Ta strona wykorzystuje ciasteczka ("cookies") w celu zapewnienia maksymalnej wygody w korzystaniu z naszego serwisu. Czy wyrażasz na to zgodę?

Czytaj więcej

dr hab. Anna Karnkowska

Zainteresowania badawcze

Prowadzone przeze mnie badania dotyczą różnorodności, ewolucji i ekologii mikroorganizmów eukariotycznych (protista). Zajmuję się ewolucją komórki eukariotycznej, w tym zagadnieniami pochodzenia, ewolucji i redukcji organelli endosymbiotycznego pochodzenia, a także horyzontalnym transferem genów u eukariota. Badam również różnorodność i rolę fotosyntetyzujących i pasożytniczych mikroorganizmów eukariotycznych w środowiskach wodnych.

Więcej o moich badaniach można przeczytać na stronie grupy Genomika i ewolucja mikroorganizmów eukariotycznych.

Dydaktyka

  • Bioinformatyka praktyczna
  • Biologia mikroorganizmów eukariotycznych
  • Ewolucjonizm dla Bioinformatyki i biologii systemów
  • Strategia publikacyjna w dyscyplinie
  • Współczesna biologia

Projekty badawcze

Staże

  • Roscoff Marine Station, Roscoff, Francja, wrzesień 2021
  • Botany Department, University of British Columbia, Vancouver, Kanada (opiekun naukowy: Prof. Patrick Keeling), styczeń 2016 – grudzień 2016, staż podoktorski
  • Department of Cell Biology, University of Alberta, Kanada (opiekun naukowy: Prof. Joel B. Dacks), kwiecień 2014 – wrzesień 2014, staż naukowy
  • Parasitology Department, Charles University in Prague, Czechy (opiekun naukowy: Dr hab. Vladimir Hampl), styczeń 2013 – grudzień 2015, staż podoktorski.

Nagrody i wyróżnienia

  • Stypendium 20. edycji programu L’Oréal-UNESCO dla Kobiet i Nauki (2021)
  • Nagroda im. prof. Pieńkowskiego (2020)
  • Stypendium Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego dla wybitnych młodych naukowców (2018)
  • Stypendium Fundacji na Rzecz Nauki Polskiej START (2013)
  • Nagroda Prezesa Rady Ministrów za rozprawę doktorską (2012)

Wybrane publikacje

2022

Karlicki, Michał; Antonowicz, Stanisław; Karnkowska, Anna

Tiara: deep learning-based classification system for eukaryotic sequences Journal Article

Bioinformatics, 38 (2), pp. 344–350, 2022.

Abstract | Links | BibTeX

Maciszewski, Kacper; Dabbagh, Nadja; Preisfeld, Angelika; Karnkowska, Anna

Maturyoshka: A maturase inside a maturase, and other peculiarities of the novel chloroplast genomes of marine euglenophytes Journal Article

Molecular Phylogenetics and Evolution, 170 , pp. 107441, 2022, ISSN: 1055-7903.

Abstract | Links | BibTeX

2021

Treitli, Sebastian Cristian; Peña-Diaz, Priscila; Hałakuc, Paweł; Karnkowska, Anna; Hampl, Vladimír

High quality genome assembly of the amitochondriate eukaryote Monocercomonoides exilis Journal Article

Microbial Genomics, 7 (12), pp. 000745, 2021, ISSN: 2057-5858.

Abstract | Links | BibTeX

Kostygov, Alexei Y; Karnkowska, Anna; Votypka, Jan; Tashyreva, Daria; Maciszewski, Kacper; Yurchenko, Vyacheslav; Lukes, Julius

Euglenozoa : taxonomy, diversity and ecology, symbioses and viruses Journal Article

Open Biology, 11 (3), pp. 200407-200407, 2021, ISBN: 0000000337.

Abstract | Links | BibTeX

Karnkowska, Anna; Treitli, Sebastian Cristian; Pen, Priscila; Hałakuc, Paweł; Karnkowska, Anna; Hampl, Vladimir

High quality genome assembly of the amitochondriate eukaryote Monocercomonoides exilis Journal Article

Microbial Genomics, 2021.

Links | BibTeX

2020

Kayama, Motoki; Maciszewski, Kacper; Yabuki, Akinori; Miyashita, Hideaki; Karnkowska, Anna; Kamikawa, Ryoma

Highly reduced plastid genomes of the non-photosynthetic dictyochophyceans Pteridomonas spp. (Ochrophyta, SAR) are retained for tRNA-Glu-based organellar heme biosynthesis. Journal Article

Frontiers in Plant Science, 11 , pp. 1859 , 2020.

Links | BibTeX

Lukešová, Soňa; Karlicki, Michał; Hadariová, Lucia Tomečková; Szabová, Jana; Karnkowska, Anna; Hampl, Vladimír

Analyses of environmental sequences and two regions of chloroplast genomes revealed the presence of new clades of photosynthetic euglenids in marine environments Journal Article

Environmental Microbiology Reports, 12 (1), pp. 78-91, 2020.

Abstract | Links | BibTeX

2019

Maciszewski, Kacper; Karnkowska, Anna

Should I stay or should I go? Retention and loss of components in vestigial endosymbiotic organelles Journal Article

Current Opinion in Genetics & Development, 58-59 , pp. 33-39, 2019, ISSN: 0959-437X, (Evolutionary genetics).

Abstract | Links | BibTeX

Han, Kwi Young; Maciszewski, Kacper; Graf, Louis; Yang, Ji Hyun; Andersen, Robert A; Karnkowska, Anna; Yoon, Hwan Su

Dictyochophyceae Plastid Genomes Reveal Unusual Variability in Their Organization Journal Article

Journal of Phycology, 55 (5), pp. 1166-1180, 2019.

Abstract | Links | BibTeX

Karnkowska, Anna; Treitli, Sebastian C; Brzoň, Ondřej; Novák, Lukáš; Vacek, Vojtěch; Soukal, Petr; Barlow, Lael D; Herman, Emily K; Pipaliya, Shweta V; Pánek, Tomáš; Žihala, David; Petrželková, Romana; Butenko, Anzhelika; Eme, Laura; Stairs, Courtney W; Roger, Andrew J; Eliáš, Marek; Dacks, Joel B; Hampl, Vladimír

The Oxymonad Genome Displays Canonical Eukaryotic Complexity in the Absence of a Mitochondrion Journal Article

Molecular Biology and Evolution, 36 (10), pp. 2292-2312, 2019, ISSN: 0737-4038.

Abstract | Links | BibTeX

2018

Karnkowska, Anna; Bennett, Matthew S; Triemer, Richard E

Dynamic evolution of inverted repeats in Euglenophyta plastid genomes Journal Article

Scientific Reports, 8 (1), pp. 16071, 2018, ISSN: 2045-2322.

Abstract | Links | BibTeX

Strassert, Jürgen F H; Karnkowska, Anna; Hehenberger, Elisabeth; del Campo, Javier; Kolisko, Martin; Okamoto, Noriko; Burki, Fabien; Janouškovec, Jan; Poirier, Camille; Leonard, Guy; Hallam, Steven J; Richards, Thomas A; Worden, Alexandra Z; Santoro, Alyson E; Keeling, Patrick J

Single cell genomics of uncultured marine alveolates shows paraphyly of basal dinoflagellates Journal Article

The ISME Journal, 12 (1), pp. 304–308, 2018, ISSN: 1751-7370.

Abstract | Links | BibTeX

2016

Karnkowska, Anna; Hampl, Vladimir

The curious case of vanishing mitochondria Journal Article

Microbial Cell, 3 (10), pp. 491–494, 2016, ISSN: 23112638.

Abstract | Links | BibTeX

Karnkowska, Anna; Vacek, Vojtěch; Zubáčová, Zuzana; Treitli, Sebastian C; Petrželková, Romana; Eme, Laura; Novák, Lukáš; Žárský, Vojtěch; Barlow, Lael D; Herman, Emily K; Soukal, Petr; Hroudová, Miluše; Doležal, Pavel; Stairs, Courtney W; Roger, Andrew J; Eliáš, Marek; Dacks, Joel B; Vlček, Čestmír; Hampl, Vladimír

A Eukaryote without a Mitochondrial Organelle Journal Article

Current Biology, 26 (10), pp. 1274-1284, 2016, ISSN: 0960-9822.

Abstract | Links | BibTeX

2015

Karnkowska, Anna; Bennett, Matthew S; Watza, Donovan; Kim, Jong Im; Zakryś, Bożena; Triemer, Richard E

Phylogenetic Relationships and Morphological Character Evolution of Photosynthetic Euglenids (Excavata) Inferred from Taxon-rich Analyses of Five Genes Journal Article

Journal of Eukaryotic Microbiology, 62 (3), pp. 362-373, 2015.

Abstract | Links | BibTeX