Ta strona wykorzystuje ciasteczka ("cookies") w celu zapewnienia maksymalnej wygody w korzystaniu z naszego serwisu. Czy wyrażasz na to zgodę?

Czytaj więcej

Laboratorium Bioinformatyki Strukturalnej

Tematyka badań

Ilość dostępnych danych biologicznych, pochodzących z różnych procedur doświadczalnych (sekwencjonowanie genomów i transkryptomów, określanie struktury i funkcji białek), jest ogromna. W naszej grupie stosujemy techniki obliczeniowe, takie jak głębokie uczenie, symulacje dynamiki molekularnej i analizy sekwencyjno-strukturalne, aby wykorzystać te dane. Szczególnie interesuje nas zrozumienie, w jaki sposób powstały i ewoluowały rodziny białkowe oraz w jaki sposób struktury i funkcje białek są determinowane przez alfabet 20 aminokwasów.

Aktualnie realizowane projekty badawcze

  • Zastosowanie metod biologii systemowej w celu zrozumienia ewolucji i roli ścieżek molekularnych powiązanych z wielokomórkowością (NCN OPUS 2020/37/B/NZ2/03268)
  • Rozwój oraz weryfikacja narzędzi bioinformatycznych do wysokoprzepustowej analizy białkowych struktur domen splecionych helis α, ze szczególnym uwzględnieniem metody AlphaFold2 (IDUB BOB-IDUB-622-314/2022)

Zasoby obliczeniowe

Selected publications

Ludwiczak, Jan; Winski, Aleksander; Dunin-Horkawicz, Stanislaw

localpdb —a Python package to manage protein structures and their annotations Journal Article

In: Bioinformatics, 2022, ISSN: 1367-4803.

Abstract | Links | BibTeX

Kamiński, Kamil; Ludwiczak, Jan; Jasiński, Maciej; Bukala, Adriana; Madaj, Rafal; Szczepaniak, Krzysztof; Dunin-Horkawicz, Stanisław

Rossmann-toolbox: a deep learning-based protocol for the prediction and design of cofactor specificity in Rossmann fold proteins Journal Article

In: Briefings in Bioinformatics, vol. 23, 2022, ISSN: 1467-5463.

Abstract | Links | BibTeX

Szczupak, Patrycja; Radzikowska-Cieciura, Ewa; Kulik, Katarzyna; Madaj, Rafał; Sierant, Małgorzata; Krakowiak, Agnieszka; Nawrot, Barbara

Escherichia coli tRNA 2-selenouridine synthase SelU selects its prenyl substrate to accomplish its enzymatic function Journal Article

In: Bioorganic Chemistry, vol. 122, pp. 105739, 2022, ISSN: 00452068.

Abstract | Links | BibTeX

Latoszek, Ewelina; Wiweger, Małgorzata; Ludwiczak, Jan; Dunin-Horkawicz, Stanisław; Kuznicki, Jacek; Czeredys, Magdalena

Siah-1-interacting protein regulates mutated huntingtin protein aggregation in Huntington’s disease models Journal Article

In: Cell & Bioscience, vol. 12, pp. 34, 2022, ISSN: 2045-3701.

Abstract | Links | BibTeX

Szczepaniak, Krzysztof; Bukala, Adriana; da Neto, Antonio Marinho Silva; Ludwiczak, Jan; Dunin-Horkawicz, Stanislaw

A library of coiled-coil domains: from regular bundles to peculiar twists Journal Article

In: Bioinformatics, vol. 36, pp. 5368-5376, 2021, ISSN: 1367-4803.

Abstract | Links | BibTeX

Banaś, Anna M; Bocian-Ostrzycka, Katarzyna M; Dunin-Horkawicz, Stanisław; Ludwiczak, Jan; Wilk, Piotr; Orlikowska, Marta; Wyszyńska, Agnieszka; Dąbrowska, Maria; Plichta, Maciej; Spodzieja, Marta; Polańska, Marta A; Malinowska, Agata; Jagusztyn-Krynicka, Elżbieta Katarzyna

Interplay between DsbA1, DsbA2 and C8J_1298 Periplasmic Oxidoreductases of Campylobacter jejuni and Their Impact on Bacterial Physiology and Pathogenesis Journal Article

In: International Journal of Molecular Sciences, vol. 22, pp. 13451, 2021, ISSN: 1422-0067.

Abstract | Links | BibTeX

Adamczyk, M; Lewicka, E; Szatkowska, R; Nieznanska, H; Ludwiczak, J; Jasiński, M; Dunin-Horkawicz, S; Sitkiewicz, E; Swiderska, B; Goch, G; Jagura-Burdzy, G

Revealing biophysical properties of KfrA-type proteins as a novel class of cytoskeletal, coiled-coil plasmid-encoded proteins Journal Article

In: BMC Microbiology, vol. 21, pp. 32, 2021, ISSN: 1471-2180.

Abstract | Links | BibTeX

Ludwiczak, Jan; Winski, Aleksander; Szczepaniak, Krzysztof; Alva, Vikram; Dunin-Horkawicz, Stanislaw

DeepCoil—a fast and accurate prediction of coiled-coil domains in protein sequences Journal Article

In: Bioinformatics, vol. 35, pp. 2790-2795, 2019, ISSN: 1367-4803.

Abstract | Links | BibTeX

Nowacka, Martyna; Boccaletto, Pietro; Jankowska, Elzbieta; Jarzynka, Tomasz; Bujnicki, Janusz M; Dunin-Horkawicz, Stanislaw

RRMdb—an evolutionary-oriented database of RNA recognition motif sequences Journal Article

In: Database, vol. 2019, 2019, ISSN: 1758-0463.

Abstract | Links | BibTeX

Ludwiczak, Jan; Jarmula, Adam; Dunin-Horkawicz, Stanislaw

Combining Rosetta with molecular dynamics (MD): A benchmark of the MD-based ensemble protein design Journal Article

In: Journal of Structural Biology, vol. 203, pp. 54-61, 2018, ISSN: 10478477.

Abstract | Links | BibTeX