mgr inż. Marta Sałek

Zainteresowania badawcze     

• Ekologia ekosystemów słodkowodnych
• Interakcje międzygatunkowe (protista – procaryota)
• Techniki mikroskopowe

Projekty

Trwające projekty

• NCN OPUS Grant: Freshwater microbial communities in the eutrophication gradient: diversity and interactions of protists and bacteria (MicroDivEr). Kierownik projektu: Dr hab. Anna Karnkowska
• Nowe Idee: Establishing the protocol for high-throughput single-cell transcriptomics of microbial eukaryotes
  Kierownik projektu: Prof. Anna Karnkowska
• Evolution of phototrophy in eukaryotes (EMBO Installation Grant, kierownik: dr hab.
  Anna Karnkowska)

Zrealizowane projekty

• Trans-National Access w projekcie EXCITE: SYMBIOSEM – Unravelling ultrastructural interactions between algal host cells and their endosymbionts. Kierownik projektu: mgr inż. Marta Sałek; zakończony w 2024 r.
• Projekt Młodych Badaczy (PMB): Analiza różnorodności biologicznej mikroorganizmów eukariotycznych w jeziorach dystroficznych, przyległych torfowiskach oraz glebach. Kierownik projektu: mgr inż. Marta Sałek; zakończony w 2022 r.

Staże i warsztaty

• kwiecień 2024: Białowieska Szkoła Statystyki, Białowieża, Polska
• lipiec 2023: Szkoła letnia SymbNet, Lizbona, Portugalia
• październik 2022: Szkolenie z mikroskopii FISH u euglenin, pod opieką Dr Darii Tashyrevy w Instytucie Parazytologii, Biology Centre CAS. Czeskie Budziejowice,
  Czechy
• wrzesień 2022: warsztaty International FISH course na Uniwersytecie Wiedeńskim, Austria
• czerwiec-lipiec 2022: EMBO workshop: Advanced electron microscopy for cell biology. Tromsø, Norwegia
• marzec 2022: Szkolenie z mikroskopii CARD-FISH, pod opieką Dr hab. Katarzyny Morski Instytut Rybacki Państwowy Instytut Badawczy w Gdyni, Zakład Oceanografii Rybackiej i Ekologii Morza, Polska.

Nagrody i wyróżnienia

• Czerwiec 2024: Holz-Conner Travel Grant (dofinansowanie uczestnictwa w konferencji; Międzynarodowe Towarzystwo Protistologiczne, ISOP)
• Czerwiec 2022: Drugie miejsce w konkursie na najlepszy plakat na konferencji 51st Jírovec’s Protozoological Days (Svratka, Czechy)
• Czerwiec 2022: Mikrogrant IDUB na udział w kursie International FISH course na Uniwersytecie Wiedeńskim

Konferencje

Prezentacje ustne

• Sałek M., Hollender M., Smacchia V., Karnkowska A. “Exploring protist-bacteria interactions
  along eutrophication gradient: insights from amplicon and single-cell analyses in freshwater
  ecosystems”; 2024 PSA-ISOP-ISEP Joint Meeting, Seattle, USA; 29 lipca -1 sieprnia 2024r.
• Sałek M., Chwalińska M., Hollender M., Hałakuc P., Karlicki M., Smacchia V., Karnkowska A.
  “Abundance and diversity of protistan-prokaryotic interactions in freshwater lakes of the
  Masurian Lakeland based on single cell microbiome study”; EMBO ecology and evolution
  biology of microbes meeting, Chęciny, Polska; 5-7 października 2023 r.
• Sałek M., Hollender M., Hałakuc P., Karlicki M., Maciszewski K., Karnkowska A. “Finding interaction patterns between protists and eukaryotes based on single cell microbiome
  approach: obtaining good quality data for computational analyses” Meeting of the EMBO Young Investigator Network on computational methods in ecology and evolutionary biology
  of microbes, Chęciny, Polska; 7-9 lipca 2022 r.

Plakaty

• Sałek M., Chwalińska M., Hollender M., Smacchia V., Karnkowska A. “Abundance and diversity of protistan-prokaryotic interactions in freshwater lakes of the Masurian Lakeland”; SAME17 – Symposium of Aquatic Microbial Ecology, Tartu, Estonia; 21-24 sierpnia 2023
• Hollender M., Sałek M., Karlicki M., Karnkowska A. “Endosymniont for each protist – protocol for prokaryotic endosymbionts identification from protists’ single cells”; International Society
  for Evolutionary Protistology virtual meeting (ISEP23), konferencja online; 19-20 stycznia 2023 r.
• Sałek M., Hollender M., Hałakuc P., Karlicki M., Maciszewski K., Karnkowska A. „Finding interaction patterns between protists and prokaryotes based on a single cell microbiome
  analysis”; 51st Jírovec’s Protozoological Days, Svratka, Czechy; 20-24 czerwca 2022 r.
• Sałek M., Karnkowska A. “Endosymbiotic interactions of microbial eukaryotes in the environment – where and how to find them?” EMBO Young Scientists’ Forum in Warsaw 2021, Warszawa, Polska; 21-22 października 2021 r.
• Sałek M., Khomutovska N., Sandzewicz M., Łach Ł., Suska-Malawska M., Jasser I.
  “Occurrence of toxigenic genus Phormidium (Cyanobacteria) in microbial mats and biological soil crusts of the hot and cold desert (California and Pamir)”; Ecology in a Changing World. PhD Student Conference, Warszawa, Polska; 23-25 marca 2019 r.

Członkostwo w stowarzyszeniach

• International Society of Protistologists (ISOP)

Publikacje

@article{Hollender2024,

title = {Single-cell genomics revealed Candidatus Grellia alia sp. nov. as an endosymbiont of Eutreptiella sp. (Euglenophyceae)},

author = {Metody Hollender and Marta Sałek and Michał Karlicki and Anna Karnkowska},

doi = {10.1016/j.protis.2024.126018},

issn = {1434-4610},

year  = {2024},

date = {2024-04-01},

urldate = {2024-04-00},

journal = {Protist},

volume = {175},

number = {2},

publisher = {Elsevier BV},

abstract = {Though endosymbioses between protists and prokaryotes are widespread, certain host lineages have received disproportionate attention what may indicate either a predisposition to such interactions or limited studies on certain protist groups due to lack of cultures. The euglenids represent one such group in spite of microscopic observations showing intracellular bacteria in some strains. Here, we perform a comprehensive molecular analysis of a previously identified endosymbiont in the Eutreptiella sp. CCMP3347 using a single cell approach and bulk culture sequencing. The genome reconstruction of this endosymbiont allowed the description of a new endosymbiont Candidatus Grellia alia sp. nov. from the family Midichloriaceae. Comparative genomics revealed a remarkably complete conjugative type IV secretion system present in three copies on the plasmid sequences of the studied endosymbiont, a feature missing in the closely related Grellia incantans. This study addresses the challenge of limited host cultures with endosymbionts by showing that the genomes of endosymbionts reconstructed from single host cells have the completeness and contiguity that matches or exceeds those coming from bulk cultures. This paves the way for further studies of endosymbionts in euglenids and other protist groups. The research also provides the opportunity to study the diversity of endosymbionts in natural populations.},

keywords = {},

pubstate = {published},

tppubtype = {article}

}