Ta strona wykorzystuje ciasteczka ("cookies") w celu zapewnienia maksymalnej wygody w korzystaniu z naszego serwisu. Czy wyrażasz na to zgodę?

Czytaj więcej

Genomika i ewolucja mikroorganizmów eukariotycznych

Tematyka badań

Prowadzone przez nas badania dotyczą różnorodności, ekologii i ewolucji mikroorganizmów eukariotycznych. Interesują nas zagadnienia ewolucji komórki eukariotycznej, w tym ewolucji organelli endosymbiotycznego pochodzenia, a także wpływu horyzontalnego transferu genów na ewolucję Eukaryota. Badania genomów i transkryptomów mikroorganizmów eukariotycznych pozwalają na poszukiwanie odpowiedzi na pytania dotyczące wczesnych etapów endosymbiozy, ewolucji genomów organellarnych oraz redukcji organelli. Staramy się również zrozumieć jaką rolę odgrywają mikroorganizmy eukariotyczne w środowiskach wodnych, poprzez badanie ich różnorodności i potencjału metabolicznego oraz ich interakcji z innymi mikroorganizmami.

W naszych badaniach wykorzystujemy zarówno  techniki hodowli i izolacji komórek, jak również metody biologii molekularnej. Przede wszystkim jednak korzystamy z możliwości jakie niesie sekwencjonowanie nowej generacji i analizy bioinformatyczne. Pracujemy z danymi z sekwencjonowania genomów, transkryptomów, metagenomów czy też amplikonów. Rozwijamy również własne narzędzia bioinformatyczne przystosowane do pracy z danymi pochodzącymi z eukariota.

Aktualności

16 stycznia 2022

Oferta pracy! Poszukujemy pracownika technicznego, który dołączy do naszego zespołu i weźmie udział w realizowanych projektach. Jeśli szukasz pracy, która da Ci możliwość wszechstronnego rozwoju w zakresie biologii molekularnej, badań różnorodności biologicznej i sekwencjonowania nowej generacji to praca dla Ciebie!  Na zgłoszenia czekamy do 15 lutego 2022 r. Więcej szczegółów znajdziesz w poniższym ogłoszeniu.

14 stycznia 2022

Już jest dostępna najnowsza publikacja naszego zespołu opisująca narzędzie Tiara, które służy do klasyfikacji sekwencji metagenomowych. Zachęcamy do korzystania!

21 grudnia 2021 

Gratulujemy dr hab. Annie Karnkowskiej stypendium NAWA im. Bekkera, które umożliwi jej wyjazd na staż naukowy do IBE Barcelona!

26 listopada 2021 

Gratulujemy mgr Pawłowi Hałakucowi, którego grant Preludium uzyskał finansowany i będzie realizowany w naszym zespole!

1 października 2021

Witamy w zespole nową doktorantkę Valentinę Smacchia!

Projekty

Zespoły mikroorganizmów słodkowodnych w gradiencie eutrofizacji: różnorodność i interakcje protistów i bakterii, Grant Opus, Narodowe Centrum Nauki

Evolution of phototrophy in eukaryotes, EMBO Installation Grant

Ewolucja i funkcja plastydów bezbarwnych glonów z grupy Euglenophyta i Dictyochophyceae, Grant Sonata, Narodowe Centrum Nauki

Ewolucja i funkcja odwróconych powtórzeń (IR) w genomach plastydowych Euglenophyta, Grant Preludium, Narodowe Centrum Nauki

Inverted light microscope for the single-cell isolation of microbial eukaryotes, EMBO Young Investigator Small Grant

Establishing protocols for the long-read sequencing of microbial eukaryotes, EMBO Young Investigator Small Grant

Współpraca

Przykładowe publikacje

Karlicki, Michał; Antonowicz, Stanisław; Karnkowska, Anna

Tiara: deep learning-based classification system for eukaryotic sequences Journal Article

Bioinformatics, 38 (2), pp. 344–350, 2022.

Abstract | Links | BibTeX

Kostygov, Alexei Y; Karnkowska, Anna; Votypka, Jan; Tashyreva, Daria; Maciszewski, Kacper; Yurchenko, Vyacheslav; Lukes, Julius

Euglenozoa : taxonomy, diversity and ecology, symbioses and viruses Journal Article

Open Biology, 11 (3), pp. 200407-200407, 2021, ISBN: 0000000337.

Abstract | Links | BibTeX

Karnkowska, Anna; Treitli, Sebastian Cristian; Pen, Priscila; Hałakuc, Paweł; Karnkowska, Anna; Hampl, Vladimir

High quality genome assembly of the amitochondriate eukaryote Monocercomonoides exilis Journal Article

Microbial Genomics, 2021.

Links | BibTeX

Kayama, Motoki; Maciszewski, Kacper; Yabuki, Akinori; Miyashita, Hideaki; Karnkowska, Anna; Kamikawa, Ryoma

Highly reduced plastid genomes of the non-photosynthetic dictyochophyceans Pteridomonas spp. (Ochrophyta, SAR) are retained for tRNA-Glu-based organellar heme biosynthesis. Journal Article

Frontiers in Plant Science, 11 , pp. 1859 , 2020.

Links | BibTeX

Lukešová, Soňa; Karlicki, Michał; Hadariová, Lucia Tomečková; Szabová, Jana; Karnkowska, Anna; Hampl, Vladimír

Analyses of environmental sequences and two regions of chloroplast genomes revealed the presence of new clades of photosynthetic euglenids in marine environments Journal Article

Environmental Microbiology Reports, 12 (1), pp. 78-91, 2020.

Abstract | Links | BibTeX

Jagielski, Tomasz; Bakuła, Zofia; Gawor, Jan; Maciszewski, Kacper; Kusber, Wolf-Henning; Dyląg, Mariusz; Nowakowska, Julita; Gromadka, Robert; Karnkowska, Anna

The genus Prototheca (Trebouxiophyceae, Chlorophyta) revisited: Implications from molecular taxonomic studies Journal Article

Algal Research, 43 , pp. 101639, 2019, ISSN: 2211-9264.

Abstract | Links | BibTeX

Maciszewski, Kacper; Karnkowska, Anna

Should I stay or should I go? Retention and loss of components in vestigial endosymbiotic organelles Journal Article

Current Opinion in Genetics & Development, 58-59 , pp. 33-39, 2019, ISSN: 0959-437X, (Evolutionary genetics).

Abstract | Links | BibTeX

Han, Kwi Young; Maciszewski, Kacper; Graf, Louis; Yang, Ji Hyun; Andersen, Robert A; Karnkowska, Anna; Yoon, Hwan Su

Dictyochophyceae Plastid Genomes Reveal Unusual Variability in Their Organization Journal Article

Journal of Phycology, 55 (5), pp. 1166-1180, 2019.

Abstract | Links | BibTeX

Karnkowska, Anna; Treitli, Sebastian C; Brzoň, Ondřej; Novák, Lukáš; Vacek, Vojtěch; Soukal, Petr; Barlow, Lael D; Herman, Emily K; Pipaliya, Shweta V; Pánek, Tomáš; Žihala, David; Petrželková, Romana; Butenko, Anzhelika; Eme, Laura; Stairs, Courtney W; Roger, Andrew J; Eliáš, Marek; Dacks, Joel B; Hampl, Vladimír

The Oxymonad Genome Displays Canonical Eukaryotic Complexity in the Absence of a Mitochondrion Journal Article

Molecular Biology and Evolution, 36 (10), pp. 2292-2312, 2019, ISSN: 0737-4038.

Abstract | Links | BibTeX

Karnkowska, Anna; Bennett, Matthew S; Triemer, Richard E

Dynamic evolution of inverted repeats in Euglenophyta plastid genomes Journal Article

Scientific Reports, 8 (1), pp. 16071, 2018, ISSN: 2045-2322.

Abstract | Links | BibTeX

Jagielski, Tomasz; Gawor, Jan; Bakuła, Zofia; Decewicz, Przemysław; Maciszewski, Kacper; Karnkowska, Anna

cytb as a New Genetic Marker for Differentiation of Prototheca Species Journal Article

Journal of Clinical Microbiology, 56 (10), 2018, ISSN: 0095-1137.

Abstract | Links | BibTeX

 

Finansowanie: