mgr Małgorzata Chwalińska

Zainteresowania badawcze

• Użycie technik sekwencjonowania drugiej i trzeciej generacji w badaniach różnorodności słodkowodnych protistów
• Interakcje orzęsków z ich endosymbiontami
• Bioinformatyka

Projekty badawcze

• Fotosymbioza u słodkowodnych orzęsków: badanie różnorodności, funkcjonowania i ewolucji z zastosowaniem sekwencjonowania pojedynczych komórek, Grant Preludium BIS, NCN. Kierownik projektu: dr hab. Anna Karnkowska
• Opracowanie metody wysokoprzepustowego sekwencjonowania transkryptomów z pojedynczych komórek mikroorganizmów eukariotycznych, Nowe Idee, Inicjatywa Doskonałości Uczelnia Badawcza. Kierownik projektu: dr hab. Anna Karnkowska
• Monitoring diversity of microbial dark matter in expanding anoxic zones, projekt w ramach sojuszu 4EU+. Kierownik projektu: Dr Tomas Panek (Uniwersytet Karola)

Staże

• Laboratory of Genomics and Diversity of Prostists, Institute of Parasitology, Biology Center Czech Academy of Science (pod opieką dr. Martina Kolísko), České Budějovice, Czechy (lipiec 2021 – sierpień 2021)

Członkostwo w stowarzyszeniach

• International Society of Protistologists (ISOP)

Konferencje

Prezentacje

• Chwalińska M., Méndez-Sánchez D., Tymoshenko D., Archibald J., Karnkowska A. Freshwater photosymbiotic ciliates – complex systems reconstructed with single-cell genomics. Protistology Open 2026. Praga, Czechy; 2026.
• Chwalińska M., Karlicki M., Smacchia V., Karnkowska A. The usage of long, nanopore, high-quality operational taxonomic units (OTUs) to improve the taxonomic annotation of freshwater ciliates. Meeting of the EMBO Young Investigator Network on ecology and evolutionary biology of microbes. Chęciny, Polska; 2023.
• Chwalińska M., Karlicki M., Smacchia V., Karnkowska A. Expanding protist reference sequences databases: a bioinformatic pipeline for obtaining high-quality OTUs from Oxford Nanopore sequencing. ISEP Virtual Meeting. Online; 2023.
• Chwalińska M., Sałek M., Smacchia V., Hałakuc P., Maciszewski K., Karlicki M., Karnkowska A. Freshwater protists diversity elucidated with the short Illumina vs long MinION amplicons of 18S rRNA gene. 51st Jírovec’s Protozoological Days. Hotel Svratka, Czechy; 2022.

Postery

• Chwalińska M., Tymoshenko D., Archibald J., Karnkowska A. A single-cell genomic workflow for characterizing unculturable and diverse ciliate–green alga photosymbioses. EMBO | EMBL Symposium: The cellular mechanics of symbiosis: sensing friend from foe. Heidelberg, Niemcy; 2026.
• Chwalińska M., Karnkowska A. Uncover the nature of ciliate-green algae symbiosis using single-cell genomics. EMBO Early Career Lecture Course “Evolutionary and Comparative Genomics”. Napflion, Grecja; 2024.
• Chwalińska M., Karnkowska A. Photosymbiosis in freshwater ciliates: elucidating its diversity, functioning and evolution with single-cell sequencing. de.NBI Spring School 2024 – Bioinformatics for Microbial Omics. Bielefeld, Niemcy; 2024.
• Chwalińska M., Karlicki M., Karnkowska A. Freshwater protist diversity analysis using long nanopore 18S rDNA amplicons reveals hidden diversity of ‘Excavates’. ECOP-ISOP joint meeting “The Century of Protists”. Wiedeń, Austria; 2023.
• Chwalińska M., Karlicki M., Karnkowska A. 18S rDNA amplicon-based analysis of the diversity of microbial eukaryotes communities in the salinity gradient of Świna river estuary, 9th Intercollegiate Biotechnology Symposium “Symbioza”. Online, 2021.

Publikacje

@article{nokey,

title = {From short to long reads: enhanced protist diversity profiling via Nanopore metabarcoding},

author = {Małgorzata Chwalińska and Michał Karlicki and Sarah Romac and Fabrice Not and Anna Karnkowska},

doi = {https://doi.org/10.3897/mbmg.9.163750},

year  = {2025},

date = {2025-10-08},

urldate = {2025-10-08},

journal = {Metabarcoding and Metagenomics (MBMG)},

volume = {9},

pages = {e163750},

keywords = {},

pubstate = {published},

tppubtype = {article}

}