Ta strona wykorzystuje ciasteczka ("cookies") w celu zapewnienia maksymalnej wygody w korzystaniu z naszego serwisu. Czy wyrażasz na to zgodę?

Czytaj więcej

Genomika i ewolucja mikroorganizmów eukariotycznych

Tematyka badań

Prowadzone przez nas badania dotyczą różnorodności, ekologii i ewolucji mikroorganizmów eukariotycznych. Interesują nas zagadnienia ewolucji komórki eukariotycznej, w tym ewolucji organelli endosymbiotycznego pochodzenia, a także wpływu horyzontalnego transferu genów na ewolucję Eukaryota. Badania genomów i transkryptomów mikroorganizmów eukariotycznych pozwalają na poszukiwanie odpowiedzi na pytania dotyczące wczesnych etapów endosymbiozy, ewolucji genomów organellarnych oraz redukcji organelli. Staramy się również zrozumieć jaką rolę odgrywają mikroorganizmy eukariotyczne w środowiskach wodnych, poprzez badanie ich różnorodności i potencjału metabolicznego oraz ich interakcji z innymi mikroorganizmami.

W naszych badaniach wykorzystujemy zarówno  techniki hodowli i izolacji komórek, jak również metody biologii molekularnej. Przede wszystkim jednak korzystamy z możliwości jakie niesie sekwencjonowanie nowej generacji i analizy bioinformatyczne. Pracujemy z danymi z sekwencjonowania genomów, transkryptomów, metagenomów czy też amplikonów. Rozwijamy również własne narzędzia bioinformatyczne przystosowane do pracy z danymi pochodzącymi z eukariota.

Projekty

Opracowanie metody wysokoprzepustowego sekwencjonowania transkryptomów z pojedynczych komórek mikroorganizmów eukariotycznych, Nowe Idee, Inicjatywa Doskonałości Uczelnia Badawcza

Fotosymbioza u słodkowodnych orzęsków: badanie różnorodności, funkcjonowania i ewolucji z zastosowaniem sekwencjonowania pojedynczych komórek, Grant Preludium BIS, Narodowe Centrum Nauki

Struktura i ewolucja genomów mitochondrialnych euglenin, Grant Preludium, Narodowe Centrum Nauki

Zespoły mikroorganizmów słodkowodnych w gradiencie eutrofizacji: różnorodność i interakcje protistów i bakterii, Grant Opus, Narodowe Centrum Nauki

Evolution of phototrophy in eukaryotes, EMBO Installation Grant

Ewolucja i funkcja odwróconych powtórzeń (IR) w genomach plastydowych Euglenophyta, Grant Preludium, Narodowe Centrum Nauki

Współpraca

Aktualności

12 września 2022

Konkurs na stanowisko student-stypendysta w projekcie MicroDivEr. Termin nadsyłania zgłoszeń upływa 23 września. Więcej szczegółów w ogłoszeniu.

1 maja 2022

W czasopiśmie Molecular Phylogenetics and Evolution właśnie ukazała się najnowsza publikacja naszego zespołu pt. Maturyoshka: A maturase inside a maturase, and other peculiarities of the novel chloroplast genomes of marine euglenophytes. 

28 kwietnia 2022

Za nami pierwszy w tym roku wyjazd terenowy na Mazury w ramach projektu #MicroDivEr. Jeziora jak zawsze piękne, a zespół w świetnych nastrojach!

19 kwietnia 2022

Konkurs na stanowisko doktorant-stypendysta w projekcie MicroDivEr. Termin nadsyłania zgłoszeń upływa 6 maja. Więcej szczegółow w ogłoszeniu.

13 kwietnia 2022

Witamy w zespole nowego pracownika technicznego Jakuba Kalinowskiego! Kuba już oswaja się z tajnikami pracy z mikroorganizmami eukariotycznymi i wziął udział w naszym pierwszym wiosennym wypadzie po próby.

9 kwietnia 2022

Z lekkim opóźnieniem świętujemy Dzień Darwina na Wydziale Biologii. W ramach tego wydarzenia Ania Karnkowska przybliży zagadnienia ewolucji komórki eukaiotycznej. Zapraszamy!

6 kwietnia 2022

Gratulujemy dr hab. Annie Karnkowskiej, której grant NCN Preludium BIS uzyskał finansowanie i będzie realizowany w naszym zespole.

30 marca 2022

Projekt Monitoring diversity of microbial dark matter in expanding anoxic zones uzyskał mini grant Sojuszu 4EU+ dla zespołów z udziałem UW. Projekt będziemy realizowali z zespołem z Uniwerystetu Karola i Sorboną.

28 marca 2022

Na kanale youtube Wydziału Biologii w ramach serii rozmów z kobiuetami nauki ukazał się wywiad z Anią Karnkowską.

1 marca 2022

Witamy Kacpra Maciszewskiego! Kacper wrócił z półrocznego pobytu na Uniwersytecie Alberty w grupie badawczej prof. Joela Dacksa realizowanego w ramach stypendium NAWA im. Iwanowskiej.

14 stycznia 2022

Już jest dostępna najnowsza publikacja naszego zespołu opisująca narzędzie Tiara, które służy do klasyfikacji sekwencji metagenomowych. Zachęcamy do korzystania!

21 grudnia 2021 

Gratulujemy dr hab. Annie Karnkowskiej stypendium NAWA im. Bekkera, które umożliwi jej wyjazd na staż naukowy do IBE Barcelona!

26 listopada 2021 

Gratulujemy mgr Pawłowi Hałakucowi, którego grant NCN Preludium uzyskał finansowanie i będzie realizowany w naszym zespole!

1 października 2021

Witamy w zespole nową doktorantkę Valentinę Smacchia!

Przykładowe publikacje

Karlicki, Michał; Antonowicz, Stanisław; Karnkowska, Anna

Tiara: deep learning-based classification system for eukaryotic sequences Journal Article

Bioinformatics, 38 (2), pp. 344–350, 2022.

Abstract | Links | BibTeX

Maciszewski, Kacper; Dabbagh, Nadja; Preisfeld, Angelika; Karnkowska, Anna

Maturyoshka: A maturase inside a maturase, and other peculiarities of the novel chloroplast genomes of marine euglenophytes Journal Article

Molecular Phylogenetics and Evolution, 170 , pp. 107441, 2022, ISSN: 1055-7903.

Abstract | Links | BibTeX

Treitli, Sebastian Cristian; Peña-Diaz, Priscila; Hałakuc, Paweł; Karnkowska, Anna; Hampl, Vladimír

High quality genome assembly of the amitochondriate eukaryote Monocercomonoides exilis Journal Article

Microbial Genomics, 7 (12), pp. 000745, 2021, ISSN: 2057-5858.

Abstract | Links | BibTeX

Kostygov, Alexei Y; Karnkowska, Anna; Votypka, Jan; Tashyreva, Daria; Maciszewski, Kacper; Yurchenko, Vyacheslav; Lukes, Julius

Euglenozoa : taxonomy, diversity and ecology, symbioses and viruses Journal Article

Open Biology, 11 (3), pp. 200407-200407, 2021, ISBN: 0000000337.

Abstract | Links | BibTeX

Kayama, Motoki; Maciszewski, Kacper; Yabuki, Akinori; Miyashita, Hideaki; Karnkowska, Anna; Kamikawa, Ryoma

Highly reduced plastid genomes of the non-photosynthetic dictyochophyceans Pteridomonas spp. (Ochrophyta, SAR) are retained for tRNA-Glu-based organellar heme biosynthesis. Journal Article

Frontiers in Plant Science, 11 , pp. 1859 , 2020.

Links | BibTeX

Lukešová, Soňa; Karlicki, Michał; Hadariová, Lucia Tomečková; Szabová, Jana; Karnkowska, Anna; Hampl, Vladimír

Analyses of environmental sequences and two regions of chloroplast genomes revealed the presence of new clades of photosynthetic euglenids in marine environments Journal Article

Environmental Microbiology Reports, 12 (1), pp. 78-91, 2020.

Abstract | Links | BibTeX

Jagielski, Tomasz; Bakuła, Zofia; Gawor, Jan; Maciszewski, Kacper; Kusber, Wolf-Henning; Dyląg, Mariusz; Nowakowska, Julita; Gromadka, Robert; Karnkowska, Anna

The genus Prototheca (Trebouxiophyceae, Chlorophyta) revisited: Implications from molecular taxonomic studies Journal Article

Algal Research, 43 , pp. 101639, 2019, ISSN: 2211-9264.

Abstract | Links | BibTeX

Maciszewski, Kacper; Karnkowska, Anna

Should I stay or should I go? Retention and loss of components in vestigial endosymbiotic organelles Journal Article

Current Opinion in Genetics & Development, 58-59 , pp. 33-39, 2019, ISSN: 0959-437X, (Evolutionary genetics).

Abstract | Links | BibTeX

Han, Kwi Young; Maciszewski, Kacper; Graf, Louis; Yang, Ji Hyun; Andersen, Robert A; Karnkowska, Anna; Yoon, Hwan Su

Dictyochophyceae Plastid Genomes Reveal Unusual Variability in Their Organization Journal Article

Journal of Phycology, 55 (5), pp. 1166-1180, 2019.

Abstract | Links | BibTeX

Karnkowska, Anna; Treitli, Sebastian C; Brzoň, Ondřej; Novák, Lukáš; Vacek, Vojtěch; Soukal, Petr; Barlow, Lael D; Herman, Emily K; Pipaliya, Shweta V; Pánek, Tomáš; Žihala, David; Petrželková, Romana; Butenko, Anzhelika; Eme, Laura; Stairs, Courtney W; Roger, Andrew J; Eliáš, Marek; Dacks, Joel B; Hampl, Vladimír

The Oxymonad Genome Displays Canonical Eukaryotic Complexity in the Absence of a Mitochondrion Journal Article

Molecular Biology and Evolution, 36 (10), pp. 2292-2312, 2019, ISSN: 0737-4038.

Abstract | Links | BibTeX

Karnkowska, Anna; Bennett, Matthew S; Triemer, Richard E

Dynamic evolution of inverted repeats in Euglenophyta plastid genomes Journal Article

Scientific Reports, 8 (1), pp. 16071, 2018, ISSN: 2045-2322.

Abstract | Links | BibTeX

Jagielski, Tomasz; Gawor, Jan; Bakuła, Zofia; Decewicz, Przemysław; Maciszewski, Kacper; Karnkowska, Anna

cytb as a New Genetic Marker for Differentiation of Prototheca Species Journal Article

Journal of Clinical Microbiology, 56 (10), 2018, ISSN: 0095-1137.

Abstract | Links | BibTeX

 

Finansowanie: