We use cookies on this site to enhance your user experience. Do You agree?

Read more

Diploma thesis

[work in progress]

Dr hab. Kenneth de Baets

Themes of theses

Our thesis and research topics are diverse but mostly focused on the evolution and paleobiology of invertebrates. Various themes are connected to our currently running IDUB-funded project PARADIVE which focuses on the impact of climate-warming and extinction on parasite-host associations but other re-occuring themes in my research are macroevolutionary patterns and biomineralization.

Some examples of potential topics:

  • Paleoparasitology of coprolites and paleopathology
  • Geometric morphometric analysis
  • Geochemistry and sclerochronology of mineralized tissues of cephalopod mollusks
  • Co-evolution and co-extinction of parasite-host associations

Depending on the topic, techniques can involve:

  • Paleontological or stratigraphic paleobiological field work
  • Museum collection and paleontological preparation work
  • Digital microscope, microfacies analysis and computed tomography
  • (Geometric) Morphometrics
  • Experimental taphonomy and conservation paleobiology
  • Data and literature mining
  • Quantitative (paleo)biological analysis and modelling particularly statistical analyses in R
  • Molecular divergence time or co-phylogenetic analyses

Themes of recently supervised theses

  • Różnorodność, biomineralizacja i dynamika wzrostu rozmiarów ciała bezkręgowców morskich
  • Holoceńskie trendy w występowaniu układów pasożyt-żywiciel uchwycone w koprolitach i patologiach szkieletowych
  • Rekonstrukcja 3D i morfometria oraz eksperymentalna taponomia bezkręgowców i kręgowców

Selected publications co-authored by students

  • De Baets, K., Nätscher*, P. S., Rita*, P., Fara, E., Neige, P., Bardin, J., Dera, G., Duarte, L.V., Hughes, Z., Laschinger*, P, García-Ramos, J. C., Piñuela, L., Übelacker*, C. & Weis, R. (2021). The impact of the Pliensbachian–Toarcian crisis on belemnite assemblages and size distribution. Swiss Journal of Palaeontology, 140(1), 1-14.
  • Nätscher*, P. S., Dera, G., Reddin, C. J., Rita*, P., & De Baets, K. (2021). Morphological response accompanying size reduction of belemnites during an Early Jurassic hyperthermal event modulated by life history. Scientific Reports, 11(1), 1-11.
  • Rita*, P., Weis, R., Duarte, L. V., & De Baets, K. (2021). Taxonomical diversity and palaeobiogeographical affinity of belemnites from the Pliensbachian–Toarcian GSSP (Lusitanian Basin, Portugal). Papers in Palaeontology, 7(3), 1321-1349.
  • Rita*, P., Nätscher*, P., Duarte, L. V., Weis, R., & De Baets, K. (2019). Mechanisms and drivers of belemnite body-size dynamics across the Pliensbachian–Toarcian crisis. Royal Society Open Science, 6(12), 190494.
  • Rita*, P., De Baets, K., & Schlott*, M. (2018). Rostrum size differences between Toarcian belemnite battlefields. Fossil Record, 21(1), 171-182.
  • Clements*, T., Colleary, C., De Baets, K., & Vinther, J. (2017). Buoyancy mechanisms limit preservation of coleoid cephalopod soft tissues in Mesozoic Lagerstätten. Palaeontology, 60(1), 1-14.
  • Stilkerich*, J., Smrecak, T. A., & De Baets, K. (2017). 3D-Analysis of a non-planispiral ammonoid from the Hunsrück Slate: natural or pathological variation? PeerJ, 5, e3526.
  • Gügel*, B., De Baets, K., Jerjen, I., Schuetz, P., & Klug, C. (2017). A new subdisarticulated machaeridian from the Middle Devonian of China: Insights into taphonomy and taxonomy using X-ray microtomography and 3D-analysis. Acta Palaeontologica Polonica, 237-247.
  • Übelacker, C., Jansen, U., & De Baets, K. (2016). First record of the Early Devonian ammonoid Teicherticeras from the Eifel (Germany): biogeographic and biostratigraphic importance. Neues Jahrbuch für Geologie und Paläontologie—Abhandlungen, 282, 201-208.

dr Łukasz Banasiak

Tematyka badawcza

Moje zainteresowania dotyczą ewolucji i ekologii roślin kwiatowych, a w szczególności rzędu selerewców (Apiales). Od kilku lat prowadzę badania nad zmiennością morfologiczną i ewolucją pyłku w kontekście datowania filogenezy. W swojej pracy łączę zarówno tradycyjny warsztat morfologiczny jak i nowoczesne metody filogenetyczne. Podczas wykonywania prac dyplomowych pod moją opieką studenci mogą się nauczyć:

  • klasycznej analizy pyłkowej (izolacja, utrwalanie i obserwacje mikroskopowe pyłku),
  • szacownia relacji pokrewieństwa na podstawie zmienności markerów molekularnych,
  • klasyfikacji organizmów w oparciu o relacje pokrewieństwa,
  • rekonstrukcji stanów ancestralnych cech organizmów,
  • modelowania i rekostrukcji niszy ekologicznej,
  • datowania filogenezy z wykorzystaniem skamieniałości,
  • analizy tempa dywersyfikacji.

Proponowane tematy prac

  • Datowanie filogenezy rzędu selerowców (Apiales) w oparciu o skamieniałości pyłku.
  • Automatyczna kontrola jakości danch molekularnych służących do szacowania relacji pokrewieństwa.

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

  • Jakub Baczyński (2017). Rekonstrukcja ewolucji morfologii pyłku roślin baldaszkowatych (Apiaceae). Praca magisterska na kierunku Biologia.
  • Karolina Sobecka (2017). Wpływ klimatu na morfologię pyłku roślin baldaszkowatych (Apiaceae). Praca licencjacka na kierunku Biologia.
  • Hanna Kranas (2016). MatPhylobi – narzędzie do automatycznej konstrukcji macierzy danych molekularnych do analiz filogenetycznych na podstawie rekordów GenBank. Praca licencjacka na kierunku Bioinformatyka i Biologia Systemów.

Dr Stanisław Dunin-Horkawicz

The thesis topics are related to the development and application of computational methods for the analysis of protein sequences and structures.

Applied methods

Modeling of protein structures, molecular dynamics simulations, classification of protein sequences and structures, and machine learning.

Thesis in progress

  • Julia Gołębiowska, „Predicting absorption wavelengths of rhodopsins using machine learning-based methods”, Master’s thesis, Faculty of Mathematics, Informatics and Mechanics (supervised also by Anna Karnkowska, PhD, Faculty of Biology)
  • Jędrzej Kubica, “Sequence analysis and structure modeling of bacterial receptor proteins of unknown function “, Master’s thesis, Department of Chemistry (supervised also by prof. Dominik Gront, Department of Chemistry)

Examples of completed thesis

  • Kamil Kamiński, „Re-engineering cofactor specificity of the Rossmann fold proteins using graph neural networks”, 2020, Master’s thesis, Faculty of Physics
  • Adriana Bukała, „Ancestral state reconstruction approach in investigating Rossmann fold evolution”, 2020, bachelor thesis, Faculty of Mathematics, Informatics and Mechanics
  • Aleksander Wiński, „The use of deep learning methods to predict protein π helix secondary structure based on sequence and evolutionary information”, 2018, bachelor thesis, Faculty of Physics

Examples of publications co-authored by students

  • Kamiński, K., Ludwiczak, J., Jasiński, M., Bukala, A., Madaj, R., Szczepaniak, K., & Dunin-Horkawicz, S. (2022). Rossmann-toolbox: a deep learning-based protocol for the prediction and design of cofactor specificity in Rossmann fold proteins. Briefings in Bioinformatics, 23(1), bbab371.
  • Ludwiczak, J., Winski, A., da Silva Neto, A. M., Szczepaniak, K., Alva, V., & Dunin-Horkawicz, S. (2019). PiPred – a deep-learning method for prediction of π-helices in protein sequences. Scientific Reports, 9(1), 6888.
  • Szczepaniak, K., Bukala, A., da Silva Neto, A. M., Ludwiczak, J., & Dunin-Horkawicz, S. (2021). A library of coiled-coil domains: from regular bundles to peculiar twists. Bioinformatics, 36(22–23), 5368–5376.

Dr hab. Anna Karnkowska

Tematyka prac dyplomowych dotyczy trzech obszarów badawczych powiązanych z realizowanymi projektami (Genomika i ewolucja mikroorganizmów eukariotycznych):

  • Różnorodność i rola mikroorganizmów eukariotycznych w środowiskach wodnych.
  • Ewolucja genomów eukariotycznych.
  • Narzędzia bioinformatyczne i ścieżki postępowania w analizach danych metagenomowych.

W ramach realizowanych prac wykorzystywane są analizy bioinformatyczne, w tym składanie genomów i transkryptomów, przewidywanie genów i ich adnotacja, rekonstrukcja szlaków metabolicznych in silico, analizy filogenetyczne, analizy danych z sekwencjonowania środowiskowego (taksonomiczne – analiza amplikonów i funkcjonalne – analizy metagenomowe). W ramach wykonywanej pracy studenci zapoznają się również z podstawowymi technikami biologii molekularnej (izolacja DNA i RNA, techniki elektroforetyczne, synteza cDNA, PCR, RT-PCR, klonowanie DNA, sekwencjonowanie Sangera, sekwencjonowanie wysokoprzepustowe NGS, sekwencjonowanie nanoporowe) oraz z technikami poboru prób, izolacji i hodowli mikroorganizmów eukariotycznych.

Tematy prac dyplomowych

  • Identyfikacja i analiza metabolizmu bakteryjnych endosymbiontów protistów

Prowadzenie hodowli protistów, izolacja DNA, PCR, sekwencjonowanie Sangera. Sekwencjonowanie nanoporowe (trzeciej generacji). Analiza sekwencji z sekwencjonowania wysokoprzepustowego, składanie genomu bakteryjnego i analiza metabolizmu.

  • Wykorzystanie sekwencjonowania wysokoprzepustowego (Illumina i sekwencjonowanie nanoporowe) w analizach różnorodności prokariota i eukariota w wodach słodkich.

Izolacja DNA, PCR, sekwencjonowanie Sangera i sekwencjonowanie nanoporowe. Analiza sekwencji z sekwencjonowania wysokoprzepustowego, analiza amplikonów – adnotaja taksonomiczna i analizy różnordoności.

  • Różnordność, ewolucja i funkcja rodopsyn mikrobialnych u słodkowodnych protista.

Izolacja RNA, synteza cDNA, sekkwencjonowanie metatranskryptomu. Analiza sekwencji z sekwencjonowania wysokoprzepustowego. Hodowla mikroorganizmów eukariotycznych i eksperymenty laboratoryjne.

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

  • Julia Gołębiowska, Analiza występowania i różnorodności rodopsyn mikrobialnych w Jeziorze Roś w oparciu o dane metatranskryptomowe i amplikony, 2021, praca magisterka na kierunku Biotechnologia
  • Gabriela Wilga, Ewolucja genomów plastydowych bezbarwnych zielenic z rodzaju Prototheca, 2021 praca magisterska na kierunku Biotechnologia
  • Małgorzata Chwalińska, Analiza różnorodności zespołów mikroorganizmów eukariotycznych w gradiencie zasolenia estuarium rzeki Świny oparta o analizę amplikonu genu 18S rDNA, 2020, praca licencjacka na kierunku Biologia
  • Stanisław Antonowicz, Ocena sposobów reprezentacji i klasyfikacji danych z wykorzystaniem uczenia maszynowego na przykładzie przypisywania funkcji w wybranej rodzinie białek, 2019, praca licencjacka na kierunku Bioinformatyka i Biologia Systemów
  • Michał Karlicki, Genomy organellarne mikroorganizmów eukariotycznych w danych metagenomowych, 2018, praca magisterska na kierunku Bioinformatyka i Biologia Systemów
    Praca wyróżniona w konkursie Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego na najlepszą pracę magisterską z bioinformatyki obronioną w 2018 r.

Przykładowe publikacje, których współautorami byli studenci

  1. Karlicki M, Antonowicz S*, Karnkowska A (2022) Tiara: deep learning-based classification system for eukaryotic sequences. Bioinformatics38: 344–50.

  2. Łukomska-Kowalczyk M, Karnkowska A, Krupska M*, Milanowski R, Zakryś B (2016) DNA Barcoding In Autotrophic Euglenids: Evaluation of COI and 18S rDNA. J Phycol 52: 951-60

Przykładowe wystąpienia konferencyjne, których współautorami byli studenci

  1. Karlicki M, Karnkowska A (2018) MetaPlastHunter: An efficient pipeline for classifying chloroplast reads from metagenomic data, VII Międzyuczelniane Sympozjum Biotechnologiczne ,,Symbioza”, Polska.
  2. Karlicki M, Karnkowska Anna (2018) Searching for Plastid Genomes in the Metagenomic Data, 48th Jirovec’s Protozoological Days, Czechy.
  3. Karnkowska A., Maciszewski K., Karlicki M, Bennett MS, Triemer RE (2018) Why do we need more algal plastid genomes? Phycological Society of America and the International Society of Protistologists Conference, Vancouver, Kanada.
  4. Hałakuc P, Płecha M, Różycka J, Milanowski R, Karnkowska A (2020) Nonconventional genomics of Euglena species. 4th EMBO Workshop on Computational and Structural Biology and Chemistry, Waplewo, Polska
  5. Karlicki M., Rymuza J., Antonowicz S., Karnkowska A. (2020) Machine learning-based approach for classification of metagenomic data, 4th EMBO Workshop on Computational and Structural Biology and Chemistry, Waplewo, Polska.
  6. Antonowicz S, Karlicki M, Karnkowska A (2020) Machine learning-based approach for aminoacid sequence representation and classification, 4th EMBO Workshop on Computational and Structural Biology and Chemistry, Waplewo, Polska.

Dr Sergi Lopez-Torres

My main research interests revolve around topics on mammalian evolution, in particular those focusing on the functional anatomy of fossil primates and closely related mammalian lineages.

Some examples of potential topics:

(all theses will be written and supervised in English)

  • Dietary reconstruction in fossil mammals
  • Dental anatomy and dental development in fossil mammals
  • Mammalian brain evolution
  • Ear anatomy and evolution of hearing in mammals
  • Mammalian comparative cranial anatomy
  • Functional anatomy of the postcranial skeleton in fossil mammals
  • Phylogenetic relationships among primitive mammalian lineages

Techniques can involve:

  • Computed tomography
  • Phylogenetic analysis
  • Ancestral reconstruction analysis
  • Dental topographic analysis
  • Geometric morphometrics
  • Museum data collection
  • Paleontological fieldwork

Topics of recently/currently supervised theses:

  • Brain endocast of a Miocene loris (Master’s thesis)
  • Reconstruction of the ancestral body mass of primates (undergraduate thesis)

Selected publications that were coauthored with students:

  • Silcox, M. T., Bertrand, O. C., Harrington, A. R., Lang*, M. M., San Martin-Flores*, G., López-Torres, S. (submitted) Early evolution of the brain in Primates and their close kin. In Dozo, M. T., Paulina-Carabajal, A., Macrini, T. E., Walsh, S. (eds.) Paleoneurology of Amniotes: New Directions in the Study of Fossil Endocasts, Springer.
  • Kraatz, B., Belabbas, R., Fostowicz-Frelik, Ł., Ge, D., Kuznetsov, A., Lang*, M. M., López-Torres, S., Mohammadi, Z., Racicot, R. A., Ravosa, M. J., Sharp, A. C., Sherratt, E., Silcox, M. T., Słowiak, Winkler, A. J., Ruf. I. (2021) Lagomorpha as a model morphological System. Frontiers in Ecology and Evolution, 9, 636402.
  • López-Torres, S., Bertrand, O. C., Lang*, M. M., Silcox, M. T., Fostowicz-Frelik, Ł. (2020) Cranial endocast of the stem lagomorph Megalagus and brain structure of basal Euarchontoglires. Proceedings of the Royal Society B, 287, 20200665.
  • López-Torres, S., Selig, K. R., Prufrock, K. A., Lin*, D., Silcox, M. T. (2017) Dental topographic analysis of paromomyid (Plesiadapiformes, Primates) cheek teeth: Moret han 15 million years of changing surfaces and shifting ecologies. Historical Biology, 30, 76-88.

Dr Maja Łukomska-Kowalczyk

Tematy prac dyplomowych

Dr hab. Rafał Milanowski, prof. ucz.

The proposed topics of diploma theses are linked with our research (Molecular Biology of Euglenids).

Proposed titles of theses

  • Conventional and nonconventional splicing efficiency.
  • Alternative splicing and complex introns in nuclear genes of euglenids.
  • Distribution of introns in nuclear genomes of Euglena gracilis, E. hiemalis i E. longa.
  • Transposons and transposon-related elements in genomes of euglenids.
  • Evolution of spliced leader trans-splicing in protists.

Techniques

Methods of molecular biology and bioinformatics.

Former diploma theses (review)

  • Anna Semik (2021). Analysis of nonconventional introns in nuclear genes of euglenids.
  • Michalina Komorowska (2020). Analysis of physical form of nonconventional introns found in gapC and tubB genes in E. gracilis.
  • Antonina Ignatenko (2019). Mechanisms of loss and gain of spliceosomal introns in nuclear genes of Eukarya.
  • Paweł Hałakuc (2018). Tracing evolutionary changes in rRNA genes of Euglenozoa.
  • Daria Zganiacz (2017). Circular ribonucleic acid molecules – occurrence, features and research methods.
  • Agata Gondek (2015). Studying the effect of human spliceosome inhibitors on Euglena gracilis spliceosome..

Publications co-authored by students (review)

  • Ignatenko A.*, Gumińska N., Milanowski R. (2019). Mechanizmy utraty i nabywania intronów spliceosomalnych. Postępy Biochemii 65(4): 289-298 (pdf).
  • Gumińska N., Płecha M., Walkiewicz H., Hałakuc P.*, Zakryś B., Milanowski R. (2018). Culture purification and DNA extraction procedures suitable for next-generation sequencing of euglenids. J Appl Phycol 30: 3541–3549 (pdf).
  • Kulczycka A.*, Łukomska-Kowalczyk M., Zakryś M., Milanowski R. (2018). PCR identification of toxic euglenid species Euglena sanguinea. J Appl Phycol 30: 1759-1763 (pdf).
  • Zganiacz D.*, Milanowski R. (2017). Charakterystyka kolistych cząsteczek kwasów rybonukleinowych (circRNA). Postępy Biochemii 63(3): 221-232 (pdf).
  • Milanowski R., Gumińska N.*, Karnkowska A., Ishikawa T., Zakryś B. (2016). Intermediate introns in nuclear genes of euglenids – are they a distinct type? BMC Evol Biol 16:49 (pdf).

Conference presentations co-authored by students (review)

  • Semik A.*, Hałakuc P., Mikina W.*, Milanowski R. (2022). Statistical machine learning aiding the recognition of noncanonical introns in three Euglena genomes. 41th Jirovec’s Protozoological Days by Czech Society for Parasitology, 21-24 June, Svratka, Czech Republic.
  • Hałakuc P., Jagielska M.*, Płecha M., Maciszewski K., Zakryś B., Milanowski R., Karnkowska A. (2022). Structure and evolution of mitochondrial genomes in phototrophic Euglenids. 41th Jirovec’s Protozoological Days by Czech Society for Parasitology, 21-24 June, Svratka, Czech Republic.
  • Mikina W.*, Hałakuc P. Milanowski R. (2021). Manual annotation as a key reference for automatic prediction of nonconventional introns. 1st Annual International Congress on Euglenoids. 8-11 November, Online.
  • Hałakuc P., Semik A.*, Mikina W.*, Różycka J.*, Płecha M., Gumińska N., Karnkowska A., Milanowski R. (2021). Canonical and nonconventional introns in three new Euglena genomes. 1st Annual International Congress on Euglenoids. 8-11 November, Online.
  • Płecha M., Hałakuc P., Jagielska M.*, Karnkowska A., Milanowski R. (2021). Mitochondrial genomes of Euglena gracilis , E. hiemalis and E. longa obtained from the whole genome assemblies (WGA). EMBO Young Scientists Forum. 21-22 October, Warsaw, Poland.

dr Julia Pawłowska

The proposed topics of diploma theses are linked with our research (Mycology), i.e.:

  • Bacterial-fungal interactions
  • Evolution and ecology of Mucoromycota
  • Fungal diversity on contaminated soils
  • Characterization of enzymatic activity of Mucoromycota

Students can learn basic microbiological techniques, molecular biology (including DNA and RNA isolation, electrophoretic techniques, PCR, DNA cloning, Sanger sequencing, NGS high-throughput sequencing, FISH), spectrophotometric methods (GC-MS, Biolog system) and bioinformatics.

Proposed titles of thesis

  • Analysis of bacterial-fungal interactions in contaminated soils.
  • Influence of endohyphal bacteria on enzymatic activity of Mucoromycota.
  • Taxonomy and phylogeny of Umbelopsis.

Examples of completed thesis

  • Grzegorz Ostrowski (2021). The diversity of the Mucoraceae colonizing dry aged beef.
  • Aleksandra Gęsiorska (2020). Prevalence of endosymbiotic bacteria in Umbelopsis representatives.
  • Łukasz Istel (2020). Soil fungi from polar regions. Identification and analysis of growth on media rich in PAHs.

Selected publications co-authored by students

  1. Okrasińska, A., Decewicz, P., Majchrowska, M., Dziewit, L., Muszewska, A., Dolatabadi, S., Kruszewski, Ł., Błocka, Z., Pawłowska, J. (2022) Marginal lands and fungi – linking the type of soil contamination with fungal community composition. Environmental Microbiology. https://doi.org/10.1111/1462-2920.16007.
  2. Okrasińska, A., Bokus, A., Duk, K., Gęsiorska, A., Sokołowska, B., Miłobędzka, A., Wrzosek, M., Pawłowska, J. (2021) New Endohyphal Relationships between Mucoromycota and Burkholderiaceae Representatives. Applied and Environmental Microbiology, 87 (7): e02707-20. https://doi.org/10.1128/AEM.02707-20.
  3. Pawłowska J., Istel Ł., Gorczak M., Galera H., Wrzosek M., Hawksworth D.L. (2017). Psychronectria hyperantarctica, gen. nov., comb. nov., epitypification and phylogenetic position of an Antarctic bryophilous ascomycete. Mycologia 109(4): 601-607. https://doi.org/10.1080/00275514.2017.1398575.

Selected students’ conference presentations

  1. Zuzanna Błocka, Julia Pawłowska. CYEBB.  Cracow (Poland), 3-5.9.2021. Analysis of Diesel Oil Degradation by Fungi and Endohyphal Bacteria.
  2. Julia Pawłowska, Alicja Okrasińska, Katarzyna Duk, Łukasz Istel, Michał Gorczak, Igor Siedlecki, Aleksandra Bokus, Aleksandra Gęsiorska, Marta Wrzosek. 58. Zjazd Polskiego Towarzystwa Botanicznego. Cracow (Poland), 1-7.7.2019. Diversity of endohyphal bacteria in Mucoromycota representatives.
  3. Alicja Okrasińska, Katarzyna Duk, Aleksandra Bokus, Julia Pawłowska. 6th Young Natural History scientists Meeting. Paris (France), 12-16.3.2019. New lineages of endohyphal bacteria detected in land colonizing fungi.

prof. dr hab. Krzysztof Spalik

Tematy prac licencjackich

  • filogenetyka molekularna
  • biogeografia i taksonomia roślin

Tematy prac magisterskich

  • filogenetyka molekularna
  • biogeografia i taksonomia roślin

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

  • Michał Gierek (2018). Analiza filogenetyczna kladu Athamanta-Conopodium z wykorzystaniem znaczników chloroplastowych i jądrowych. Praca licencjacka na kierunku Biologia.

Publikacje, których współautorami byli studenci

  1. Spalik K., A. Wojewódzka, T. Constantinidis, S.R. Downie, M. Gierek & Ł. Banasiak. 2019. Laserocarpum, a new genus of Apiaceae endemic to Greece. Acta Societatis Botanicorum Poloniae, 88: 1–9.
  2. Wojewódzka A., J. Baczyński, Ł. Banasiak, S.R. Downie, A. Czarnocka-Cieciura, M. Gierek, K. Frankiewicz & K. Spalik. 2019. Evolutionary shifts in fruit dispersal syndromes in Apiaceae tribe Scandiceae. Plant Systematics and Evolution 305(5): 401–414.
  3. Banasiak Ł., A. Wojewódzka, J. Baczyński, J.-P. Reduron, M. Piwczyński, R. Kurzyna-Młynik, R. Gutaker, A. Czarnocka-Cieciura, S. Kosmala-Grzechnik & K. Spalik. 2016. Phylogeny of Apiaceae subtribe Daucinae and the taxonomic delineation of its genera. Taxon, 65: 563–585.

Wystąpienia konferencyjne, których współautorami byli studenci

  1. Hanna Kranas, Krzysztof Spalik i Łukasz Banasiak. 2018. MatPhylobi – constructing and updating taxonomic and phylogenetic datasets from GenBank databases. Polish Evolutionary Conference, Warszawa 26-28.09.2018.
  2. Michał Gierek, Łukasz Banasiak, Jakub Baczyński, Krzysztof Spalik. 2018.  Phylogenetic relationships within the Athamanta-Conopodium clade (tribe Scandiceae, family Apiaceae).  Polish Evolutionary Conference, Warszawa 26-28.09.2018.

Dr Mateusz Tałanda

Tematy prac licencjackich

  • Początki tejowatych w zapisie kopalnym (literaturowa)
  • Ewolucja odnóży oraz sposobu kroczenia u skorpionów i staroraków (literaturowa)
  • Biogeografia przodków plezjozaurów u zarania ery dinozaurów (literaturowa)

Tematy prac magisterskich

  • Kredowe korzenie jaszczurek z rodziny Lacertidae (tomografia komputerowa, grafika 3D, analizy filogenetyczne)
  • Zespół gadów morskich z triasowego stanowiska w Bliżynie (anatomia porównawcza)
  • Ewolucja odnóży oraz sposobu kroczenia u skorpionów i staroraków (fotogrametria)
  • Zmienność wewnątrzgatunkowa i dymorfizm płciowy jaszczurki Slavoia darevskii (Principal Component Analysis)
  • Mózgoczaszka kredowej jaszczurki z pustyni Gobi (tomografia komputerowa, grafika 3D)
  • Ewolucja żuchwy u jaszczurek z grupy Lacertoidea (tomografia komputerowa, grafika 3D)

Prof. dr hab. Bożena Zakryś

Tematy prac licencjackich

  • Wyizolowanie rzadkiego lub ciekawego gatunku eugleniny z naturalnych populacji z terenu Polski celem przeprowadzenia weryfikacji taksonomicznych, zdeponowania w światowych kolekcjach kultur glonowych czy wykorzystania w celach biotechnologicznych; stosujemy różne metody izolacji pojedynczych komórek (m.in. mikromanipulacja), zakładamy i prowadzimy hodowle jednogatunkowe.
  • Badania morfologiczne wybranych gatunków (grup gatunków) euglenin; w tym celu wykorzystujemy mikroskopię świetlną, automatyczną biometrię (system analizy obrazu NIS Elements Br 3.1) i fotografię mikroskopową.
  • Różnorodność euglenin wybranego zbiornika wodnego (m.in. silnie zanieczyszczonego ściekami przemysłowymi, komunalnymi); stosujemy mikroskopię świetlną, fotografię mikroskopową.

Tematy prac magisterskich

  • Molekularna identyfikacja euglenin w próbach środowiskowych (metabarkoding) w celu poznania ich bioróżnorodności i ekologii; izolacja DNA, PCR, sekwencjonowanie nowej generacji (NGS), analiza bioinformatyczna.
  • Badania molekularne i filogenetyczne wybranych grup gatunków euglenin w celu przeprowadzenia weryfikacji taksonomicznych; izolacja DNA, PCR, sekwencjonowanie metodą Sangera, analizy filogenetyczne.

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

  • Michał Woźniak (2020). Oczyszczanie wody zanieczyszczonej arsenem przez wybrane organizmy autotroficzne. Praca licencjacka na kierunku Ochrona Środowiska.
  • Katarzyna Chaber (2019). Analiza morfologiczna i molekularna gatunków z kompleksu Lepocinclis ovum-Lepocinclis globulus (Euglenida). Praca magisterska na kierunku Biologia.
  • Alicja Fells (2019). Badanie pokrewieństw w rodzaju Phacus Dujardin na podstawie danych molekularnych i morfologicznych. Praca magisterska na kierunku Biologia.
  • Alicja Fells (2017). Ultrastruktura chloroplastu Cryptoglena skujae (Skuja) Marin i Melkonian. Praca licencjacka na kierunku Biologia.
  • Michał Woźniak (2017). Bioróżnorodność autotroficznych euglenin w zbiornikach wodnych w okolicy Pruszkowa i Grodziska Mazowieckiego. Praca licencjacka na kierunku Ochrona Środowiska.

Publikacje, których współautorami byli studenci

  1. Łukomska-Kowalczyk M, Chaber K, Fells A, Milanowski R, Zakryś B. 2020. Taxon-rich phylogeny and taxonomy of the genus Phacus (Euglenida) based on morphological and molecular data. Journal of Phycology (przyjęta do druku)
  2. Łukomska-Kowalczyk M, Chaber K, Fells A, Milanowski R, Zakryś B. 2020. Molecular and morphological delimitation of species in the group of Lepocinclis ovum-like taxa. Journal of Phycology 56: 283-299; doi:10.1111/jpy.12949
  3. Kulczycka A, Łukomska-Kowalczyk M, Zakryś B, Milanowski R. 2018. PCR identification of toxic euglenid species Euglena sanguinea. Journal of Applied Phycology, DOI: 10.1007/s10811-017-1376-z
  4. Łukomska-Kowalczyk M., Karnkowska A, Milanowski R., Łach Ł., Zakryś B. 2015. Delimiting species boundaries within the Phacus longicauda complex (Euglenida) through morphological and molecular analyses. J Phycol. 51: 1147-1157.