Prace dyplomowe

dr hab. Kenneth De Baets, prof. ucz.

Tematy prac dyplomowych

Tematyka prac skupia się w większości na ewolucji i paleobiologii bezkręgowców. Tematy są związane z realizowanym przez nas obecnie projektem PARADIVE finansowanym przez IDUB, który skupia się na wpływie ocieplenia klimatu i wymierania na interakcje pasożyt-żywiciel, natomiast inne tematy są związane z badaniami wzorców makroewolucyjnych i biomineralizacji.

Kilka przykładowych tematów prac dyplomowych:

Paleoparazytologia koprolitów i paleopatologia
Geometryczna analiza morfometryczna
Geochemia i sklerochronologia zmineralizowanych tkanek mięczaków głowonogów
Współewolucja i współwymieranie zespołów pasożyt-żywiciel

Temat pracy do realizacji pod opieką dr Kariny Vanadziny

Karina jest postdokiem w grupie PARADIVE. Jest specjalistką w zakresie filogenetycznych metod porównawczych i pracy z dużymi zbiorami danych. Pod jej opieką i we współpracy z jej kolegami z Uniwersytetu w Bristolu i Uniwersytetu w Aberdeen (Wielka Brytania) można wziąć udział w projekcie magisterskim:

What explains the morphological diversity of eggs in cartilaginous fishes?

Celem projektu jest pogłębienie wiedzy na temat ewolucji morfologii jaj rekinów i płaszczek oraz zidentyfikowanie powiązań z innymi aspektami historii życia i ekologii gatunków przy użyciu najnowocześniejszych filogenetycznych metod porównawczych z wykorzystaniem najnowszej filogenezy ryb chrzęstnoszkieletowych.

Stosowane techniki:

Terenowe prace paleontologiczne lub stratygraficzne
Prace związane z gromadzeniem zbiorów muzealnych i preparatyką paleontologiczną
Mikroskop cyfrowy, analiza mikrofacjalna i tomografia komputerowa
Morfometria (geometryczna)
Eksperymentalna taponomia i paleobiologia konserwatorska
Eksploracja danych i literatury
Ilościowa analiza (paleo)biologiczna i modelowanie, zwłaszcza analizy statystyczne w programie R
Czas dywergencji molekularnej

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

Różnorodność, biomineralizacja i dynamika wzrostu rozmiarów ciała bezkręgowców morskich
Holoceńskie trendy w występowaniu układów pasożyt-żywiciel uchwycone w koprolitach i patologiach szkieletowych
Rekonstrukcja 3D i morfometria oraz eksperymentalna taponomia bezkręgowców i kręgowców

Publikacje, których współautorami byli studenci

De Baets, K., Nätscher*, P. S., Rita*, P., Fara, E., Neige, P., Bardin, J., Dera, G., Duarte, L.V., Hughes, Z., Laschinger*, P, García-Ramos, J. C., Piñuela, L., Übelacker*, C. & Weis, R. (2021). The impact of the Pliensbachian–Toarcian crisis on belemnite assemblages and size distribution. Swiss Journal of Palaeontology, 140(1), 1-14.
Nätscher*, P. S., Dera, G., Reddin, C. J., Rita*, P., & De Baets, K. (2021). Morphological response accompanying size reduction of belemnites during an Early Jurassic hyperthermal event modulated by life history. Scientific Reports, 11(1), 1-11.
Rita*, P., Weis, R., Duarte, L. V., & De Baets, K. (2021). Taxonomical diversity and palaeobiogeographical affinity of belemnites from the Pliensbachian–Toarcian GSSP (Lusitanian Basin, Portugal). Papers in Palaeontology, 7(3), 1321-1349.
Rita*, P., Nätscher*, P., Duarte, L. V., Weis, R., & De Baets, K. (2019). Mechanisms and drivers of belemnite body-size dynamics across the Pliensbachian–Toarcian crisis. Royal Society Open Science, 6(12), 190494.
Rita*, P., De Baets, K., & Schlott*, M. (2018). Rostrum size differences between Toarcian belemnite battlefields. Fossil Record, 21(1), 171-182.
Clements*, T., Colleary, C., De Baets, K., & Vinther, J. (2017). Buoyancy mechanisms limit preservation of coleoid cephalopod soft tissues in Mesozoic Lagerstätten. Palaeontology, 60(1), 1-14.
Stilkerich*, J., Smrecak, T. A., & De Baets, K. (2017). 3D-Analysis of a non-planispiral ammonoid from the Hunsrück Slate: natural or pathological variation? PeerJ, 5, e3526.
Gügel*, B., De Baets, K., Jerjen, I., Schuetz, P., & Klug, C. (2017). A new subdisarticulated machaeridian from the Middle Devonian of China: Insights into taphonomy and taxonomy using X-ray microtomography and 3D-analysis. Acta Palaeontologica Polonica, 237-247.
Übelacker, C., Jansen, U., & De Baets, K. (2016). First record of the Early Devonian ammonoid Teicherticeras from the Eifel (Germany): biogeographic and biostratigraphic importance. Neues Jahrbuch für Geologie und Paläontologie—Abhandlungen, 282, 201-208.

dr Stanisław Dunin-Horkawicz

Prace dyplomowe realizowane w naszym zespole koncentrują się na rozwoju i zastosowaniu metod bioinformatycznych do analizy sekwencji i struktur białkowych. W szczególności zajmujemy się następującymi obszarami:

Wczesna ewolucja i pochodzenie białek
Ewolucja białek w kontekście ekologii organizmów
Ewolucja systemów białkowych związanych z wielkokomórkowością
Ewolucja i funkcja bakteryjnych białek transdukcji sygnału
Zależności między strukturą a sekwencją w białkach typu splecione helisy alfa
Klasyfikacja białek wielodomenowych

Stosowane metody

Modelowanie struktur białkowych
Klasyfikacja sekwencji i struktur białkowych
Filogenetyka
Uczenie maszynowe

Obecnie realizowane prace dyplomowe

Kamil Pawlicki, „Zastosowanie białkowych modeli językowych do wykrywania starożytnych peptydów”, praca magisterska, Wydział Biologii
Jan Zygmuntowicz, „Białka związane z metabolizmem glikanów u bakterii tworzących struktury wielokomórkowe”, praca licencjacka, Wydział Biologii

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

Julia Gołębiowska, „Przewidywanie długości fali świetlnej absorbowanej przez rodopsyny z wykorzystaniem metod opartych na uczeniu maszynowym”, praca magisterska, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki (opiekunką pracy była także dr hab. Anna Karnkowska, Wydział Biologii)
Jędrzej Kubica, „Analiza sekwencyjna i modelowanie struktur białek receptorów bakteryjnych o nieznanej funkcji”, praca magisterska, Wydział Chemii (opiekunem pracy był także prof. Dominik Gront, Wydział Chemii)
Kamil Kamiński, „Przeprojektowanie specyficzności wobec kofaktora białek ze zwojem Rossmanna z wykorzystaniem grafowych sieci neuronowych”, 2020, praca magisterska, Wydział Fizyki
Adriana Bukała, „Zastosowanie technik rekonstrukcji sekwencji ancestralnych w badaniu ewolucji enzymów zwoju Rossmanna”, 2020, praca licencjacka, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki
Aleksander Wiński, „Zastosowanie metod uczenia głębokiego do przewidywania białkowych struktur drugorzędowych typu helisa π na podstawie sekwencji i informacji ewolucyjnej”, 2018, praca licencjacka, Wydział Fizyki

Przykładowe publikacje, których współautorami byli studenci

Kaminski, K., Ludwiczak, J., Pawlicki, K., Alva, V., & Dunin-Horkawicz, S. (2023). pLM-BLAST: distant homology detection based on direct comparison of sequence representations from protein language models. Bioinformatics, 39(10), btad579.
Kamiński, K., Ludwiczak, J., Jasiński, M., Bukala, A., Madaj, R., Szczepaniak, K., & Dunin-Horkawicz, S. (2022). Rossmann-toolbox: a deep learning-based protocol for the prediction and design of cofactor specificity in Rossmann fold proteins. Briefings in Bioinformatics, 23(1), bbab371.
Ludwiczak, J., Winski, A., da Silva Neto, A. M., Szczepaniak, K., Alva, V., & Dunin-Horkawicz, S. (2019). PiPred – a deep-learning method for prediction of π-helices in protein sequences. Scientific Reports, 9(1), 6888.
Szczepaniak, K., Bukala, A., da Silva Neto, A. M., Ludwiczak, J., & Dunin-Horkawicz, S. (2021). A library of coiled-coil domains: from regular bundles to peculiar twists. Bioinformatics, 36(22–23), 5368–5376.

dr Ludwik Gąsiorowski

W oparciu o obecnie realizowane projekty proponujemy następujące tematy prac dyplomowych:

Molekularna i morfologiczna charakteryzacja wybranych typów komórkowych u katenulida Stenostomum brevipharyngium
Taksonomia i różnorodność gatunków polskich katenulidów
Morfologia porównawcza rodzajów Stenostomum i Catenula
Ewolucja wybranych rodzin białkowych u płazińców

Ponadto osoby zainteresowane zoologią porównawczą bezkręgowców, które mają inne, już sprecyzowane zainteresowania badawcze zachęcamy do kontaktu z dr Ludwikiem Gąsiorowskim w celu omówienia alternatywnych projektów dyplomowych.

Dobór metod i szczegółowych zagadnień badawczych w projektach dyplomowych będzie uzgadniany indywidualnie w celu znalezienia projektu zgodnego z zainteresowaniami i oczekiwaniami poszczególnych osób.

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

Animan Tripathi, “Molecular underpinnings of head and tail regeneration in non-model flatworm Stenostomum brevipharyngium” – praca magisterska (MPI NAT Göttingen)

dr hab. Anna Karnkowska, prof. ucz.

Tematyka prac dyplomowych dotyczy obszarów badawczych powiązanych z realizowanymi projektami w grupie badawczej Genomiki i ewolucji mikroorganizmów eukariotycznych

Różnorodność i rola mikroorganizmów eukariotycznych w środowiskach wodnych.
Relacje symbiotyczne protistów i bakterii.
Ewolucja komórki eukarotycznej i pochodzenie organelli.
Różnorodność i ewolucja rodopsyn mikrobialnych.
Narzędzia bioinformatyczne i ścieżki postępowania w analizach danych metagenomowych.

Wybrane tematy możliwe do realizacji w ramach projektów badawczych – przewidziane stypendia! Termin składania aplikacji 19 maja. Więcej informacji tutaj.

Stosowane techniki

analizy bioinformatyczne, w tym składanie genomów i transkryptomów (w tym z pojedycznych komórek), przewidywanie genów i ich adnotacja, rekonstrukcja szlaków metabolicznych in silico, analizy filogenetyczne
analizy danych z sekwencjonowania środowiskowego (taksonomiczne – analiza amplikonów i funkcjonalne – analizy metagenomowe)
techniki biologii molekularnej: izolacja DNA i RNA, techniki elektroforetyczne, synteza cDNA, PCR, RT-PCR, klonowanie DNA
techniki sekwencjonowania: Sangera, sekwencjonowanie wysokoprzepustowe NGS, sekwencjonowanie nanoporowe
pobór prób, izolacja i hodowla mikroorganizmów eukariotycznych
technik mikroskopii świetlnej i transmisyjnej mikroskopii elektronowej oraz fluorescencyjna hybrydyzacja in situ.

Tematy prac dyplomowych

Identyfikacja i analiza interakcji symbiotycznych między protistami a bakteriami izolowanymi z toni wodnej i osadów dennych jazior mazurskich na podstawie analizy genomowej i mikroskopowej pojedynczych komórek
Analiza różnorodności prokariota i eukariota jezior mazurskich w grandiencie eutrofizacji na podstawie danych amplionowanych i metagenomowych
Analiza interakcji fotosymbiotycznych u orzęsków na podstawie analizy genomów i transkryptomów pojedynczych komórek
Różnordność, ewolucja i funkcja rodopsyn mikrobialnych u słodkowodnych protista na podstawie analizy danych metatranskryptomowowych oraz eksperymentów laboratoryjnych.

Tematy prac realizowane wraz ze wsółpromotorami (w języku angielskim)

Dr Daria Tashyreva

Interakcje Euglenozoa i ich symbiontów prokariotycznych
Różnordoność i taksonomia Euglenozoa

Dr Ivan Garcia Cunchillos

Wczesne etapy ewolucji plastydów na przykładzie kleptoplastii u eugleniny Rapaza viridis na podstawie analizy in silico danych genomowych i transkryptomowych oraz eksperymentów z wykorzystaniem techniki RNAi oraz CRISPR

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

Stanisław Antonowicz, Ścieżka postępowania w rekonstrukcji sieci interakcji mikroorganizmów w oparciu o dane z sekwencjonowania wysokoprzepustowego, 2022, praca magisterska na kierunku Bioinformatyka i Biologia Systemów
Małgorzata Chwalińska, Porównanie krótkich i długich amplikonów genu 18S rDNA w analizie różnorodności słodkowodnych protistów, 2022, praca magisterska na kierunku Biologia
Julia Gołębiowska, Przewidywanie długości fali świetlnej absorbowanej przez rodopsyny z wykorzystaniem metod opartych na uczeniu maszynowym, 2022, praca magisterska na kierunku Bioinformatyka i Biologia Systemów, współpromotor dr Stanisław Dunin-Horkawicz
Metody Hollender, Identyfikacja i analiza metabolizmu symbiontów wybranych protistów na podstawie badań pojedynczych komórek, 2022, praca licencjacka na kierunku Biotechnologia
Weronika Popławska, Analiza występowania i różnorodności Archaea w pelagialu wybranych jezior Pojezierza Mazurskiego na podstawie danych molekularnych, 2021, praca licencjacka na kierunku Biotechnologia
Julia Gołębiowska, Analiza występowania i różnorodności rodopsyn mikrobialnych w Jeziorze Roś w oparciu o dane metatranskryptomowe i amplikony, 2021, praca magisterka na kierunku Biotechnologia

Przykładowe publikacje, których współautorami byli studenci

Hollender M*, Sałek M, Karlicki M, Karnkowska A (2024) Single-cell genomics revealed Candidatus Grellia alia sp. nov. as an endosymbiont of Eutreptiella sp.(Euglenophyceae). Protist, 175:126018.
Karlicki M, Antonowicz S*, Karnkowska A (2022) Tiara: deep learning-based classification system for eukaryotic sequences. Bioinformatics, 38: 344–50.
Łukomska-Kowalczyk M, Karnkowska A, Krupska M*, Milanowski R, Zakryś B (2016) DNA Barcoding In Autotrophic Euglenids: Evaluation of COI and 18S rDNA. J Phycol 52: 951-60

Przykładowe wystąpienia konferencyjne studentów

Antonowicz S*, Karlicki M, Karnkowska A (2020) Machine learning-based approach for aminoacid sequence representation and classification, 4th EMBO Workshop on Computational and Structural Biology and Chemistry, Waplewo, Poland.
Chwalińska M*, Karlicki M., Karnkowska A. (2021) 18S rDNA amplicon-based analysis of the diversity of microbial eukaryotes’ communities in the salinity gradient of Świna river estuary; 9. Międzyuczelniane Sympozjum Biotechnologiczne „Symbioza”
Gołębiowska J*, Karlicki M., Karnkowska A. (2021) Pipeline for diversity assessment of eukaryotic rhodopsins in metatranscriptomic data; 9. Międzyuczelniane Sympozjum Biotechnologiczne „Symbioza”.
Hollender M*, Sałek M, Karlicki M, Karnkowska A. (2022) Workflow for genome recovery of protistan prokaryotic symbionts from single-cell data; Meeting of the EMBO Young Investigator Network on computational methods in ecology and evolutionary biology of microbes, Chęciny, Poland.
Gołębiowska J*, Kamiński K., Karnkowska A., Dunin-Horkawicz S. (2022) Predicting absorption wavelengths of rhodopsins using machine learning-based methods; Meeting of the EMBO Young Investigator Network on computational methods in ecology and evolutionary biology of microbes, Chęciny, Poland.
Hollender M*, Sałek M., Hess S., Karnkowska A. (2022) “Metagenomic and fluorescence in situ hybridization analyses of Eutreptiella endosymbiont” – wystąpienie ustne. 2nd Annual International Congress on Euglenoids.
Chwalińska M*, Karlicki M., Sałek M., Smacchia V., Hałakuc P., Maciszewski K., Karnkowska A. (2022) Freshwater protists diversity elucidated with the short Illumina vs long MinION amplicons of 18S rRNA gene. 51st Jírovec’s Protozoological Conference, Czechy.
Hollender* M., Sałek M., Karlicki M., Karnkowska A. Endosymbiont for each protist – protocol for prokaryotic endosymbionts identification from protists’ single cells. ISEP Meeting. 19-20.01.2023 – poster

dr Sergi López-Torres

Wszystkie prace są wykonywane w języku angielskim [dowiedz się więcej].

dr Maja Łukomska-Kowalczyk

Tematyka prac dyplomowych związana jest z aktualnie realizowanymi projektami badawczymi dotyczącymi analizy różnorodności biologicznej mikroorganizmów eukariotycznych w środowisku z wykorzystaniem sekwencjonowania wysokoprzepustowego (NGS) i identyfikacji molekularnej. Badania koncentrują się w znacznej mierze na wpływie sezonowego wysychania zbiorników wodnych na zespoły zasiedlających je mikroorganizmów.

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

Zuzanna Kretowicz (2022). Analiza różnorodności biologicznej mikroorganizmów eukariotycznych w małych zbiornikach wodnych z wykorzystaniem sekwencjonowania wysokoprzepustowego – praca licencjacka na kierunku biotechnologia
Klaudia Bylińska (2022). Znaczenie rodzaju podłoża zanurzonego w wodzie przy pobieraniu próbek na potrzeby kryminalistyki-analiza na podstawie wyników sekwencjonowania nowej generacji (NGS) – praca magisterska, Centrum Nauk Sądowych
Oliwia Obuch-Woszczatyńska (2022). Szacowanie czasu zdarzenia kryminalnego w środowisku wodnym z wykorzystaniem sekwencjonowania nowej generacji (NGS) – praca magisterska, Centrum Nauk Sądowych

dr hab. Rafał Milanowski, prof. ucz.

Tematyka prac dyplomowych powiązana jest z aktualnie realizowanymi projektami badawczymi (Biologia molekularna euglenin).

Tematy prac dyplomowych

Efektywność splicingu konwencjonalnego i niekonwencjonalnego u euglenin.
Splicing alternatywny i introny piętrowe u euglenin.
Analiza transpozonów i sekwencji pochodzenia transpozonowego w genomach euglenin.
Spliced-liderowy trans-splicing u protistów

Stosowane metody

Metody biologii molekularnej (frakcjonowanie organelli, izolacja DNA i RNA, odwrotna transkrypcja, amplifikacja PCR, klonowanie produktów PCR, ustalanie sekwencji końców transkryptów, sekwencjonowanie, sekwencjonowanie NGS, itd.) oraz bioinformatyczna analiza sekwencji nukleotydowych.

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

Norbert Szala (2024). Automatyczna optymalizacja procesu przyrównywania sekwencji transkryptów do nieadnotowanych sekwencji genomowych. Praca licencjacka na kierunku Biotechnologia.
Agnieszka Obuchowicz (2024). Splicing alternatywny u Euglena gracilis. Praca licencjacka na kierunku Biotechnologia.
Diana Nikalayenka (2024). Introny w genach jądrowych euglenin: inhibicja spliceosomu, zmiana typu intronu, forma wycinania. Praca magisterska na kierunku Biotechnologia.
Adam Milewski (2023). Ewolucja końców 5′ transkryptów u euglenin. Praca licencjacka na kierunku Bioinformatyka i Biologia Systemów.
Weronika Mikina (2023). Analiza zdarzeń ewolucyjnych kształtujących strukturę genomów jądrowych euglenin na podstawie manualnej adnotacji wybranych genów. Praca magisterska na kierunku Biotechnologia.
Maria Jagielska (2022). Analiza genomów mitochondrialnych wybranych gatunków euglenin. Praca magisterska na kierunku Biologia.
Anna Semik (2021). Analiza intronów niekonwencjonalnych w genach jądrowych euglenin. Praca licencjacka na kierunku Bioinformatyka i Biologia Systemów.
Michalina Komorowska (2020). Analiza formy fizycznej wyciętych intronów niekonwencjonalnych występujących w genach gapC i tubB u E. gracilis. Praca magisterska na kierunku Biotechnologia.
Antonina Ignatenko (2019). Mechanizmy utraty i nabywania intronów spliceosomalnych w genach jądrowych eukariontów. Praca licencjacka na kierunku Biotechnologia.
Paweł Hałakuc (2018). Tracing evolutionary changes in rRNA genes of Euglenozoa. Praca magisterska na kierunku Biotechnologia w ramach MISMaP.

Wybrane publikacje, których współautorami byli studenci

Mikina W.*, Hałakuc P., Milanowski R. (2024) Transposon-derived introns as an element shaping the structure of eukaryotic genomes. Mobile DNA 15:15 (pdf).
Jagielska M.*, Płechca M., Hałakuc P., Milanowski R. (2023). Genomy mitohcondrialne – jedność i różnorodność. Postępy Biochcemii 69(2): 113-121 (pdf).
Ignatenko A.*, Gumińska N., Milanowski R. (2019). Mechanizmy utraty i nabywania intronów spliceosomalnych. Postępy Biochemii 65(4): 289-298 (pdf).
Gumińska N., Płecha M., Walkiewicz H., Hałakuc P.*, Zakryś B., Milanowski R. (2018). Culture purification and DNA extraction procedures suitable for next-generation sequencing of euglenids. J Appl Phycol 30: 3541–3549 (pdf).
Kulczycka A.*, Łukomska-Kowalczyk M., Zakryś M., Milanowski R. (2018). PCR identification of toxic euglenid species Euglena sanguinea. J Appl Phycol 30: 1759-1763 (pdf).
Zganiacz D.*, Milanowski R. (2017). Charakterystyka kolistych cząsteczek kwasów rybonukleinowych (circRNA). Postępy Biochemii 63(3): 221-232 (pdf).
Milanowski R., Gumińska N.*, Karnkowska A., Ishikawa T., Zakryś B. (2016). Intermediate introns in nuclear genes of euglenids – are they a distinct type? BMC Evol Biol 16:49 (pdf).

Wybrane wystąpienia konferencyjne, których współautorami byli studenci

Hałakuc P., Semik A.*, Jagielska M., Karnkowska A. Milanowski R. (2023). Automatic annotation of nonconventional introns as a necessary step in the analysis of Euglena genomes. 3rd Annual International Congress on Euglenoids 2023, 17-18 July, Prague, Czech Republic.
Jagielska M., Hałakuc P., Semik A.*, Milanowski R. (2023). Nulcear genomes of euglenids: discoveries and challenges. 40th International Conference of Polish Phycological Society. 23-36 May, Bydgoszcz, Poland.
Semik A.*, Hałakuc P., Mikina W.*, Milanowski R. (2022). Statistical machine learning aiding the recognition of noncanonical introns in three Euglena genomes. 41th Jirovec’s Protozoological Days by Czech Society for Parasitology, 21-24 June, Svratka, Czech Republic.
Hałakuc P., Jagielska M.*, Płecha M., Maciszewski K., Zakryś B., Milanowski R., Karnkowska A. (2022). Structure and evolution of mitochondrial genomes in phototrophic Euglenids. 41th Jirovec’s Protozoological Days by Czech Society for Parasitology, 21-24 June, Svratka, Czech Republic.
Mikina W.*, Hałakuc P. Milanowski R. (2021). Manual annotation as a key reference for automatic prediction of nonconventional introns. 1st Annual International Congress on Euglenoids. 8-11 November, Online.
Hałakuc P., Semik A.*, Mikina W.*, Różycka J.*, Płecha M., Gumińska N., Karnkowska A., Milanowski R. (2021). Canonical and nonconventional introns in three new Euglena genomes. 1st Annual International Congress on Euglenoids. 8-11 November, Online.
Płecha M., Hałakuc P., Jagielska M.*, Karnkowska A., Milanowski R. (2021). Mitochondrial genomes of Euglena gracilis , E. hiemalis and E. longa obtained from the whole genome assemblies (WGA). EMBO Young Scientists Forum. 21-22 October, Warsaw, Poland.

dr hab. Julia Pawłowska

Tematyka prac dyplomowych dotyczy obszarów badawczych powiązanych z realizowanymi projektami (Mykologia):

Interakcje grzybów i bakterii
Ewolucja i ekologia najstarszych grzybów lądowych (Mucoromycota)
Różnorodność grzybów glebowych na obszarach silnie zanieczyszczonych
Badanie aktywności enzymatycznej Mucoromycota

W ramach wykonywania prac studenci mogą zapoznać się z podstawowymi technikami mikrobiologicznymi, biologii molekularnej (w tym izolacja DNA i RNA, techniki elektroforetyczne, PCR, klonowanie DNA, sekwencjonowanie Sangera, sekwencjonowanie wysokoprzepustowe NGS, FISH), metodami spektrofotometrycznymi (system Biolog) oraz podstawowymi analizami bioinformatycznymi.

Zapraszamy do obejrzenia filmu “O magii poszukiwania”.

Tematy prac dyplomowych

Wpływ bakterii wewnątrzstrzępkowych na aktywność enzymatyczną przedstawicieli Mucoromycota.
Filogeneza przedstawicieli rodziny Mortierellaceae.
Monitorowanie i mapowanie różnorodności wybranych gatunków grzybów na potrzeby ochrony przyrody.
Opracowanie metod efektywnego barkodowwania wybranych grup grzybów wielkoowocnikowych.

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

Justyna Borowiecka (2023). Rewizja rodzaju Umbelopsis w świetle analiz filogenetycznych. – praca eksperymentalna na kierunku biologia
Blanka Sokołowska (2022). Metabolizm lipidów u przedstawicieli Mucoromycota. – praca bioinformatyczna na kierunku biologia
Grzegorz Ostrowski (2021). Różnorodność przedstawicieli Mucoraceae na mięsie wołowym sezonowanym na sucho. – praca eksperymentalna na kierunku biologia
Aleksandra Gęsiorska (2020). Różnorodność bakterii wewnątrzstrzępkowych u przedstawicieli rodzaju Umbelopsis. – praca eksperymentalna na kierunku biotechnologia

Wybrane publikacje, których współautorami byli studenci

Sokołowska, B., Orłowska, M., Okrasińska, A., Piłsyk, S., Pawłowska, J., Muszewska, A. (2023) What can be lost? Genomic perspective on the lipid metabolism of Mucoromycota. IMA Fungus 14(22): https://doi.org/10.1186/s43008-023-00127-4
Okrasińska, A., Decewicz, P., Majchrowska, M., Dziewit, L., Muszewska, A., Dolatabadi, S., Kruszewski, Ł., Błocka, Z., Pawłowska, J. (2022) Marginal lands and fungi – linking the type of soil contamination with fungal community composition. Environmental Microbiology. https://doi.org/10.1111/1462-2920.16007.
Okrasińska, A., Bokus, A., Duk, K., Gęsiorska, A., Sokołowska, B., Miłobędzka, A., Wrzosek, M., Pawłowska, J. (2021) New Endohyphal Relationships between Mucoromycota and Burkholderiaceae Representatives. Applied and Environmental Microbiology, 87 (7): e02707-20. https://aem.asm.org/content/87/7/e02707-20

Wybrane wystąpienia konferencyjne, których współautorami byli studenci

Beniamin Abramczyk. XIX Congress of European Mycologists Perugia (Italy), 4-8.09.2023. referat: Mucoromycota-bacterial interactions in postindustrial soil.
Zuzanna Błocka, Julia Pawłowska. CYEBB. Kraków (Polska), 3-5.9.2021. referat: Analysis of Diesel Oil Degradation by Fungi and Endohyphal Bacteria.
Alicja Okrasińska, Katarzyna Duk, Aleksandra Bokus, Julia Pawłowska. 6^th Young Natural History scientists Meeting. Paryż (Francja), 12-16.3.2019. poster: New lineages of endohyphal bacteria detected in land colonizing fungi.

prof. dr hab. Krzysztof Spalik

Tematy prac licencjackich

filogenetyka molekularna
biogeografia i taksonomia roślin

Tematy prac magisterskich

filogenetyka molekularna
biogeografia i taksonomia roślin

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

Michał Gierek (2018). Analiza filogenetyczna kladu Athamanta-Conopodium z wykorzystaniem znaczników chloroplastowych i jądrowych. Praca licencjacka na kierunku Biologia.

Publikacje, których współautorami byli studenci

Spalik K., A. Wojewódzka, T. Constantinidis, S.R. Downie, M. Gierek & Ł. Banasiak. 2019. Laserocarpum, a new genus of Apiaceae endemic to Greece. Acta Societatis Botanicorum Poloniae, 88: 1–9.
Wojewódzka A., J. Baczyński, Ł. Banasiak, S.R. Downie, A. Czarnocka-Cieciura, M. Gierek, K. Frankiewicz & K. Spalik. 2019. Evolutionary shifts in fruit dispersal syndromes in Apiaceae tribe Scandiceae. Plant Systematics and Evolution 305(5): 401–414.
Banasiak Ł., A. Wojewódzka, J. Baczyński, J.-P. Reduron, M. Piwczyński, R. Kurzyna-Młynik, R. Gutaker, A. Czarnocka-Cieciura, S. Kosmala-Grzechnik & K. Spalik. 2016. Phylogeny of Apiaceae subtribe Daucinae and the taxonomic delineation of its genera. Taxon, 65: 563–585.

Wystąpienia konferencyjne, których współautorami byli studenci

Hanna Kranas, Krzysztof Spalik i Łukasz Banasiak. 2018. MatPhylobi – constructing and updating taxonomic and phylogenetic datasets from GenBank databases. Polish Evolutionary Conference, Warszawa 26-28.09.2018.
Michał Gierek, Łukasz Banasiak, Jakub Baczyński, Krzysztof Spalik. 2018. Phylogenetic relationships within the Athamanta-Conopodium clade (tribe Scandiceae, family Apiaceae). Polish Evolutionary Conference, Warszawa 26-28.09.2018.

prof. dr hab. Marta Szulkin

Nasze badania koncentrują się na badaniu ewolucji i ekologii organizmów żywych w antropocenie – okresie zdominowanym przez człowieka, który ma znaczący globalny wpływ na ekosystemy Ziemi. W szczególności poszukujemy wzorców i procesów związanych z naturalną zmiennością dzikich organizmów żyjących w gradiencie środowisk – od lasów pierwotnych i wtórnych do terenów podmiejskich i miast.
Więcej informacji na temat naszego zespołu i badań znajdziesz tutaj

Stosowane metody

Ekologia terenowa
Analiza Statystyczna, modele mieszane (R)
Prace laboratoryjne (mikrobiom, genotypowanie)
Analiza zdjęć wideo (analiza diety przynoszonej do gniazda)

Proponowane tematy prac

Profile termiczne antropogenicznych szczelin lęgowych na terenach zurbanizowanych: celem pracy byłoby zbadanie granic wytrzymałości licznie występujących szczelin w budowlach miejskich (latarnie, szczeliny pod dachami itp.) i ich potencjał jako miejsce rozrodu w obliczy zmian klimatycznych oraz efektu wyspy cieplnej generowane w takich miastach jak Warszawa.

Obecnie realizowane prace dyplomowe

Lena Fus (praca magisterska): The Microbial Metropolis: Exploring the Impact of Urbanisation on the Gut Microbiota of Blue Tits

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

Katarzyna Gęsicka (praca licencjacka, Antropozoologia, 2022): Is blue tit and great tit hissing behaviour associated with urbanisation?
Ignacy Stadnicki (praca licencjacka, Antropozoologia, 2021): Application of crime theory in urban eco-evo research: factors influencing the disappearance of scientific equipment
Marta Celej (praca magisterska, Wydział Biologii, 2018): Wpływ gradientu urbanizacji na cechy fenotypowe u sikory bogatki (Parus major) i modraszki (Cyanistes caeruleus)

Przykładowe publikacje, których współautorami byli studenci

Corsini M, Jagiełło Z, Walesiak M, Redlisiak M, Stadnicki I*, Mierzejewska E & Szulkin M. 2022. Breeding in the pandemic: short-term lockdown restrictions do not alter reproductive decisions and avian life-history traits in a European capital city. Urban Ecosystems 1-11.
Chatelain M, Da Silva A, Celej M*, Kurek E, Corsini M & Szulkin M. 2021. Replicated, Urban-Driven Exposure to Metal Pollutants in Two Passerines. Scientific Reports. 11:19662.

Wybrane wystąpienia konferencyjne, których współautorami byli studenci

Fus, L.*, Maraci O, Szulkin M. 2023 (upcoming) The Microbial Metropolis: Exploring the Impact of Urbanisation on the Gut Microbiota of Blue Tits. Behaviour 2023 Conference, Bielefeld, Germany.
Stadnicki I.*, Corsini M., Szulkin M. Application of crime theory in urban ecology and evolution: factors influencing the disappearance of scientific equipment. (1) ASAB Winter Conference, The Association for the Study of Animal Behaviour, 2021 (remote); (2) Seminar, Cornell Lab of Ornithology, The United States of America, 2022 (remote, video); (3) IX International Hole-Nesting Birds Conference, University of Oxford, United Kingdom, 2022.

dr Mateusz Tałanda

Zajmuję się wczesną ewolucją jaszczurek i hatterii, ich filogenezą i biogeografią. Interesują mnie także ekosystemy triasowe ze szczególnym uwzględnieniem różnych grup kręgowców.

Przykładowe tematy prac dyplomowych

Kredowe korzenie jaszczurek
Zespół gadów morskich z triasowego stanowiska w Bliżynie
Ewolucja odnóży oraz sposobu kroczenia u skorpionów i staroraków
Zmienność wewnątrzgatunkowa i dymorfizm płciowy jaszczurki Slavoia darevskii
Wybrane ryby słodkowodne u zarania ery dinozaurów
Wielkie płazy triasowe – ich budowa i ewolucja

Stosowane metody

Metody wizualizacji anatomii w 3D (tomografia komputerowa, fotogrametria, skanowanie powierzchniowe, grafika 3D), analizy filogenetyczne, anatomia porównawcza, skaningowy mikroskop elektronowy, morfometria i analiza głównych składowych, preparatyka chemiczna i fizyczna skamieniałości.

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

Emilia Olender. 2023. Biogeografia przodków plezjozaurów u zarania ery dinozaurów. Praca licencjacka.

Marceli Witasik. 2023. Histologia oraz osteologia kości udowej zauropoda z Formacji Baynshire. Praca magisterska.

Bartosz Bałdowski. 2021. Zapis kopalny wijów z grupy Chilopoda. Praca licencjacka.

Adam Rytel. 2021. Modularność szyi u Tanystropheidae ujawniona przez morfometrię geometryczną. Praca magisterska.

prof. dr hab. Bożena Zakryś

Tematy prac licencjackich

Wyizolowanie rzadkiego lub ciekawego gatunku eugleniny z naturalnych populacji z terenu Polski celem przeprowadzenia weryfikacji taksonomicznych, zdeponowania w światowych kolekcjach kultur glonowych czy wykorzystania w celach biotechnologicznych; stosujemy różne metody izolacji pojedynczych komórek (m.in. mikromanipulacja), zakładamy i prowadzimy hodowle jednogatunkowe.
Badania morfologiczne wybranych gatunków (grup gatunków) euglenin; w tym celu wykorzystujemy mikroskopię świetlną, automatyczną biometrię (system analizy obrazu NIS Elements Br 3.1) i fotografię mikroskopową.
Różnorodność euglenin wybranego zbiornika wodnego (m.in. silnie zanieczyszczonego ściekami przemysłowymi, komunalnymi); stosujemy mikroskopię świetlną, fotografię mikroskopową.

Tematy prac magisterskich

Molekularna identyfikacja euglenin w próbach środowiskowych (metabarkoding) w celu poznania ich bioróżnorodności i ekologii; izolacja DNA, PCR, sekwencjonowanie nowej generacji (NGS), analiza bioinformatyczna.
Badania molekularne i filogenetyczne wybranych grup gatunków euglenin w celu przeprowadzenia weryfikacji taksonomicznych; izolacja DNA, PCR, sekwencjonowanie metodą Sangera, analizy filogenetyczne.

Przykładowe tematy zakończonych prac dyplomowych

Michał Woźniak (2020). Oczyszczanie wody zanieczyszczonej arsenem przez wybrane organizmy autotroficzne. Praca licencjacka na kierunku Ochrona Środowiska.
Katarzyna Chaber (2019). Analiza morfologiczna i molekularna gatunków z kompleksu Lepocinclis ovum-Lepocinclis globulus (Euglenida). Praca magisterska na kierunku Biologia.
Alicja Fells (2019). Badanie pokrewieństw w rodzaju Phacus Dujardin na podstawie danych molekularnych i morfologicznych. Praca magisterska na kierunku Biologia.
Alicja Fells (2017). Ultrastruktura chloroplastu Cryptoglena skujae (Skuja) Marin i Melkonian. Praca licencjacka na kierunku Biologia.
Michał Woźniak (2017). Bioróżnorodność autotroficznych euglenin w zbiornikach wodnych w okolicy Pruszkowa i Grodziska Mazowieckiego. Praca licencjacka na kierunku Ochrona Środowiska.

Publikacje, których współautorami byli studenci

Łukomska-Kowalczyk M, Chaber K, Fells A, Milanowski R, Zakryś B. 2020. Taxon-rich phylogeny and taxonomy of the genus Phacus (Euglenida) based on morphological and molecular data. Journal of Phycology (przyjęta do druku)
Łukomska-Kowalczyk M, Chaber K, Fells A, Milanowski R, Zakryś B. 2020. Molecular and morphological delimitation of species in the group of Lepocinclis ovum-like taxa. Journal of Phycology 56: 283-299; doi:10.1111/jpy.12949
Kulczycka A, Łukomska-Kowalczyk M, Zakryś B, Milanowski R. 2018. PCR identification of toxic euglenid species Euglena sanguinea. Journal of Applied Phycology, DOI: 10.1007/s10811-017-1376-z
Łukomska-Kowalczyk M., Karnkowska A, Milanowski R., Łach Ł., Zakryś B. 2015. Delimiting species boundaries within the Phacus longicauda complex (Euglenida) through morphological and molecular analyses. J Phycol. 51: 1147-1157.