Ta strona wykorzystuje ciasteczka ("cookies") w celu zapewnienia maksymalnej wygody w korzystaniu z naszego serwisu. Czy wyrażasz na to zgodę?

Czytaj więcej

mgr Michał Karlicki

Zainteresowania badawcze

  • Ekologia ekosystemów wodnych ze szczególnym uwzględnieniem mikroorganizmów
    fototroficznych
  • Interakcje międzygatunkowe (protista – protista i protista – prokaryota)
  • Bioinformatyka, meta–omika, uczenie maszynowe

Projekty badawcze

Zrealizowane projekty

  • Analiza różnorodności biologicznej mikroorganizmów eukariotycznych na pograniczu wód słonych i słodkich z wykorzystaniem sekwencji amplikonu rejonu V9 genu 18S rRNA. Grant DSM 2019, Dotacja Statutowa Młodych, Wydział Biologii UW

Staże

  • Lipiec – Październik 2017: Singapore Centre Of Environmental Life Sciences Engineering, Nanyang Technological University, Singapur
  • Czerwiec – Wrzesień 2014: Center for Research and Development of Industrial Fermentations, La Plata, Argentyna

Członkostwo w stowarzyszeniach i pełnione funkcje

  • International Society of Protistologists (ISOP)
  • Polskie Towarzystwo Mikrobiologów

Nagrody i wyróżnienia

  • Holz-Conner Travel Grant (dofinansowanie uczestnictwa w konferencji; Międzynarodowe Towarzystwo Protistologiczne, ISOP) (2019)
  • Wyróżnienie w XI konkursie na najlepszą pracę magisterską z bioinformatyki przyznawanym przez Polskie Towarzystwo Bioinformatyczne (2019)

Konferencje

Prezentacje ustne

  • Karlicki M., Rymuza J., Antonowicz S., Karnkowska A. Machine learning-based approach for classification of metagenomic data. 4th EMBO Workshop on Computational and Structural Biology and Chemistry. Waplewo, Polska; 2020.
  • Karlicki M., Karnkowska A. Metagenomics insight into eukaryotic picoplankton community of the Baltic Sea. 49th Jirovec’s Protozoological Days. Kostelec nad Cernymi Lesy, Czechy; 2019.
  • Karnkowska A., Maciszewski K., Karlicki M., Bennett M.S., Triemer R.E. Why do we need more algal plastid genomes? Phycological Society of America and the International Society of Protistologists Conference. Vancouver, Kanada; 2018.
  • Karlicki M., Karnkowska A. MetaPlastHunter: An efficient pipeline for classifying chloroplast reads from metagenomic data. VII Intercollegiate Biotechnology Symposium “Symbioza”. Warszawa, Polska; 2018.
  • Karlicki Michał, Karnkowska Anna. Searching for Plastid Genomes in the Metagenomic Data; 48th Jirovec’s Protozoological Days. Kuncice pod Ondrejkiem, Czechy; 2018.

Plakaty

  • Karlicki M., Karnkowska A. Temporal dynamics of prokaryotic and microbial eukaryotic community in the freshwater lake revealed by 16S and 18S rDNA metabarcoding. FEMS Conference on Microbiology 2020 (online, 2020).
  • Karlicki M., Lukešová S., Hadariová L., Szabová J., Hampl V., Karnkowska A. Looking for a needle in a haystack searching for plastids in the environmental DNA. VIII European Congress of Protistology – ISOP joint meeting. Rome, Italy; 2019.

Publikacje

2022

Karlicki, Michał; Antonowicz, Stanisław; Karnkowska, Anna

Tiara: deep learning-based classification system for eukaryotic sequences Journal Article

Bioinformatics, 38 (2), pp. 344–350, 2022.

Abstract | Links | BibTeX

2020

Lukešová, Soňa; Karlicki, Michał; Hadariová, Lucia Tomečková; Szabová, Jana; Karnkowska, Anna; Hampl, Vladimír

Analyses of environmental sequences and two regions of chloroplast genomes revealed the presence of new clades of photosynthetic euglenids in marine environments Journal Article

Environmental Microbiology Reports, 12 (1), pp. 78-91, 2020.

Abstract | Links | BibTeX