (2022) “Workflow for genome recovery of protistan prokaryotic symbionts from single-cell data” – wystąpienie ustne; Meeting of the EMBO Young Investigator Network on computational methods in ecology and evolutionary biology of microbes, Chęciny, Poland.
  5. Gołębiowska J*, Kamiński K.,Karnkowska A., Dunin-Horkawicz S. (2022) “Predicting absorption wavelengths of rhodopsins using machine learning-based methods” – wystąpienie ustne; Meeting of the EMBO Young Investigator Network on computational methods in ecology and evolutionary biology of microbes, Chęciny, Poland.
  6. Hollender M*, Sałek M., Hess S., Karnkowska A. (2022) “Metagenomic and fluorescence in situ hybridization analyses of Eutreptiella endosymbiont” – wystąpienie ustne. 2nd Annual International Congress on Euglenoids.
  7. Chwalińska M*, Karlicki M., Sałek M., Smacchia V., Hałakuc P., Maciszewski K., Karnkowska A. (2022) Freshwater protists diversity elucidated with the short Illumina vs long MinION amplicons of 18S rRNA gene. 51st Jírovec’s Protozoological Conference, Czechy.

dr Sergi López-Torres

Wszystkie prace są wykonywane w języku angielskim [dowiedz się więcej].

dr Maja Łukomska-Kowalczyk

Tematyka prac dyplomowych związana jest z aktualnie realizowanymi projektami badawczymi dotyczącymi analizy różnorodności biologicznej mikroorganizmów eukariotycznych w środowisku z wykorzystaniem sekwencjonowania wysokoprzepustowego (NGS) i identyfikacji molekularnej. Badania koncentrują się w znacznej mierze na wpływie sezonowego wysychania zbiorników wodnych na zespoły zasiedlających je mikroorganizmów.

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

  • Zuzanna Kretowicz (2022). Analiza różnorodności biologicznej mikroorganizmów eukariotycznych w małych zbiornikach wodnych z wykorzystaniem sekwencjonowania wysokoprzepustowego – praca licencjacka na kierunku biotechnologia
  • Klaudia Bylińska (2022). Znaczenie rodzaju podłoża zanurzonego w wodzie przy pobieraniu próbek na potrzeby kryminalistyki-analiza na podstawie wyników sekwencjonowania nowej generacji (NGS) – praca magisterska, Centrum Nauk Sądowych
  • Oliwia Obuch-Woszczatyńska (2022). Szacowanie czasu zdarzenia kryminalnego w środowisku wodnym z wykorzystaniem sekwencjonowania nowej generacji (NGS) – praca magisterska, Centrum Nauk Sądowych

dr hab. Rafał Milanowski, prof. ucz.

Tematyka prac dyplomowych powiązana jest z aktualnie realizowanymi projektami badawczymi (Biologia molekularna euglenin).

Tematy prac dyplomowych

  • Efektywność splicingu konwencjonalnego i niekonwencjonalnego u euglenin.
  • Splicing alternatywny i introny piętrowe u euglenin.
  • Analiza transpozonów i sekwencji pochodzenia transpozonowego w genomach euglenin.
  • Spliced-liderowy trans-splicing u protistów

Stosowane metody

Metody biologii molekularnej (frakcjonowanie organelli, izolacja DNA i RNA, odwrotna transkrypcja, amplifikacja PCR, klonowanie produktów PCR, ustalanie sekwencji końców transkryptów, sekwencjonowanie, sekwencjonowanie NGS, itd.) oraz bioinformatyczna analiza sekwencji nukleotydowych.

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

  • Weronika Mikina (2023). Analiza zdarzeń ewolucyjnych kształtujących strukturę genomów jądrowych euglenin na podstawie manualnej adnotacji wybranych genów. Praca magisterska na kierunku Biotechnologia.
  • Maria Jagielska (2022). Analiza genomów mitochondrialnych wybranych gatunków euglenin. Praca magisterska na kierunku Biologia.
  • Anna Semik (2021). Analiza intronów niekonwencjonalnych w genach jądrowych euglenin. Praca licencjacka na kierunku Bioinformatyka i Biologia Systemów.
  • Michalina Komorowska (2020). Analiza formy fizycznej wyciętych intronów niekonwencjonalnych występujących w genach gapC i tubB u E. gracilis. Praca magisterska na kierunku Biotechnologia.
  • Antonina Ignatenko (2019). Mechanizmy utraty i nabywania intronów spliceosomalnych w genach jądrowych eukariontów. Praca licencjacka na kierunku Biotechnologia.
  • Paweł Hałakuc (2018). Tracing evolutionary changes in rRNA genes of Euglenozoa. Praca magisterska na kierunku Biotechnologia w ramach MISMaP.
  • Agata Gondek (2015). Badanie wpływu substancji hamujących działanie spliceosomu ludzkiego na spliceosom Euglena gracilis. Praca magisterska na kierunku Biologia w ramach MISMaP.

Wybrane publikacje, których współautorami byli studenci

  • Ignatenko A.*, Gumińska N., Milanowski R. (2019). Mechanizmy utraty i nabywania intronów spliceosomalnych. Postępy Biochemii 65(4): 289-298 (pdf).
  • Gumińska N., Płecha M., Walkiewicz H., Hałakuc P.*, Zakryś B., Milanowski R. (2018). Culture purification and DNA extraction procedures suitable for next-generation sequencing of euglenids. J Appl Phycol 30: 3541–3549 (pdf).
  • Kulczycka A.*, Łukomska-Kowalczyk M., Zakryś M., Milanowski R. (2018). PCR identification of toxic euglenid species Euglena sanguinea. J Appl Phycol 30: 1759-1763 (pdf).
  • Zganiacz D.*, Milanowski R. (2017). Charakterystyka kolistych cząsteczek kwasów rybonukleinowych (circRNA). Postępy Biochemii 63(3): 221-232 (pdf).
  • Milanowski R., Gumińska N.*, Karnkowska A., Ishikawa T., Zakryś B. (2016). Intermediate introns in nuclear genes of euglenids – are they a distinct type? BMC Evol Biol 16:49 (pdf).

Wybrane wystąpienia konferencyjne, których współautorami byli studenci

  • Semik A.*, Hałakuc P., Mikina W.*, Milanowski R. (2022). Statistical machine learning aiding the recognition of noncanonical introns in three Euglena genomes. 41th Jirovec’s Protozoological Days by Czech Society for Parasitology, 21-24 June, Svratka, Czech Republic.
  • Hałakuc P., Jagielska M.*, Płecha M., Maciszewski K., Zakryś B., Milanowski R., Karnkowska A. (2022). Structure and evolution of mitochondrial genomes in phototrophic Euglenids. 41th Jirovec’s Protozoological Days by Czech Society for Parasitology, 21-24 June, Svratka, Czech Republic.
  • Mikina W.*, Hałakuc P. Milanowski R. (2021). Manual annotation as a key reference for automatic prediction of nonconventional introns. 1st Annual International Congress on Euglenoids. 8-11 November, Online.
  • Hałakuc P., Semik A.*, Mikina W.*, Różycka J.*, Płecha M., Gumińska N., Karnkowska A., Milanowski R. (2021). Canonical and nonconventional introns in three new Euglena genomes. 1st Annual International Congress on Euglenoids. 8-11 November, Online.
  • Płecha M., Hałakuc P., Jagielska M.*, Karnkowska A., Milanowski R. (2021). Mitochondrial genomes of Euglena gracilis , E. hiemalis and E. longa obtained from the whole genome assemblies (WGA). EMBO Young Scientists Forum. 21-22 October, Warsaw, Poland.

dr hab. Julia Pawłowska

Tematyka prac dyplomowych dotyczy obszarów badawczych powiązanych z realizowanymi projektami (Mykologia):

  • Interakcje grzybów i bakterii
  • Ewolucja i ekologia najstarszych grzybów lądowych (Mucoromycota)
  • Różnorodność grzybów glebowych na obszarach silnie zanieczyszczonych
  • Badanie aktywności enzymatycznej Mucoromycota

W ramach wykonywania prac studenci mogą zapoznać się z podstawowymi technikami mikrobiologicznymi, biologii molekularnej (w tym izolacja DNA i RNA, techniki elektroforetyczne, PCR, klonowanie DNA, sekwencjonowanie Sangera, sekwencjonowanie wysokoprzepustowe NGS, FISH), metodami spektrofotometrycznymi (system Biolog) oraz podstawowymi analizami bioinformatycznymi.

Zapraszamy do obejrzenia filmu “O magii poszukiwania”.

Tematy prac dyplomowych

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

  • Zuzanna Błocka (2022). Analiza ścieżek rozkładu węglowodorów obecnych u przedstawicieli grzybów zawierających bakterie wewnątrzstrzępkowe. – praca eksperymentalna na kierunku biologia
  • Blanka Sokołowska (2022). Metabolizm lipidów u przedstawicieli Mucoromycota. – praca bioinformatyczna na kierunku biologia
  • Grzegorz Ostrowski (2021). Różnorodność przedstawicieli Mucoraceae na mięsie wołowym sezonowanym na sucho. – praca eksperymentalna na kierunku biologia
  • Aleksandra Gęsiorska (2020). Różnorodność bakterii wewnątrzstrzępkowych u przedstawicieli rodzaju Umbelopsis. – praca eksperymentalna na kierunku biotechnologia

Wybrane publikacje, których współautorami byli studenci

  1. Okrasińska, A., Decewicz, P., Majchrowska, M., Dziewit, L., Muszewska, A., Dolatabadi, S., Kruszewski, Ł., Błocka, Z., Pawłowska, J. (2022) Marginal lands and fungi – linking the type of soil contamination with fungal community composition. Environmental Microbiology. https://doi.org/10.1111/1462-2920.16007.
  2. Okrasińska, A., Bokus, A., Duk, K., Gęsiorska, A., Sokołowska, B., Miłobędzka, A., Wrzosek, M., Pawłowska, J. (2021) New Endohyphal Relationships between Mucoromycota and Burkholderiaceae Representatives. Applied and Environmental Microbiology, 87 (7): e02707-20.
  3. Pawłowska J., Istel Ł., Gorczak M., Galera H., Wrzosek M., Hawksworth D.L. (2017). Psychronectria hyperantarctica, gen. nov., comb. nov., epitypification and phylogenetic position of an Antarctic bryophilous ascomycete. Mycologia 109(4): 601-607.

Wybrane wystąpienia konferencyjne, których współautorami byli studenci

  1. Zuzanna Błocka, Julia Pawłowska. CYEBB.  Kraków (Polska), 3-5.9.2021. referat: Analysis of Diesel Oil Degradation by Fungi and Endohyphal Bacteria.
  2. Julia Pawłowska, Alicja Okrasińska, Katarzyna Duk, Łukasz Istel, Michał Gorczak, Igor Siedlecki, Aleksandra Bokus, Aleksandra Gęsiorska, Marta Wrzosek. 58. Zjazd Polskiego Towarzystwa Botanicznego. Kraków (Polska), 1-7.7.2019, referat: Diversity of endohyphal bacteria in Mucoromycota representatives.
  3. Alicja Okrasińska, Katarzyna Duk, Aleksandra Bokus, Julia Pawłowska. 6th Young Natural History scientists Meeting. Paryż (Francja), 12-16.3.2019. poster: New lineages of endohyphal bacteria detected in land colonizing fungi.

prof. dr hab. Krzysztof Spalik

Tematy prac licencjackich

  • filogenetyka molekularna
  • biogeografia i taksonomia roślin

Tematy prac magisterskich

  • filogenetyka molekularna
  • biogeografia i taksonomia roślin

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

  • Michał Gierek (2018). Analiza filogenetyczna kladu Athamanta-Conopodium z wykorzystaniem znaczników chloroplastowych i jądrowych. Praca licencjacka na kierunku Biologia.

Publikacje, których współautorami byli studenci

  1. Spalik K., A. Wojewódzka, T. Constantinidis, S.R. Downie, M. Gierek & Ł. Banasiak. 2019. Laserocarpum, a new genus of Apiaceae endemic to Greece. Acta Societatis Botanicorum Poloniae, 88: 1–9.
  2. Wojewódzka A., J. Baczyński, Ł. Banasiak, S.R. Downie, A. Czarnocka-Cieciura, M. Gierek, K. Frankiewicz & K. Spalik. 2019. Evolutionary shifts in fruit dispersal syndromes in Apiaceae tribe Scandiceae. Plant Systematics and Evolution 305(5): 401–414.
  3. Banasiak Ł., A. Wojewódzka, J. Baczyński, J.-P. Reduron, M. Piwczyński, R. Kurzyna-Młynik, R. Gutaker, A. Czarnocka-Cieciura, S. Kosmala-Grzechnik & K. Spalik. 2016. Phylogeny of Apiaceae subtribe Daucinae and the taxonomic delineation of its genera. Taxon, 65: 563–585.

Wystąpienia konferencyjne, których współautorami byli studenci

  1. Hanna Kranas, Krzysztof Spalik i Łukasz Banasiak. 2018. MatPhylobi – constructing and updating taxonomic and phylogenetic datasets from GenBank databases. Polish Evolutionary Conference, Warszawa 26-28.09.2018.
  2. Michał Gierek, Łukasz Banasiak, Jakub Baczyński, Krzysztof Spalik. 2018.  Phylogenetic relationships within the Athamanta-Conopodium clade (tribe Scandiceae, family Apiaceae).  Polish Evolutionary Conference, Warszawa 26-28.09.2018.

prof. dr hab. Marta Szulkin

Nasze badania koncentrują się na badaniu ewolucji i ekologii organizmów żywych w antropocenie – okresie zdominowanym przez człowieka, który ma znaczący globalny wpływ na ekosystemy Ziemi. W szczególności poszukujemy wzorców i procesów związanych z naturalną zmiennością dzikich organizmów żyjących w gradiencie środowisk – od lasów pierwotnych i wtórnych do terenów podmiejskich i miast.
Więcej informacji na temat naszego zespołu i badań znajdziesz tutaj

Stosowane metody

  • Ekologia terenowa
  • Analiza Statystyczna, modele mieszane (R)
  • Prace laboratoryjne (mikrobiom, genotypowanie)
  • Analiza zdjęć wideo (analiza diety przynoszonej do gniazda)

Proponowane tematy prac

  • Profile termiczne antropogenicznych szczelin lęgowych na terenach zurbanizowanych: celem pracy byłoby zbadanie granic wytrzymałości licznie występujących szczelin w budowlach miejskich (latarnie, szczeliny pod dachami itp.) i ich potencjał jako miejsce rozrodu w obliczy zmian klimatycznych oraz efektu wyspy cieplnej generowane w takich miastach jak Warszawa.

Obecnie realizowane prace dyplomowe

  • Lena Fus (praca magisterska): The Microbial Metropolis: Exploring the Impact of Urbanisation on the Gut Microbiota of Blue Tits

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

  • Katarzyna Gęsicka (praca licencjacka, Antropozoologia, 2022): Is blue tit and great tit hissing behaviour associated with urbanisation?
  • Ignacy Stadnicki (praca licencjacka, Antropozoologia, 2021): Application of crime theory in urban eco-evo research: factors influencing the disappearance of scientific equipment
  • Marta Celej (praca magisterska, Wydział Biologii, 2018): Wpływ gradientu urbanizacji na cechy fenotypowe u sikory bogatki (Parus major) i modraszki (Cyanistes caeruleus)

Przykładowe publikacje, których współautorami byli studenci

  • Corsini M, Jagiełło Z, Walesiak M, Redlisiak M, Stadnicki I*, Mierzejewska E & Szulkin M. 2022. Breeding in the pandemic: short-term lockdown restrictions do not alter reproductive decisions and avian life-history traits in a European capital city. Urban Ecosystems 1-11.
  • Chatelain M, Da Silva A, Celej M*, Kurek E, Corsini M & Szulkin M. 2021. Replicated, Urban-Driven Exposure to Metal Pollutants in Two Passerines. Scientific Reports. 11:19662.

Wybrane wystąpienia konferencyjne, których współautorami byli studenci

  • Fus, L.*, Maraci O, Szulkin M. 2023 (upcoming) The Microbial Metropolis: Exploring the Impact of Urbanisation on the Gut Microbiota of Blue Tits. Behaviour 2023 Conference, Bielefeld, Germany.
  • Stadnicki I.*, Corsini M., Szulkin M. Application of crime theory in urban ecology and evolution: factors influencing the disappearance of scientific equipment. (1) ASAB Winter Conference, The Association for the Study of Animal Behaviour, 2021 (remote); (2) Seminar, Cornell Lab of Ornithology, The United States of America, 2022 (remote, video); (3) IX International Hole-Nesting Birds Conference, University of Oxford, United Kingdom, 2022.

dr Mateusz Tałanda

Zajmuję się wczesną ewolucją jaszczurek i hatterii, ich filogenezą i biogeografią. Interesują mnie także ekosystemy triasowe ze szczególnym uwzględnieniem różnych grup kręgowców.

Przykładowe tematy prac dyplomowych

  • Kredowe korzenie jaszczurek
  • Zespół gadów morskich z triasowego stanowiska w Bliżynie
  • Ewolucja odnóży oraz sposobu kroczenia u skorpionów i staroraków
  • Zmienność wewnątrzgatunkowa i dymorfizm płciowy jaszczurki Slavoia darevskii
  • Wybrane ryby słodkowodne u zarania ery dinozaurów
  • Wielkie płazy triasowe – ich budowa i ewolucja

Stosowane metody

Metody wizualizacji anatomii w 3D (tomografia komputerowa, fotogrametria, skanowanie powierzchniowe, grafika 3D), analizy filogenetyczne, anatomia porównawcza, skaningowy mikroskop elektronowy, morfometria i analiza głównych składowych, preparatyka chemiczna i fizyczna skamieniałości.

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

Bartosz Bałdowski. 2021. Zapis kopalny wijów z grupy Chilopoda. Praca licencjacka.

Adam Rytel. 2021. Modularność szyi u Tanystropheidae ujawniona przez morfometrię geometryczną. Praca magisterska.

prof. dr hab. Bożena Zakryś

Tematy prac licencjackich

  • Wyizolowanie rzadkiego lub ciekawego gatunku eugleniny z naturalnych populacji z terenu Polski celem przeprowadzenia weryfikacji taksonomicznych, zdeponowania w światowych kolekcjach kultur glonowych czy wykorzystania w celach biotechnologicznych; stosujemy różne metody izolacji pojedynczych komórek (m.in. mikromanipulacja), zakładamy i prowadzimy hodowle jednogatunkowe.
  • Badania morfologiczne wybranych gatunków (grup gatunków) euglenin; w tym celu wykorzystujemy mikroskopię świetlną, automatyczną biometrię (system analizy obrazu NIS Elements Br 3.1) i fotografię mikroskopową.
  • Różnorodność euglenin wybranego zbiornika wodnego (m.in. silnie zanieczyszczonego ściekami przemysłowymi, komunalnymi); stosujemy mikroskopię świetlną, fotografię mikroskopową.

Tematy prac magisterskich

  • Molekularna identyfikacja euglenin w próbach środowiskowych (metabarkoding) w celu poznania ich bioróżnorodności i ekologii; izolacja DNA, PCR, sekwencjonowanie nowej generacji (NGS), analiza bioinformatyczna.
  • Badania molekularne i filogenetyczne wybranych grup gatunków euglenin w celu przeprowadzenia weryfikacji taksonomicznych; izolacja DNA, PCR, sekwencjonowanie metodą Sangera, analizy filogenetyczne.

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

  • Michał Woźniak (2020). Oczyszczanie wody zanieczyszczonej arsenem przez wybrane organizmy autotroficzne. Praca licencjacka na kierunku Ochrona Środowiska.
  • Katarzyna Chaber (2019). Analiza morfologiczna i molekularna gatunków z kompleksu Lepocinclis ovum-Lepocinclis globulus (Euglenida). Praca magisterska na kierunku Biologia.
  • Alicja Fells (2019). Badanie pokrewieństw w rodzaju Phacus Dujardin na podstawie danych molekularnych i morfologicznych. Praca magisterska na kierunku Biologia.
  • Alicja Fells (2017). Ultrastruktura chloroplastu Cryptoglena skujae (Skuja) Marin i Melkonian. Praca licencjacka na kierunku Biologia.
  • Michał Woźniak (2017). Bioróżnorodność autotroficznych euglenin w zbiornikach wodnych w okolicy Pruszkowa i Grodziska Mazowieckiego. Praca licencjacka na kierunku Ochrona Środowiska.

Publikacje, których współautorami byli studenci

  1. Łukomska-Kowalczyk M, Chaber K, Fells A, Milanowski R, Zakryś B. 2020. Taxon-rich phylogeny and taxonomy of the genus Phacus (Euglenida) based on morphological and molecular data. Journal of Phycology (przyjęta do druku)
  2. Łukomska-Kowalczyk M, Chaber K, Fells A, Milanowski R, Zakryś B. 2020. Molecular and morphological delimitation of species in the group of Lepocinclis ovum-like taxa. Journal of Phycology 56: 283-299; doi:10.1111/jpy.12949
  3. Kulczycka A, Łukomska-Kowalczyk M, Zakryś B, Milanowski R. 2018. PCR identification of toxic euglenid species Euglena sanguinea. Journal of Applied Phycology, DOI: 10.1007/s10811-017-1376-z
  4. Łukomska-Kowalczyk M., Karnkowska A, Milanowski R., Łach Ł., Zakryś B. 2015. Delimiting species boundaries within the Phacus longicauda complex (Euglenida) through morphological and molecular analyses. J Phycol. 51: 1147-1157.